Plant/Animal de novo genome na pagkakasunud -sunod
De novoAng pagkakasunud -sunod ay tumutukoy sa pagtatayo ng isang buong genome ng isang species gamit ang mga teknolohiyang pagkakasunud -sunod sa kawalan ng isang sanggunian na sanggunian. Ang pagpapakilala at malawak na pag-aampon ng pagkakasunud-sunod ng ikatlong henerasyon, na nagtatampok ng mas matagal na pagbabasa, ay may makabuluhang pinahusay na pagpupulong ng genome sa pamamagitan ng pagtaas ng overlap sa pagitan ng mga nabasa. Ang pagpapahusay na ito ay partikular na nauugnay kapag nakikipag-usap sa mga mapaghamong genom, tulad ng mga nagpapakita ng mataas na heterozygosity, isang mataas na ratio ng paulit-ulit na mga rehiyon, polyploids, at mga rehiyon na may paulit-ulit na mga elemento, hindi normal na mga nilalaman ng GC, o mataas na pagiging kumplikado na karaniwang hindi maganda na nagtipon gamit ang mga panandaliang pagkakasunud-sunod, o mataas na pagiging kumplikado na karaniwang hindi maganda na nagtitipon gamit ang mga panandaliang pagsunud-sunod Mag -isa
Ang aming one-stop na solusyon ay nagbibigay ng pinagsamang mga serbisyo ng pagkakasunud-sunod at pagsusuri ng bioinformatic na naghahatid ng isang de-kalidad na de novo na nagtipon ng genome. Ang isang paunang survey ng genome na may Illumina ay nagbibigay ng mga pagtatantya ng laki at pagiging kumplikado ng genome, at ang impormasyong ito ay ginagamit upang gabayan ang susunod na hakbang ng matagal nang nabasa na pagkakasunud-sunod kasama ang PacBio HIFI, na sinusundan ngDe novoAssembly ng mga contigs. Ang kasunod na paggamit ng pagpupulong ng HIC ay nagbibigay-daan sa pag-angkla ng mga contigs sa genome, pagkuha ng isang chromosome-level na pagpupulong. Sa wakas, ang genome ay na -annotate ng hula ng gene at sa pamamagitan ng pagkakasunud -sunod na ipinahayag na mga gene, na gumagamit ng mga transcriptome na may maikli at mahabang nabasa.
Mga Tampok ng Serbisyo
● Pagsasama ng maraming mga serbisyo ng pagkakasunud-sunod at bioinformatic sa isang one-stop na solusyon:
Genome Survey na may Illumina upang matantya ang laki ng genome at gabayan ang mga kasunod na hakbang;
Mahabang basahin ang pagkakasunud -sunod para saDe novopagpupulong ng mga contigs;
Hi-c pagkakasunud-sunod para sa chromosome anchoring;
pagkakasunud -sunod ng mRNA para sa annotation ng mga gene;
Pagpapatunay ng pagpupulong.
● Serbisyo na angkop para sa pagtatayo ng mga nobelang genom o pagpapabuti ng umiiral na mga sangguniang genom para sa mga species ng interes.
Mga kalamangan sa serbisyo
Pag -unlad ng mga sunud -sunod na platform at bioinformatics saDe novoGenome Assembly
(Amarasinghe SL et al.,Genome Biology, 2020)
●Malawak na kadalubhasaan at tala ng publication: Ang BMKGENE ay naipon ang napakalaking karanasan sa mataas na kalidad na genome assembly ng magkakaibang species, kabilang ang mga diploid genom at lubos na kumplikadong mga genom ng polyploid at allopolyploid species. Mula noong 2018, nag -ambag kami sa higit300 mga publikasyong mataas na epekto, at 20+ sa mga ito ay nai-publish sa Nature Genetics.
● One-stop na solusyon: Pinagsasama ng aming pinagsamang diskarte ang maraming mga teknolohiya ng pagkakasunud-sunod at pag-aaral ng bioinformatic sa isang cohesive workflow, na naghahatid ng isang de-kalidad na genome na natipon.
●Naaangkop sa iyong mga pangangailangan: Ang aming daloy ng serbisyo ay napapasadya, na nagpapahintulot sa pagbagay para sa mga genom na may magkakaibang mga tampok at mga tiyak na pangangailangan sa pananaliksik. Kasama dito ang pagtanggap ng mga higanteng genom, polyploid genomes, mataas na heterozygous genomes, at marami pa.
●Lubhang bihasang bioinformatics at laboratorial team: na may mahusay na karanasan sa parehong eksperimentong at bioinformatics sa harap ng mga kumplikadong genome assembly at isang serye ng mga patent at software copyright.
●Suporta sa Post-Sales:Ang aming pangako ay lampas sa pagkumpleto ng proyekto na may isang 3-buwan na panahon ng serbisyo pagkatapos ng pagbebenta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-aayos, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga query na may kaugnayan sa mga resulta.
