lncrna

Ang mga long non-coding RNAs (lncRNA) ay mga RNA na mas mahaba sa 200 nucleotides na may mababang potensyal na pag-coding ngunit may mga kritikal na function ng regulasyon. Ang BMKCloud lncRNA pipeline ay idinisenyo upang suriin ang rRNA depleted na mga aklatan na may mataas na kalidad, mahusay na annotated na reference genome, sa pamamagitan ng pagsusuri ng lncRNA at mRNA expression nang magkasama. Pagkatapos basahin ang trimming at kontrol sa kalidad, ang mga nabasa ay nakahanay sa reference na genome upang mag-assemble ng mga transcript, at ang kasunod na pagsusuri sa istruktura ng gene ay nagpapakita ng alternatibong splicing at mga nobelang gene. Tinutukoy ang mga transcript bilang mga mRNA o lncRNA, at kinikilala ng pagsusuri ng differential expression ang mga differentially expressed lncRNAs, ang kanilang mga target at differentially expressed genes (DEGS). Parehong DEG at differentially expressed lncRNA target ay functionally annotated upang mahanap ang enriched functional na mga kategorya.