Nanopore buong-haba na transcriptome

Ang NanoPore Transcriptome Sequencing ay isang malakas na pamamaraan para sa pagkakasunud-sunod ng buong-haba na mga cDNA, tumpak na pagkilala at pagsukat ng mga isoform ng transcript. Ang BMKCloud Nanopore na buong-haba na transcriptome pipeline ay idinisenyo upang pag-aralan ang data ng RNA-seq na nabuo sa platform ng nanopore laban sa isang mataas na kalidad na mahusay na sanggunian na sanggunian, na nagbibigay ng husay at dami ng pagsusuri sa parehong antas ng gene at transcript. Matapos ang kalidad ng kontrol, ang mga pagkakasunud-sunod ng buong non-chimeric (FLNC) ay nakuha at ang mga pagkakasunud-sunod ng pinagkasunduan ay na-mapa sa genome ng sanggunian upang alisin ang mga kalabisan na mga transkrip. Mula sa set ng transcript na ito, ang expression ay nai -rate at naiiba ang ipinahayag na mga gene at transkrip ay nakilala at functionally annotated. Kasama rin sa pipeline ang alternatibong pagsusuri ng polyadenylation (APA), alternatibong pagsusuri ng pag -splicing, pagsusuri ng Simple Sequence Repeat (SSR), hula ng lncRNA at kaukulang mga target, hula ng mga pagkakasunud -sunod ng coding (CDS), pagsusuri ng pamilya ng gene, pagsusuri ng kadahilanan ng transkripsyon, hula ng mga gen ng nobela at functional annotation ng mga transkrip.