Plant/Animal buong pagkakasunud -sunod ng genome
Mga Tampok ng Serbisyo
● Ang paghahanda ng aklatan ay maaaring maging pamantayan o walang PCR
● Magagamit sa 4 na mga platform ng pagkakasunud -sunod: Illumina Novaseq, MGI T7, Nanopore Promethion P48, o Pacbio Revio.
● Pagtatasa ng Bioinformatic na nakatuon sa pagtuklas ng mga variant: SNP, INDEL, SV at CNV
Mga kalamangan sa serbisyo
●Malawak na mga talaan ng kadalubhasaan at publication: Naipon na karanasan sa pagkakasunud -sunod ng genome para sa higit sa 1000 species ay nagresulta sa higit sa 1000 na nai -publish na mga kaso na may pinagsama -samang kadahilanan ng epekto ng higit sa 5000.
●Komprehensibong pagsusuri ng bioinformatics: Kabilang ang pagkakaiba -iba ng pagtawag at pag -andar ng pag -andar.
● Suporta sa Post-Sales:Ang aming pangako ay lampas sa pagkumpleto ng proyekto na may isang 3-buwan na panahon ng serbisyo pagkatapos ng pagbebenta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-aayos, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga query na may kaugnayan sa mga resulta.
●Komprehensibong anotasyon: Gumagamit kami ng maraming mga database upang gumana na i -annotate ang mga gene na may natukoy na mga pagkakaiba -iba at isinasagawa ang kaukulang pagsusuri ng pagpapayaman, na nagbibigay ng mga pananaw sa maraming mga proyekto ng pananaliksik.
Mga pagtutukoy sa serbisyo
| Mga variant na makikilala | Diskarte sa pagkakasunud -sunod | Inirerekumendang lalim |
| SNP at Indel | Illumina Novaseq PE150 o MGI T7 | 10x |
| SV at CNV (hindi gaanong tumpak) | 30x | |
| SV at CNV (mas tumpak) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNPS, INDELS, SV at CNV | Pacbio Revio | 10x |
Mga kinakailangan sa halimbawang
| Tissue o nakuha ang mga nucleic acid | Illumina/Mgi | Nanopore | Pacbio
| ||
| Hayop viscera | 0.5-1 g | ≥ 3.5 g
| ≥ 3.5 g
| ||
| Kalamnan ng hayop | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Dugo ng mammalian | 1.5 ml | ≥ 0.5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Poultry/Fish Dugo | ≥ 0.1 ml
| ≥ 0.5 ml
| |||
| Plant- Sariwang dahon | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Mga cell na may kultura |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Insekto malambot na tisyu/indibidwal | 0.5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Kinuha ang DNA
| Konsentrasyon: ≥ 1 ng/ µL Halaga: ≥ 30 ng Limitado o walang pagkasira o kontaminasyon
| Konsentrasyon Halaga
OD260/280
OD260/230
Limitado o walang pagkasira o kontaminasyon
| ≥ 40 ng/ µL 4 µg/daloy ng cell/sample
1.7-2.2
≥1.5 | Konsentrasyon Halaga
OD260/280
OD260/230
Limitado o walang pagkasira o kontaminasyon | ≥ 50 ng/ µL 10 µg/daloy ng cell/sample
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| PCR-Free Library Paghahanda: Konsentrasyon 4 40 ng/ µL Halaga ng 500 ng | |||||
Daloy ng trabaho sa serbisyo
Halimbawang paghahatid
Pagkuha ng DNA
Konstruksyon ng Library
Pagkakasunud -sunod
Pagtatasa ng data
Paghahatid ng data
May kasamang sumusunod na pagsusuri:
- Raw Data Kalidad ng Kalidad
- Mga istatistika ng pagkakahanay sa sanggunian genome
- Variant Identification: SNP, INDEL, SV at CNV
- Functional annotation ng mga variant
Mga istatistika ng pagkakahanay sa sanggunian na genome - pagkakasunud -sunod ng lalim na pamamahagi
Ang pagtawag ng SNP sa maraming mga sample
INDEL IDENTIFICATION-Mga istatistika ng Haba ng Indel sa rehiyon ng CDS at ang Genome-Wide Region
Iba't ibang pamamahagi sa buong genome - circos plot
Functional annotation ng mga gene na may kinikilalang variant - gene ontology
Chai, Q. et al. . 433. Doi: 10.1111/pbi.13965.
Cheng, H. et al. . doi: 10.1111/pbi.14018.
Li, A. et al. . doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. . doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
