Pagsusuri ng Eukaryotic mRNA (Nakabatay sa sanggunian at available na mga opsyon sa de novo)
Gumagamit ang pipeline na ito ng data ng NGS RNA-Seq bilang input at gumagawa ng mga resulta mula sa maramihang pag-aaral sa ibaba ng agos kabilang ngunit hindi limitado sa: sequencing data quality assessment,de novotranscription site annotation, variable splicing analysis, differential expression analysis, function annotation at enrichment analysis.
Mahabang pagsusuri sa RNA na hindi coding
Ang mga long non-coding RNA (lncRNA) ay mga non-coding transcript na may haba na mas mahaba sa 200 nt at kilala na gumaganap ng mga tungkulin sa organisasyon at regulasyon ng chromatin. Ang mga high-throughput na teknolohiya sa pagkakasunud-sunod at bioinformatic ay nagbigay-lakas sa aming pag-unawa sa mga pagkakasunud-sunod ng lncRNA at impormasyon sa pagpoposisyon upang matukoy ang mga lncRNA na may mahahalagang tungkulin sa regulasyon. Ang pipeline na ito ay nagbibigay ng lncRNA analysis bilang karagdagan sa mga pagsusuri na binanggit sa Eukaryotic mRNA Analysis pipeline.
16S/18S/ITS amplicon sequencing
Ang Amplicon Sequencing microbial diversity analysis pipeline ay binuo batay sa mga taon ng karanasan sa microbial diversity analysis project analysis. Ang pipeline ay naglalaman ng standardized basic analysis, na sumasaklaw sa mainstream analysis content ng kasalukuyang microbial research at personalized na pagsusuri. Mayaman at komprehensibo ang ulat ng pagsusuri, na may opsyong magsagawa ng magkakaibang personal na pagsusuri. Bilang karagdagan, ang mga sample at grupo ay maaaring mabago sa mabilisang para sa karagdagang pag-customize at kontrol.
Pagsusuri ng Metagenomics ng Shotgun
Ang pipeline ng Shotgun Metagenomic Analysis ay gumagamit ng data ng NGS mula sa pinaghalong genomic na materyales na nakuha mula sa mga sample ng kapaligiran. Ang mga kasamang pagsusuri ay nagbibigay ng detalyadong impormasyon sa pagkakaiba-iba at kasaganaan ng mga species, istruktura ng populasyon, ugnayang phylogenetic, mga functional na gene, at mga network ng ugnayan na may mga salik sa kapaligiran.
NGS-WGS Variant Analysis
Ang NGS-WGS Variant Analysis ay isang pinagsamang variant detection pipeline na nagsasagawa ng data quality control, sequence alignment, annotation, at gene mutation analysis. Ang pipeline ay sumusunod sa GATK na pinakamahusay na kagawian para sa SNP at InDel detection at gumagamit ng Manta para sa structural variant na pagtawag.
Genome Wide Association Study (GWAS)
Ang pipeline ng GWAS ay isang downstream analysis na kumukuha ng dati nang nabuong mga VCF file at kaukulang phenotype data para sa isang cohort ng mga indibidwal bilang input. Gamit ang mga partikular na istatistikal na pamamaraan, nilalayon ng GWAS na alisan ng takip ang mga variation ng nucleotide sa buong genome na nauugnay sa mga pagkakaiba ng phenotypic. Ito ay gumaganap ng isang mahalagang papel sa paggalugad ng mga functional na gene na nauugnay sa mga kumplikadong sakit ng tao at masalimuot na mga katangian sa mga halaman at hayop.
Bulk Segregation Analysis (BSA)
Ang pagsusuri sa BSA ay kinabibilangan ng pagsasama-sama ng mga indibidwal na may matinding phenotypic na katangian mula sa isang naghihiwalay na populasyon. Sa pamamagitan ng paghahambing ng differential loci sa pagitan ng mga naka-pool na sample, mabilis na kinikilala ng diskarteng ito ang malapit na naka-link na mga molekular na marker na nauugnay sa mga target na gene. Malawakang ginagamit sa genetic mapping ng mga halaman at hayop, ito ay isang mahalagang tool para sa marker-assisted breeding.
Evolutionary Genetics Analysis
Ang workflow ng Evolutionary Genetics Analysis ay gumagamit ng malawak na karanasan ng BMKGENE sa mga proyekto ng genetic evolution at kinabibilangan ng phylogenetic tree construction, linkage disequilibrium analysis, genetic diversity assessment, selective sweep identification, kinship analysis, principal component analysis, at population structure characterization.
