● Sequencing sa Illumina NovaseQ na may PE150.
● Ang serbisyo ay nangangailangan ng mga sample ng tisyu, sa halip na nakuha ang mga nucleic acid, upang mag-cross-link na may formaldehyde at mapanatili ang mga pakikipag-ugnay sa DNA-protein.
● Ang eksperimento ng HI-C ay nagsasangkot ng paghihigpit at pagtatapos ng pag-aayos ng malagkit na nagtatapos sa biotin, na sinusundan ng pag-ikot ng mga nagresultang blunt ay nagtatapos habang pinapanatili ang mga pakikipag-ugnay. Ang DNA ay pagkatapos ay hinila na may mga streptavidin kuwintas at nalinis para sa kasunod na paghahanda ng aklatan.
●Optimal na paghihigpit ng disenyo ng enzyme: Upang matiyak ang isang mataas na kahusayan ng Hi-C sa iba't ibang mga species na may hanggang sa 93% na wastong mga pares ng pakikipag-ugnay.
●Malawak na mga talaan ng kadalubhasaan at publication:Ang BMKGENE ay may malawak na karanasan sa> 2000 HI-C na mga proyekto ng pagkakasunud-sunod mula sa 800 iba't ibang mga species at iba't ibang mga patent. Higit sa 100 nai -publish na mga kaso na may isang naipon na kadahilanan ng epekto ng higit sa 900.
●Mataas na bihasang koponan ng bioinformatics:Sa mga in-house patent at software copyright para sa mga eksperimento sa HI-C at pagsusuri ng data at isang software na binuo ng sarili na software ng visualization.
●Suporta sa Post-Sales:Ang aming pangako ay lampas sa pagkumpleto ng proyekto na may isang 3-buwan na panahon ng serbisyo pagkatapos ng pagbebenta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-aayos, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga query na may kaugnayan sa mga resulta.
●Komprehensibong anotasyon: Gumagamit kami ng maraming mga database upang gumana na i -annotate ang mga gene na may natukoy na mga pagkakaiba -iba at isinasagawa ang kaukulang pagsusuri ng pagpapayaman, na nagbibigay ng mga pananaw sa maraming mga proyekto ng pananaliksik.
Library | Diskarte sa pagkakasunud -sunod | Inirerekumendang output ng data | Hi-c resolusyon ng signal |
Hi-c library | Illumina PE150 | Chromatin Loop: 150x Tad: 50x | Chromatin loop: 10kb Tad: 40kb |
Halimbawang uri | Kinakailangang halaga |
Tisyu ng hayop | ≥2g |
Buong dugo | ≥2ml |
Fungi | ≥1g |
Plant- Young Tissue | 1G/Aliquot, inirerekomenda ang 2-4 aliquotes |
Mga cell na may kultura | ≥1x107 |
May kasamang sumusunod na pagsusuri:
● Raw data QC;
● Pagma-map at Hi-C library qc: wastong mga pares ng pakikipag-ugnay at mga exponents ng pagkabulok ng pakikipag-ugnay (IDE);
● Genome-wide Interaction Profiling: CIS/Trans Analysis at Hi-C Pakikipag-ugnay sa Mapa;
● Pagtatasa ng pamamahagi ng kompartimento ng A/B;
● pagkakakilanlan ng mga tads at chromatin loops;
● Pag -aaral ng pagkakaiba -iba sa mga elemento ng istraktura ng 3D chromatin sa mga sample at kaukulang pag -andar ng anotasyon ng mga nauugnay na gen.
Pamamahagi ng proporsyon ng CIS at trans
Ang heatmap ng mga pakikipag -ugnayan ng chromosomal sa pagitan ng mga sample
Ang malawak na pamamahagi ng genome ng mga compartment ng A/B.
Ang malawak na pamamahagi ng genome ng mga chromatin loops
Visualization ng TADS
Galugarin ang mga pagsulong sa pananaliksik na pinadali ng mga serbisyo ng pagkakasunud-sunod ng Hi-C ng BMKGENE sa pamamagitan ng isang curated na koleksyon ng mga pahayagan.
Meng, T. et al. (2021) 'Ang isang paghahambing na integrated multi-omics analysis ay kinikilala ang CA2 bilang isang target na nobela para sa chordoma',Neuro-oncology, 23 (10), pp. 1709–1722. doi: 10.1093/neuonc/noab156.
Xu, L. et al. .Acta Pharmaceutica Sinica b, 11 (10), pp. 3150–3164. doi: 10.1016/j.apsb.2021.03.022.