Metagenomics (NGS)

Ang Shotgun Metagenomics na may Illumina ay isang tanyag na tool para sa pag -aaral ng mga microbiome sa pamamagitan ng direktang pagkakasunud -sunod ng DNA mula sa mga kumplikadong halimbawa, na nagpapagana ng pag -aaral ng parehong taxonomic at functional na pagkakaiba -iba. Ang pipeline ng BMKCloud Metagenomic (NGS) ay nagsisimula sa kalidad ng kontrol at pagpupulong ng metagenome, kung saan ang mga gene ay hinuhulaan at isinulat sa mga di-kalabisan na mga datasets na na-annotate para sa pag-andar at taxonomy gamit ang maraming mga database. Ang impormasyong ito ay ginagamit upang pag-aralan ang loob-sample na pagkakaiba-iba ng taxonomic (pagkakaiba-iba ng alpha) at sa pagitan ng-sample na pagkakaiba-iba (pagkakaiba-iba ng beta). Ang pagkakaiba-iba ng pagsusuri sa pagitan ng mga pangkat ay nakakahanap ng mga OTU at biological function na naiiba sa pagitan ng dalawang pangkat na gumagamit ng parehong mga pagsubok na parametric at non-parametric, habang ang pagsusuri ng ugnayan ay nauugnay ang mga pagkakaiba sa mga kadahilanan sa kapaligiran.