-
Hi-C based na Chromatin Interaction
Ang Hi-C ay isang paraan na idinisenyo upang makuha ang genomic na configuration sa pamamagitan ng pagsasama-sama ng probing proximity-based na mga interaksyon at high-throughput sequencing. Ang pamamaraan ay batay sa chromatin crosslinking na may formaldehyde, na sinusundan ng digestion at re-ligation sa paraang ang mga fragment lang na covalently linked ay bubuo ng mga produkto ng ligation. Sa pamamagitan ng pag-sequence ng mga produktong ligation na ito, posibleng pag-aralan ang 3D na organisasyon ng genome. Ang Hi-C ay nagbibigay-daan sa pag-aaral ng distribusyon ng mga bahagi ng genome na bahagyang nakaimpake (A compartments, euchromatin) at mas malamang na maging transcriptionally active, at ang mga rehiyon na mas mahigpit na nakaimpake (B compartments, Heterochromatin). Magagamit din ang Hi-C upang matukoy ang mga Topologically Associated Domains (TADs), mga rehiyon ng genome na may mga nakatiklop na istruktura at malamang na magkaroon ng katulad na mga pattern ng pagpapahayag, at upang matukoy ang mga chromatin loop, mga rehiyon ng DNA na pinagsama-sama ng mga protina at na madalas na pinayaman sa mga elemento ng regulasyon. Ang serbisyo sa pagkakasunud-sunod ng Hi-C ng BMKGene ay nagbibigay ng kapangyarihan sa mga mananaliksik na tuklasin ang mga spatial na sukat ng genomics, na nagbubukas ng mga bagong paraan para maunawaan ang regulasyon ng genome at ang mga implikasyon nito sa kalusugan at sakit.
-
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
Ang Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) ay isang pamamaraan na gumagamit ng mga antibodies upang piliing pagyamanin ang mga DNA-binding na protina at ang kanilang mga kaukulang genomics na target. Ang pagsasama nito sa NGS ay nagbibigay-daan sa genome-wide profiling ng mga target ng DNA na nauugnay sa pagbabago ng histone, mga salik ng transkripsyon, at iba pang mga protina na nagbubuklod ng DNA. Ang dynamic na diskarte na ito ay nagbibigay-daan sa mga paghahambing ng mga nagbubuklod na site sa magkakaibang uri ng cell, tissue, o kundisyon. Ang mga aplikasyon ng ChIP-Seq ay sumasaklaw mula sa pag-aaral ng transcriptional regulation at developmental pathways hanggang sa pagpapaliwanag ng mga mekanismo ng sakit, na ginagawa itong isang kailangang-kailangan na tool para sa pag-unawa sa genomic regulation landscapes at pagsulong ng mga panterapeutika na insight.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Buong genome bisulfite sequencing (WGBS)
Ang Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) ay tumatayo bilang gold-standard na pamamaraan para sa malalim na paggalugad ng DNA methylation, partikular ang ikalimang posisyon sa cytosine (5-mC), isang pivotal regulator ng gene expression at cellular activity. Ang prinsipyong pinagbabatayan ng WGBS ay nagsasangkot ng paggamot ng bisulfite, na nag-uudyok sa conversion ng mga unmethylated cytosines sa uracil (C to U), habang iniiwan ang mga methylated cytosine na hindi nagbabago. Ang diskarteng ito ay nag-aalok ng solong-base na resolusyon, na nagpapahintulot sa mga mananaliksik na komprehensibong mag-imbestiga sa methylome at mag-alis ng mga abnormal na pattern ng methylation na nauugnay sa iba't ibang mga kondisyon, lalo na ang cancer. Sa pamamagitan ng paggamit ng WGBS, ang mga siyentipiko ay makakakuha ng walang kapantay na mga insight sa genome-wide methylation landscape, na nagbibigay ng isang nuanced na pag-unawa sa mga mekanismo ng epigenetic na sumasailalim sa magkakaibang biological na proseso at sakit.
-
Assay para sa Transposase-Accessible Chromatin na may High Throughput Sequencing (ATAC-seq)
Ang ATAC-seq ay isang high-throughput na sequencing technique na ginagamit para sa genome-wide chromatin accessibility analysis. Ang paggamit nito ay nagbibigay ng mas malalim na pag-unawa sa mga kumplikadong mekanismo ng pandaigdigang kontrol ng epigenetic sa pagpapahayag ng gene. Gumagamit ang pamamaraan ng hyperactive Tn5 transposase upang sabay na i-fragment at i-tag ang mga bukas na rehiyon ng chromatin sa pamamagitan ng paglalagay ng mga sequencing adapter. Ang kasunod na PCR amplification ay nagreresulta sa paglikha ng isang sequencing library, na nagbibigay-daan para sa komprehensibong pagkakakilanlan ng mga bukas na rehiyon ng chromatin sa ilalim ng mga partikular na kondisyon ng space-time. Nagbibigay ang ATAC-seq ng holistic na view ng mga naa-access na chromatin landscape, hindi katulad ng mga pamamaraan na nakatuon lang sa mga transcription factor binding site o partikular na histone-modified na mga rehiyon. Sa pamamagitan ng pagkakasunud-sunod sa mga bukas na rehiyon ng chromatin na ito, ipinapakita ng ATAC-seq ang mga rehiyon na mas malamang sa mga aktibong pagkakasunud-sunod ng regulasyon at potensyal na mga site na nagbubuklod ng transcription factor, na nag-aalok ng mahalagang mga pananaw sa dinamikong modulasyon ng expression ng gene sa buong genome.
-
Pinababang Representasyon ng Bisulfite Sequencing (RRBS)
Ang Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) ay lumitaw bilang isang cost-effective at mahusay na alternatibo sa Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) sa DNA methylation research. Habang nagbibigay ang WGBS ng mga komprehensibong insight sa pamamagitan ng pagsusuri sa buong genome sa solong base resolution, ang mataas na gastos nito ay maaaring maging isang limiting factor. Madiskarteng pinapagaan ng RRBS ang hamon na ito sa pamamagitan ng piling pagsusuri sa isang kinatawan na bahagi ng genome. Ang pamamaraang ito ay umaasa sa pagpapayaman ng mga rehiyong mayaman sa isla ng CpG sa pamamagitan ng cleavage ng MspI na sinusundan ng pagpili ng laki ng mga fragment na 200-500/600 bps. Dahil dito, ang mga rehiyon lamang na malapit sa mga isla ng CpG ang pinagsunod-sunod, habang ang mga may malalayong isla ng CpG ay hindi kasama sa pagsusuri. Ang prosesong ito, na sinamahan ng bisulfite sequencing, ay nagbibigay-daan para sa high-resolution na pag-detect ng DNA methylation, at ang sequencing approach, PE150, ay partikular na nakatuon sa mga dulo ng mga insert sa halip na sa gitna, na nagpapataas ng kahusayan ng methylation profiling. Ang RRBS ay isang napakahalagang tool na nagbibigay-daan sa cost-effective na DNA methylation research at nagpapaunlad ng kaalaman sa mga mekanismo ng epigenetic.