Mga pagtutukoy sa serbisyo
| Genome Survey | Genome Assembly | Chromosome-level | Genome Annotation |
| 50x Illumina Novaseq PE150
| 30X PacBio CCS HIFI Nagbabasa | 100X HI-C | RNA-seq Illumina PE150 10 GB + (Opsyonal) Buong haba RNA-seq pacbio 40 gb o Nanopore 12 GB |
Mga kinakailangan sa serbisyo
Para sa Genome Survey, Genome Assembly at Hi-C Assembly:
| Tissue o nakuha ang mga nucleic acid | Genome Survey | Genome Assembly kasama ang PacBio | Hi-c Assembly |
| Hayop viscera | 0.5-1 g
| ≥ 3.5 g | ≥2 g |
| Kalamnan ng hayop | ≥ 5 g | ||
| Dugo ng mammalian | 1.5 ml
| ≥ 5 ml | ≥2 ml |
| Poultry/Fish Dugo | ≥ 0.5 ml | ||
| Plant- Sariwang dahon | 1-2 g | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Mga cell na may kultura |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Insekto | 0.5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| Kinuha ang DNA | Konsentrasyon: ≥1 ng/ µL Halaga ≥ 30 ng Limitado o walang pagkasira o kontaminasyon | Konsentrasyon: ≥ 50 ng/ µL Halaga: 10 µg/daloy ng cell/sample OD260/280 = 1.7-2.2 OD260/230 = 1.8-2.5 Limitado o walang pagkasira o kontaminasyon |
-
|
Para sa genome annotation na may transcriptomics:
| Tissue o nakuha ang mga nucleic acid | Illumina transcriptome | PacBio Transcriptome | Nanopore transcriptome |
| Plant- Root/Stem/Petal | 450 mg | 600 mg | |
| Halaman - dahon/binhi | 300 mg | 300 mg | |
| Halaman - prutas | 1.2 g | 1.2 g | |
| Animal Heart/Intestine | 300 mg | 300 mg | |
| Hayop viscera/utak | 240 mg | 240 mg | |
| Kalamnan ng hayop | 450 mg | 450 mg | |
| Mga buto ng hayop/buhok/balat | 1 g | 1 g | |
| Arthropod - Insekto | 6 | 6 | |
| Arthropod -crustacea | 300 mg | 300 mg | |
| Buong dugo | 1 tubo | 1 tubo | |
| Kinuha ang RNA | Konsentrasyon: ≥ 20 ng/ µL Halaga ≥ 0.3 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Rin≥ 6 5≥28S/18S≥1 | Konsentrasyon: ≥ 100 ng/ µL Halaga ≥ 0.75 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Rin≥ 8 5≥28S/18S≥1 | Konsentrasyon: ≥ 100 ng/ µL Halaga ≥ 0.75 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Rin≥ 7.5 5≥28S/18S≥1 |
Inirerekumendang paghahatid ng sample
Lalagyan: 2 ml centrifuge tube (tin foil ay hindi inirerekomenda)
(Para sa karamihan ng mga sample, inirerekumenda namin na huwag mapanatili sa ethanol.)
Halimbawang label: Ang mga halimbawa ay dapat na malinaw na may label at magkapareho sa isinumite na form ng impormasyon ng sample.
Pagpapadala: Dry-Ice: Ang mga sample ay kailangang maimpake muna sa mga bag at inilibing sa dry-ice.
Daloy ng trabaho
Daloy ng trabaho sa serbisyo
Disenyo ng eksperimento
Halimbawang paghahatid
Pagkuha ng DNA
Konstruksyon ng Library
Pagkakasunud -sunod
Pagtatasa ng data
Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta
Kumpletuhin ang pagsusuri ng bioinformatic, na pinaghiwalay sa 4 na mga hakbang:
1) Genome Survey, batay sa K-Mer analysis na may mga nabasa ng NGS:
Pagtantya ng laki ng genome
Pagtantya ng heterozygosity
Pagtantya ng mga paulit -ulit na rehiyon
2) Genome Assembly na may Pacbio Hifi:
De novoAssembly
Pagtatasa sa Assembly: kabilang ang pagsusuri ng BUSCO para sa pagkumpleto ng genome at pagma -map sa likod ng mga nabasa ng NGS at PACBIO HIFI
3) Hi-C Assembly:
HI-C Library QC: Pagtantya ng wastong pakikipag-ugnay sa HI-C
Hi-C Assembly: Clustering ng mga contigs sa mga pangkat, na sinusundan ng pag-order ng contig sa loob ng bawat pangkat at pagtatalaga ng orientation ng contig
Hi-c Pagsusuri
4) Genome Annotation:
Non-coding RNA Prediction
Paulit -ulit na pagkakakilanlan ng mga pagkakasunud -sunod (transposon at pag -uulit ng tandem)
Hula ng gene
§De novo: ab initio algorithm
§ Batay sa homology
§ Batay sa transcriptome, na may mahaba at maikling pagbabasa: ang mga nabasa ayDe novonagtipon o nag -mapa sa draft genome
§ Anotasyon ng hinulaang mga gene na may maraming mga database
1) Pagsusuri ng Genome- K-mer
2) Genome Assembly
2) Genome Assembly - Nabasa ni Pacbio Hifi ang pagmamapa sa Draft Assembly
2) Hi-C Assembly-Pagtantya ng Hi-C wastong mga pares ng pakikipag-ugnay
3) Pagsusuri ng Post-Assembly ng Hi-C
4) Genome Annotation - Pagsasama ng hinulaang mga gene
4) Genome Annotation - Hinulaang Annotation ng Genes
Galugarin ang mga pagsulong na pinadali ng BMKGENE'S DE Novo Genome Assembly Services sa pamamagitan ng isang curated na koleksyon ng mga publikasyon:
Li, C. et al. ) doi: 10.1038/s41467-021-21379-x.
Li, Y. et al. . doi: 10.1093/molbev/msad006.
Tian, T. et al. . doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. . doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Mapaghamong mga pag-aaral sa kaso:
Telomere-to-Telomere Assembly:Fu, A. et al. . doi: 10.1093/hr/UHAC228.
Haplotype Assembly:Hu, W. et al. . doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Giant Genome Assembly:Yuan, J. et al. . doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Polyploid Genome Assembly:Zhang, Q. et al. . doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
