PacBio 2+3 Full-Length mRNA Solution
Mga tampok
● Disenyo ng pag-aaral:
Pinagsama-samang sample na sequenced sa PacBio para matukoy ang mga transcript isoform
Paghiwalayin ang mga sample (mga replika at kundisyon na susuriin) na pinagsunod-sunodNGS upang mabilang ang transcript expression
● PacBio sequencing sa CCS mode, pagbuo ng HiFi reads
● Pagsusunod-sunod ng mga full-length na transcript
● Ang pagsusuri ay hindi nangangailangan ng isang reference na genome; gayunpaman, ito ay maaaring gamitin
● Kasama sa pagsusuri ng bioinformatic hindi lamang ang expression sa antas ng gene at isoform kundi pati na rin ang pagsusuri ng lncRNA, mga pagsasanib ng gene, poly-adenylation, at istraktura ng gene
Mga kalamangan
● Mataas na Katumpakan: HiFi reads nang may katumpakan >99.9% (Q30), maihahambing sa NGS
● Alternatibong Pagsusuri ng Splicing: Ang pagkakasunud-sunod ng lahat ng mga transcript ay nagbibigay-daan sa isoform na pagkakakilanlan at paglalarawan.
● Kumbinasyon ng PacBio at NGS Strengths: pagpapagana ng quantification ng expression sa antas ng isoform, paglalahad ng pagbabago na maaaring itago kapag sinusuri ang buong gene expression
● Malawak na Dalubhasa: na may track record ng pagkumpleto ng higit sa 1100 PacBio full-length transcriptome projects at pagproseso ng higit sa 2300 sample, ang aming team ay nagdadala ng maraming karanasan sa bawat proyekto.
● Suporta sa Post-Sales: ang aming pangako ay umaabot nang lampas sa pagkumpleto ng proyekto na may 3-buwan na panahon ng serbisyo pagkatapos ng pagbebenta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-troubleshoot, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga query na nauugnay sa mga resulta.
Mga Sample na Kinakailangan at Paghahatid
| Aklatan | Diskarte sa pagkakasunud-sunod | Inirerekomenda ang data | Kontrol sa Kalidad |
| PolyA enriched mRNA CCS library | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A enriched | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nucleotides
|
| Conc.(ng/μl) | Halaga (μg) | Kadalisayan | Integridad |
| Aklatan ng Illumina | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Limitado o walang protina o kontaminasyon ng DNA na ipinapakita sa gel. | Para sa mga halaman: RIN≥4.0; Para sa mga hayop: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; limitado o walang baseline elevation |
| library ng PacBio | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Limitado o walang protina o kontaminasyon ng DNA na ipinapakita sa gel. | Mga halaman: RIN≥7.5 Mga Hayop: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; limitado o walang baseline elevation |
Inirerekomendang Paghahatid ng Sample
Lalagyan: 2 ml centrifuge tube (Hindi inirerekomenda ang tin foil)
Sample na pag-label: Pangkat+kopya hal. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pagpapadala:
1. Dry-ice:Ang mga sample ay kailangang ilagay sa mga bag at ilibing sa dry-ice.
2. RNAstable tubes: Ang mga sample ng RNA ay maaaring patuyuin sa RNA stabilization tube(hal. RNAstable®) at ipadala sa room temperature.
Kasama ang sumusunod na pagsusuri:
Kontrol sa kalidad ng raw data
Alternatibong Pagsusuri ng Polyadenylation (APA)
Pagsusuri ng fusion transcript
Alternatibong Pagsusuri ng Splicing
Pagsusuri ng Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) na pagsusuri
Novel transcript analysis: hula ng coding sequences (CDS) at functional annotation
Pagsusuri ng lncRNA: hula ng lncRNA at mga target
MicroSatelite Identification (SSR)
Pagsusuri ng Differentially Expressed Transcripts (DETs).
Pagsusuri ng Differentially Expressed Genes (DEGs).
Functional na anotasyon ng mga DEG at DET
pagsusuri ng BUSCO
Alternatibong Pagsusuri ng Splicing
Alternatibong Pagsusuri ng Polyadenylation (APA)
Mga Differentially Expressed Genes (DEGs) at Transcripts (DETs9 anlaysis
Mga network ng pakikipag-ugnayan ng Protein-Protein ng mga DET at DEG
Galugarin ang mga pagsulong na pinadali ng PacBio 2+3 na buong-haba na pagkakasunud-sunod ng mRNA ng BMKGene sa pamamagitan ng isang na-curate na koleksyon ng mga publikasyon.
Chao, Q. et al. (2019) 'The developmental dynamics of the Populus stem transcriptome', Plant Biotechnology Journal, 17(1), pp. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Mga Dynamic na Pagbabago sa Nilalaman ng Ascorbic Acid sa panahon ng Pag-unlad ng Prutas at Paghinog ng Actinidia latifolia (isang Ascorbate-Rich Fruit Crop) at ang Associated Molecular Mechanisms', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Epektibong hula ng biosynthetic pathway genes na kasangkot sa bioactive polyphyllins sa Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), pp. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Pinagsamang PacBio Iso-Seq at Illumina RNA-Seq Pagsusuri ng Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome at Cytochrome P450 Genes', Insects, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Isang survey ng transcriptome complexity gamit ang PacBio single-molecule real-time analysis na sinamahan ng Illumina RNA sequencing para sa mas mahusay na pag-unawa sa ricinoleic acid biosynthesis sa Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
