T2T Genome Assembly, Gap Free Genome
1stDalawang gene ng bigas1
Pamagat: Assembly at pagpapatunay ng dalawang Gap-Free Reference Genomes para sa Xian/Indica Rice ay nagpapakita ng mga pananaw sa arkitektura ng halaman ng sentromere
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Nai -post na Oras: Enero 01, 2021.
Institute: Huazhong Agricultural University, China
Mga Materyales
O. sativa xian/indicaVarieties ng Rice 'Zhenshan 97 (ZS97)' at 'Minghui 63 (MH63)
Diskarte sa pagkakasunud -sunod
Nagbabasa ng NGS + binabasa ng HIFI + binabasa ng CLR + Bionano + HI-C
Data:
ZS97: 8.34 GB （~ 23X） Nagbabasa ang Hifi + 48.39 GB (~ 131x) binabasa ng CLR + 25 GB (~ 69x) Ngs + 2 Bionano IRYS Cells
MH63: 37.88 GB (~ 103x) binabasa ng HIFI + 48.97 GB (~ 132X) binabasa ng CLR + 28 GB (~ 76X) NGS + 2 BIONANO IRYS CELLS
Larawan 1 Dalawang Gap-Free Genomes ng Rice (MH63 at ZS97)
2ndBanana Genome2
Pamagat: Telomere-to-Telomere Gapless Chromosomes ng Banana gamit ang pagkakasunud-sunod ng nanopore
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Nai -post na Oras: Abril 17, 2021.
Institute: Université Paris-Saclay, France
Mga Materyales
Double haploidMusa acuminatasppMalacccensis(Dh-Pahang)
Diskarte at Data ng Sequencing:
HISEQ2500 PE250 Mode+ Minion/ Promethion (93GB, ~ 200x)+ Optical Map (DLE-1+ BSPQ1)
Talahanayan 1 Paghahambing ng Musa acuminata (DH-Pahang) genome assembly
Larawan 2 Paghahambing sa arkitektura ng MUSA GENOMES
3rdPhaeodactylum tricornutum genome3
Pamagat: Telomere-to-Telomere Genome Assembly ngP
Haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Nai -post na Oras: Mayo 04, 2021
Institute: Western University, Canada
Mga Materyales
Phaeodactylum tricornutum(Koleksyon ng Kultura ng Algae at Protozoa CCAP 1055/1)
Diskarte at Data ng Sequencing:
1 Oxford nanopore minion flow cell + a 2 × 75 ipinares-end mid-output nextseq 550 run
Figure 3 Workflow para sa Telomere-to-Telomere Genome Assembly
4thHuman CHM13 Genome4
Pamagat: Ang kumpletong pagkakasunud -sunod ng isang genome ng tao
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Nai -post na Oras: Mayo 27, 2021
Institute: National Institutes of Health (NIH), USA
Mga Materyales: Cell Line CHM13
Diskarte at Data ng Sequencing:
30 × PacBio Circular Consensus Sequencing (HIFI), 120 × Oxford Nanopore Ultra-Long Read Sequencing, 100 × Illumina PCR-Free Sequencing (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics HI-C (HI-C), Bionano Optical Maps, at Strand-seq
Talahanayan 2 Paghahambing ng Grch38 at T2T-CHM13 Human Genome Assembly
Sanggunian
1.Sergey Nurk et al. Ang kumpletong pagkakasunud -sunod ng isang genome ng tao. Biorxiv 2021.05.26.445798; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al. Telomere-to-Telomere Gapless Chromosomes ng Banana gamit ang pagkakasunud-sunod ng nanopore. Biorxiv 2021.04.16.440017; doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al. Telomere-to-Telomere Genome Assembly ng Phaeodactylum tricornutum. Biorxiv 2021.05.04.442596; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-ming Song et al. Assembly at pagpapatunay ng dalawang mga gen-free na sanggunian na genomes para sa Xian/indica bigas ay nagpapakita ng mga pananaw sa arkitektura ng halaman ng sentromere. Biorxiv 2020.12.24.424073; doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Oras ng Mag-post: Jan-06-2022