PacBio buong-haba na transcriptome

Ang PACBIO full-length transcriptome na pagkakasunud-sunod, IsoseQ, ay nagbibigay-daan sa tumpak na pagkilala ng mga transcript isoform, nagpapagaan ng ilaw sa alternatibong polyadenylation at splicing, at humahantong sa mas tumpak na pagsusuri ng expression ng gene. Ang BMKCloud PACBIO full-length transcriptome pipeline ay idinisenyo upang pag-aralan ang mga aklatan ng cDNA na sunud-sunod sa circular consensus sequencing (CCS) mode at kinikilala ang buong-haba na mga non-chimeric (FLNC) na mga pagkakasunud-sunod, na kung saan ay pagkatapos ay clustered sa mga hindi kalabisan na mga transkrip. Sinusuri ng isang kasunod na pagsusuri ng BUSCO ang pagkakumpleto ng transcriptome assembly. Mula sa pinagsama -samang transcriptome, maraming mga pagsusuri ang isinasagawa: alternatibong paghahati, simpleng pagkakasunud -sunod na pag -uulit (SSR), hula ng lncRNA at kaukulang target na mga gene, hula ng mga nobelang gen, pagsusuri ng pamilya ng gene, pagsusuri ng kadahilanan ng transkripsyon, at pag -andar ng annotation ng mga transkripsyon.