Pagsusuri ng Genome-wide Association
Daloy ng trabaho
Mga Kalamangan sa Serbisyo
●Malawak na Kadalubhasaan at mga talaan ng publikasyon: na may naipon na karanasan sa GWAS, nakumpleto ng BMKGene ang daan-daang mga proyekto ng species sa pananaliksik ng populasyon ng GWAS, tinulungan ang mga mananaliksik na mag-publish ng higit sa 100 mga artikulo, at ang pinagsama-samang epekto na kadahilanan ay umabot sa 500.
● Comprehensive bioinformatics analysis: Kasama sa daloy ng trabaho ang pagsusuri sa asosasyon ng SNP-trait, na naghahatid ng isang hanay ng mga gene ng kandidato at ang kanilang kaukulang functional annotation.
●Highly skilled bioinformatics team at maikling ikot ng pagsusuri: na may mahusay na karanasan sa advanced na pagsusuri ng genomics, ang pangkat ng BMKGene ay naghahatid ng mga komprehensibong pagsusuri na may mabilis na oras ng turnaround.
●Suporta sa Post-Sales:Ang aming pangako ay umaabot nang higit pa sa pagkumpleto ng proyekto sa isang 3-buwan na panahon ng serbisyo pagkatapos ng pagbebenta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-troubleshoot, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga query na nauugnay sa mga resulta.
Mga detalye at kinakailangan ng serbisyo
| Uri ng pagkakasunud-sunod | Inirerekomendang sukat ng populasyon | Diskarte sa pagkakasunud-sunod | Mga kinakailangan sa nucleotide |
| Buong Genome Sequencing | 200 sample | 10x | Konsentrasyon: ≥ 1 ng/ µL Kabuuang halaga≥ 30ng Limitado o walang pagkasira o kontaminasyon |
| Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF) | Lalim ng tag: 10x Bilang ng mga tag: < 400 Mb: Inirerekomenda ang WGS < 1Gb: 100K mga tag 1Gb > 2Gb: 300K tag Max 500k na mga tag | Konsentrasyon ≥ 5 ng/µL Kabuuang halaga ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1.6-2.5 Agarose gel: wala o limitadong pagkasira o kontaminasyon
|
Pagpili ng Materyal
Iba't ibang uri, subspecies, landrace/genebanks/mixed family/wild resources
Iba't ibang uri, subspecies, landraces
Half-sib family/full-sib family/wild resources
Daloy ng Trabaho ng Serbisyo
Eksperimento na disenyo
Paghahatid ng sample
Pagkuha ng RNA
Paggawa ng aklatan
Pagsusunod-sunod
Pagsusuri ng datos
Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta
Kasama ang sumusunod na pagsusuri:
- Pagsusuri ng kaugnayan sa buong genome: LM, LMM, EMMAX, FASTLMM na modelo
- Functional na anotasyon ng mga gene ng kandidato
SNP-trait association analysis – Manhattan plot
SNP-trait association analysis – QQ plot
Tuklasin ang mga pagsulong na pinadali ng mga serbisyo ng de GWAS ng BMKGene sa pamamagitan ng isang na-curate na koleksyon ng mga publikasyon:
Lv, L. et al. (2023) 'Insight sa genetic na batayan ng ammonia tolerance sa razor clam Sinonovacula constricta sa pamamagitan ng genome-wide association study',Aquaculture, 569, p. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) 'Ang mga pagsusuri sa multi-omics ng 398 foxtail millet accession ay nagpapakita ng mga genomic na rehiyon na nauugnay sa domestication, metabolite traits, at anti-inflammatory effect',Molecular Plant, 15(8), pp. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) 'Genome-Wide Association Mapping of Hulless Barely Phenotypes in Drought Environment',Mga Hangganan sa Agham ng Halaman, 13, p. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) 'GmST1, na nag-encode ng sulfotransferase, ay nagbibigay ng paglaban sa soybean mosaic virus strains G2 at G3',Halaman, Cell at Kapaligiran, 44(8), pp. 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
