Heatmap
Ang Heatmap tool ay tumatanggap ng matrix data file bilang input at nagbibigay-daan sa mga user na mag-filter, mag-normalize at mag-cluster ng data. Ang pangunahing kaso ng paggamit para sa mga heatmap ay ang cluster analysis ng antas ng expression ng gene sa pagitan ng iba't ibang sample.
Gene Annotation
Ang Gene Annotation tool ay gumaganap ng gene annotation batay sa pagkakahanay ng pagkakasunud-sunod ng mga input na FASTA file laban sa iba't ibang database.
Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)
Ang BLAST tool ay isang BMKCloud integrated na bersyon ng NCBI BLAST at maaaring gamitin para gawin ang parehong mga function gamit ang data na na-upload sa BMKCloud account.
CDS_UTR Prediction
Ang CDS_UTR Prediction tool ay idinisenyo upang hulaan ang mga coding region (CDS) at non-coding region (UTR) sa mga ibinigay na transcript sequence batay sa mga resulta ng BLAST laban sa mga kilalang database ng protina at mga resulta ng hula sa ORF.
Plot ng Manhattan
Ang tool na Manhattan Plot ay nagbibigay-daan sa pagpapakita ng mataas na sample na mga eksperimento at karaniwang ginagamit sa genome-wide association studies (GWAS).
Circos Diagram
Ang tool na CIRCOS Diagram ay nagbibigay ng mahusay na visualization kung paano ipinamamahagi ang genomic feature sa buong genome. Kasama sa mga karaniwang feature ang quantitative loci, SNPs, InDels, mga variant ng structural at copy number.
Gene Ontology (GO) Enrichment
Ang GO Enrichment tool ay nagbibigay ng functional enrichment analysis. Ang pangunahing software sa tool na ito ay ang TopGO-Bioconductor package, na kinabibilangan ng differential expression analysis, GO enrichment analysis at visualization ng mga resulta.
Weighted Gene Co-expression Network Analysis (WGCNA)
Ang WGCNA ay isang malawakang ginagamit na paraan ng pagmimina ng data para sa pagtuklas ng mga module ng co-expression ng gene. Naaangkop ito sa iba't ibang dataset ng expression kabilang ang data ng expression ng microarray at NGS gene.
InterProScan
Ang InterProScan tool ay nagbibigay ng InterPro protein sequence analysis at classification.
GO KEGG Pagpapayaman
Ang GO KEGG Enrichment tool ay idinisenyo upang bumuo ng GO enrichment histogram, KEGG enrichment histogram at KEGG enrichment pathway batay sa ibinigay na gene set at kaukulang anotasyon.