Exclusive Agency for Korea

条形 Banner-03

Mga produkto

Hi-c batay sa pakikipag-ugnay sa chromatin

Ang HI-C ay isang pamamaraan na idinisenyo upang makuha ang pagsasaayos ng genomic sa pamamagitan ng pagsasama-sama ng mga pakikipag-ugnay na batay sa proximity at pagkakasunud-sunod ng high-throughput. Ang pamamaraan ay batay sa chromatin crosslinking na may formaldehyde, na sinusundan ng panunaw at muling paglig sa isang paraan na ang mga fragment lamang na naka-link na covalently ay bubuo ng mga produktong ligation. Sa pamamagitan ng pagkakasunud -sunod ng mga produktong ito ng ligation, posible na pag -aralan ang 3D na samahan ng genome. Pinapayagan ng Hi-C ang pag-aaral ng pamamahagi ng mga bahagi ng genome na gaanong nakaimpake (isang compartment, euchromatin) at mas malamang na maging aktibo sa transkripsyon, at ang mga rehiyon na mas mahigpit na naka-pack (B compartment, heterochromatin). Maaari ring magamit ang HI-C upang matukoy ang mga topologically na nauugnay na mga domain (TAD), mga rehiyon ng genome na may nakatiklop na mga istraktura at malamang na magkaroon ng katulad na mga pattern ng expression, at upang makilala ang mga chromatin loops, mga rehiyon ng DNA na naka-angkla ng mga protina at iyon ay madalas na pinayaman sa mga elemento ng regulasyon. Ang serbisyo ng pagkakasunud-sunod ng Hi-C ng BMKGENE ay nagbibigay kapangyarihan sa mga mananaliksik upang galugarin ang spatial na sukat ng genomics, pagbubukas ng mga bagong paraan para sa pag-unawa sa regulasyon ng genome at ang mga implikasyon nito sa kalusugan at sakit.


Mga detalye ng serbisyo

Bioinformatics

Mga resulta ng demo

Itinatampok na mga pahayagan

Mga Tampok ng Serbisyo

● Sequencing sa Illumina NovaseQ na may PE150.

● Ang serbisyo ay nangangailangan ng mga sample ng tisyu, sa halip na nakuha ang mga nucleic acid, upang mag-cross-link na may formaldehyde at mapanatili ang mga pakikipag-ugnay sa DNA-protein.

● Ang eksperimento ng HI-C ay nagsasangkot ng paghihigpit at pagtatapos ng pag-aayos ng malagkit na nagtatapos sa biotin, na sinusundan ng pag-ikot ng mga nagresultang blunt ay nagtatapos habang pinapanatili ang mga pakikipag-ugnay. Ang DNA ay pagkatapos ay hinila na may mga streptavidin kuwintas at nalinis para sa kasunod na paghahanda ng aklatan.

Mga kalamangan sa serbisyo

Optimal na paghihigpit ng disenyo ng enzyme: Upang matiyak ang isang mataas na kahusayan ng Hi-C sa iba't ibang mga species na may hanggang sa 93% na wastong mga pares ng pakikipag-ugnay.

Malawak na mga talaan ng kadalubhasaan at publication:Ang BMKGENE ay may malawak na karanasan sa> 2000 HI-C na mga proyekto ng pagkakasunud-sunod mula sa 800 iba't ibang mga species at iba't ibang mga patent. Higit sa 100 nai -publish na mga kaso na may isang naipon na kadahilanan ng epekto ng higit sa 900.

Mataas na bihasang koponan ng bioinformatics:Sa mga in-house patent at software copyright para sa mga eksperimento sa HI-C at pagsusuri ng data at isang software na binuo ng sarili na software ng visualization.

Suporta sa Post-Sales:Ang aming pangako ay lampas sa pagkumpleto ng proyekto na may isang 3-buwan na panahon ng serbisyo pagkatapos ng pagbebenta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-aayos, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga query na may kaugnayan sa mga resulta.

Komprehensibong anotasyon: Gumagamit kami ng maraming mga database upang gumana na i -annotate ang mga gene na may natukoy na mga pagkakaiba -iba at isinasagawa ang kaukulang pagsusuri ng pagpapayaman, na nagbibigay ng mga pananaw sa maraming mga proyekto ng pananaliksik.

Mga pagtutukoy sa serbisyo

Library

Diskarte sa pagkakasunud -sunod

Inirerekumendang output ng data

Hi-c resolusyon ng signal

Hi-c library

Illumina PE150

Chromatin Loop: 150x

Tad: 50x

Chromatin loop: 10kb

Tad: 40kb

Mga Kinakailangan sa Serbisyo

Halimbawang uri

Kinakailangang halaga

Tisyu ng hayop

≥2g

Buong dugo

≥2ml

Fungi

≥1g

Plant- Young Tissue

1G/Aliquot, inirerekomenda ang 2-4 aliquotes

Mga cell na may kultura

≥1x107


  • Nakaraan:
  • Susunod:

  • 图片 98

    May kasamang sumusunod na pagsusuri:

    ● Raw data QC;

    ● Pagma-map at Hi-C library qc: wastong mga pares ng pakikipag-ugnay at mga exponents ng pagkabulok ng pakikipag-ugnay (IDE);

    ● Genome-wide Interaction Profiling: CIS/Trans Analysis at Hi-C Pakikipag-ugnay sa Mapa;

    ● Pagtatasa ng pamamahagi ng kompartimento ng A/B;

    ● pagkakakilanlan ng mga tads at chromatin loops;

    ● Pag -aaral ng pagkakaiba -iba sa mga elemento ng istraktura ng 3D chromatin sa mga sample at kaukulang pag -andar ng anotasyon ng mga nauugnay na gen.

    Pamamahagi ng proporsyon ng CIS at trans

    图片 99

     

    Ang heatmap ng mga pakikipag -ugnayan ng chromosomal sa pagitan ng mga sample

    图片 100

     

    Ang malawak na pamamahagi ng genome ng mga compartment ng A/B.图片 23

     

    Ang malawak na pamamahagi ng genome ng mga chromatin loops

     

    图片 102

     

    Visualization ng TADS

    图片 103

     

    Galugarin ang mga pagsulong sa pananaliksik na pinadali ng mga serbisyo ng pagkakasunud-sunod ng Hi-C ng BMKGENE sa pamamagitan ng isang curated na koleksyon ng mga pahayagan.

     

     

    Meng, T. et al. (2021) 'Ang isang paghahambing na integrated multi-omics analysis ay kinikilala ang CA2 bilang isang target na nobela para sa chordoma',Neuro-oncology, 23 (10), pp. 1709–1722. doi: 10.1093/neuonc/noab156.

    Xu, L. et al. .Acta Pharmaceutica Sinica b, 11 (10), pp. 3150–3164. doi: 10.1016/j.apsb.2021.03.022.

    Kumuha ng isang quote

    Isulat ang iyong mensahe dito at ipadala ito sa amin

    Ipadala ang iyong mensahe sa amin: