mRNA-seq (NGS) – De novo

Ang pagkakasunud-sunod ng mRNA ay nagbibigay-daan sa pag-profile ng lahat ng mga transcript ng mRNA sa mga cell sa ilalim ng mga partikular na kondisyon at ito ay isang malawakang ginagamit na teknolohiya sa iba't ibang mga lugar ng pananaliksik. Ang BMKCloud De novo mRNA-seq pipeline ay idinisenyo upang suriin ang poly-A enriched sequencing library kapag walang available na reference genome. Ang pipeline ay nagsisimula sa quality control, na sinusundan ngde novotranscript assembly at unigene set selection. Hinuhulaan ng unigene structure analysis ang coding sequence (CDS) at simpleng sequence repeats (SSR). Kasunod nito, ang pag-aaral ng differential expression ay nakakahanap ng differentially expressed genes (DEGs) sa mga nasubok na kondisyon, na sinusundan ng functional annotation at enrichment ng DEGs upang kunin ang mga biological insight.