Non-Reference based mRNA Sequencing-NGS
Mga tampok
● Pagkuha ng poly mRNA bago ang paghahanda ng library
● Independyente sa anumang reference na genome: batay sa de novo assembly ng mga transcript, na bumubuo ng isang listahan ng mga unigene na may annotated na maraming database (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Comprehensive bioinformatic analysis ng gene expression at transcript structure
Mga Kalamangan sa Serbisyo
●Malawak na Dalubhasa: na may track record ng pagproseso ng mahigit 600,000 sample sa BMKGENE, na sumasaklaw sa iba't ibang uri ng sample gaya ng mga cell culture, tissue, at body fluid, ang aming team ay nagdadala ng maraming karanasan sa bawat proyekto. Matagumpay naming naisara ang mahigit 100,000 mRNA-Seq na proyekto sa iba't ibang domain ng pananaliksik.
●Mahigpit na Kontrol sa Kalidad: nagpapatupad kami ng mga pangunahing control point sa lahat ng yugto, mula sa paghahanda ng sample at library hanggang sa sequencing at bioinformatics. Tinitiyak ng maselang pagsubaybay na ito ang paghahatid ng patuloy na mataas na kalidad na mga resulta.
● Comprehensive Anotasyon: gumagamit kami ng maramihang mga database upang ma-annotate ang mga Differentially Expressed Genes (DEGs) at magsagawa ng kaukulang pagsusuri sa pagpapayaman, na nagbibigay ng mga insight sa mga prosesong cellular at molekular na pinagbabatayan ng transcriptome na tugon.
●Suporta sa Post-Sales: ang aming pangako ay umaabot nang lampas sa pagkumpleto ng proyekto na may 3-buwan na panahon ng serbisyo pagkatapos ng pagbebenta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-troubleshoot, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga query na nauugnay sa mga resulta.
Mga Sample na Kinakailangan at Paghahatid
| Library | Diskarte sa pagkakasunud-sunod | Inirerekomenda ang data | Kontrol sa Kalidad |
| Poly A enriched | Illumina PE150 DNSSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Mga Sample na Kinakailangan:
Nucleotides:
| Conc.(ng/μl) | Halaga (μg) | Kadalisayan | Integridad |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Limitado o walang protina o kontaminasyon ng DNA na ipinapakita sa gel. | Para sa mga halaman: RIN≥4.0; Para sa mga hayop: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; limitado o walang baseline elevation |
● Mga halaman:
Root, Stem o Petal: 450 mg
Dahon o Binhi: 300 mg
Prutas: 1.2 g
● Hayop:
Puso o Bituka: 300 mg
Viscera o Utak: 240 mg
Kalamnan: 450 mg
Buto, Buhok o Balat: 1g
● Mga Arthropod:
Mga Insekto: 6g
Crustacea: 300 mg
● Buong dugo: 1 tubo
● Mga cell: 106 mga selula
Inirerekomendang Paghahatid ng Sample
Lalagyan: 2 ml centrifuge tube (Hindi inirerekomenda ang tin foil)
Sample na pag-label: Pangkat+kopya hal. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pagpapadala:
1. Dry-ice: Ang mga sample ay kailangang ilagay sa mga bag at ibaon sa dry-ice.
2. RNAstable tubes: Ang mga sample ng RNA ay maaaring patuyuin sa RNA stabilization tube(hal. RNAstable®) at ipadala sa room temperature.
Daloy ng Trabaho ng Serbisyo
Eksperimento na disenyo
Paghahatid ng sample
Pagkuha ng RNA
Paggawa ng aklatan
Pagsusunod-sunod
Pagsusuri ng datos
Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta
Bioinformatics
Transcriptome assembly at unigene selection
Unigene annotation
Sample na ugnayan at pagtatasa ng mga biological replicates
Mga Differentially Expressed Genes (DEGs)
Functional na Anotasyon ng mga DEG
Functional Enrichment ng mga DEG
Tuklasin ang mga pagsulong na pinadali ng eukaryotic NGS mRNA sequencing services ng BMKGene sa pamamagitan ng na-curate na koleksyon ng mga publikasyon.
Shen, F. et al. (2020) 'De novo transcriptome assembly at sex-biased gene expression sa mga gonad ng Amur catfish (Silurus asotus)', Genomics, 112(3), pp. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Transcriptome analysis ng sucrose metabolism sa panahon ng pamamaga at pag-unlad ng bombilya sa sibuyas (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7(Setyembre), p. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) 'De novo assembly, characterization at annotation para sa transcriptome ng Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'Ang De novo transcriptome analysis ay nagbibigay ng mga insight sa salt tolerance ng Podocarpus macrophyllus sa ilalim ng salinity stress', BMC Plant Biology, 21(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
