mRNA-seq (NGS) na may reference na genome
Ang RNA-seq ay isang karaniwang tool sa buong agham ng buhay at pananim, na tumutulay sa agwat sa pagitan ng mga genome at proteome. Ang lakas nito ay nakasalalay sa pagtuklas ng mga bagong transcript at pagbibilang ng kanilang pagpapahayag sa isang assay. Malawak itong ginagamit para sa mga comparative transcriptomic na pag-aaral, na nagbibigay-liwanag sa mga gene na nauugnay sa iba't ibang katangian o phenotype, tulad ng paghahambing ng mga mutant sa mga wild-type o pagpapakita ng expression ng gene sa ilalim ng mga partikular na kundisyon. Isinasama ng BMKCloud mRNA(Reference) APP ang expression quantification, differential expression analysis(DEG), at sequence structure na pagsusuri sa mRNA-seq(NGS) bioinformatics pipeline at pinagsasama-sama ang mga lakas ng katulad na software, tinitiyak ang kaginhawahan at pagiging friendly ng user. Maaaring i-upload ng mga user ang kanilang RNA-seq data sa cloud, kung saan nag-aalok ang App ng komprehensibo, one-stop na bioinformatic analysis na solusyon. Bukod pa rito, binibigyang-priyoridad nito ang karanasan ng customer, na nag-aalok ng mga personalized na operasyon na iniayon sa mga partikular na pangangailangan ng mga user. Ang mga user ay maaaring magtakda ng mga parameter at magsumite ng pipeline mission nang mag-isa, suriin ang interactive na ulat, tingnan ang data/diagram at kumpletuhin ang data mining, gaya ng: target na pagpili ng gene, functional clustering, diagramming, atbp.
Platform:Illumina, MGI
Diskarte:RNA-Seq
Layout: Paried, malinis na data.
Uri ng library:fr-unstranded, fr-firststrand o fr-secondstrand
Haba ng pagbasa:150 bp
Uri ng file:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz o *.fq.gz. Ang sistema ayawtomatikong ipares ang mga .fastq na file ayon sa kanilang mga pangalan ng file,hal *_1.fastq ipinares sa *._2.fastq.
Bilang ng mga sample:Walang mga paghihigpit sa bilangng mga sample, ngunit ang oras ng pagsusuri ay tataas bilang ang bilang nglumalaki ang mga sample.
Inirerekomendang Halaga ng Data:6G bawat sample