De novo Fungal Genome Assembly
Nag-aalok ang BMKGENE ng maraming nalalaman na solusyon para sa mga fungal genome, na tumutugon sa magkakaibang mga pangangailangan sa pananaliksik at ninanais na pagkakumpleto ng genome. Ang paggamit lamang ng maikling-read na pagkakasunud-sunod ng Illumina ay nagbibigay-daan sa pagbuo ng isang draft na genome. Ang mga short-read at long-read na pagkakasunud-sunod gamit ang Nanopore o Pacbio ay pinagsama para sa isang mas pinong fungal genome na may mas mahabang contigs. Bukod dito, ang pagsasama ng Hi-C sequencing ay higit na nagpapahusay sa mga kakayahan, na nagpapagana sa pagkamit ng isang kumpletong chromosome-level genome.
Mga Tampok ng Serbisyo
Sa tatlong posibleng pagpipiliang mapagpipilian depende sa nais na antas ng pagkakumpleto ng genome:
● Draft Genome Option: Short-read sequencing na may Illumina NovaSeq PE150.
● Fungal Fine Genome Option:
Genome Survey: Illumina NovaSeq PE150.
Genome Assembly: PacBio Revio (HiFi reads) o Nanopore PromethION 48.
● Chromosome-level Fungal Genome:
Genome Survey: Illumina NovaSeq PE150.
Genome Assembly: PacBio Revio (HiFi reads) o Nanopore PromethION 48.
Contig anchoring sa Hi-C assembly.
Mga Kalamangan sa Serbisyo
●Maramihang Mga Istratehiya sa Pagkakasunud-sunod na Available: Para sa iba't ibang layunin ng pananaliksik at mga kinakailangan ng pagkakumpleto ng genome
●Kumpletuhin ang Bioinformatics Workflow:Kabilang dito ang genome assembly at ang hula ng maraming genomic na elemento, functional gene annotation, at contig anchoring.
●Malawak na Dalubhasa: Sa mahigit 12,000 microbial genome na naka-assemble, nagdadala kami ng mahigit isang dekada ng karanasan, isang highly skilled analysis team, komprehensibong content, at mahusay na post-sales support.
●Suporta sa Post-Sales:Ang aming pangako ay umaabot nang higit pa sa pagkumpleto ng proyekto sa isang 3-buwan na panahon ng serbisyo pagkatapos ng pagbebenta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-troubleshoot, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga query na nauugnay sa mga resulta.
Mga Detalye ng Serbisyo
| Serbisyo | Diskarte sa Pagsunod-sunod | Quality Control |
| Draft Genome | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Magandang Genome | Genome survey: Illumina PE150 50 x Assembly: PacBio HiFi 30x o Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb（Pacbio Unicellular） contig N50 ≥2Mb（ONT Unicellular） contig N50 ≥500kb（Iba pa） |
| Chromosome-level genome | Genome survey: Illumina PE150 50 x Assembly: PacBio HiFi 30x o Nanopore 100x Hi-C Assembly 100x | Contig anchoring ratio>90%
|
Mga Kinakailangan sa Serbisyo
| Konsentrasyon (ng/µL) | Kabuuang halaga (µg) | Dami (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
Unicellular Fungus: ≥3.5x1010 mga selula
Macro Fungus: ≥10 g
Daloy ng Trabaho ng Serbisyo
Paghahatid ng sample
Paggawa ng aklatan
Pagsusunod-sunod
Pagsusuri ng datos
Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta
Kasama ang Sumusunod na Pagsusuri:
Genome Survey:
- Pagsusunod-sunod ng kontrol sa kalidad ng data
- Pagtatantya ng genome: laki, heterozygosity, paulit-ulit na elemento
Fine Genome Assembly:
- Sequencing Data Quality Control
- De novoAssembly
- Pagsusuri ng Bahagi ng Genome: Paghula ng CDS at maramihang genomic na elemento
- Functional na anotasyon na may maraming pangkalahatang database (GO, KEGG, atbp.) at mga advanced na database (CARD, VFDB, atbp.)
Hi-C Assembly:
- Hi-C Library Assessment.
- Contigs anchoring clustering, ordering at orienting
- Pagsusuri ng HI-C Assembly: Batay sa reference genome at heat map
Genome survey: k-mer distribution
Genome assembly: gene homologous annotation (NR database)
Genome assembly: functional gene annotation (GO)
Tuklasin ang mga pagsulong na pinadali ng mga serbisyo ng fungal genome assembly ng BMKGene sa pamamagitan ng isang na-curate na koleksyon ng mga publikasyon.
Hao, J. et al. (2023) 'Integrated omic profiling of the medicinal mushroom Inonotus obliquus under submerged conditions',BMC Genomics, 24(1), pp. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Lu, L. et al. (2023) 'Ipinapakita ng genome sequencing ang ebolusyon at pathogenic na mekanismo ng wheat sharp eyespot pathogen Rhizoctonia cerealis',Ang Crop Journal, 11(2), pp. 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'Genome Resources para sa Apat na Clarireedia Species na Nagdudulot ng Dollar Spot sa Diverse Turfgrasses',Sakit sa Halaman, 107(3), pp. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) 'Genetic at Molecular Evidence ng isang Tetrapolar Mating System sa Edible Mushroom Grifola frondosa',Journal ng Fungi, 9(10), p. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
