Ebolusyonaryong genetika
Mga kalamangan sa serbisyo
Takagi et al.,Ang Plant Journal, 2013
●Comprehensive bioinformatic analysis:pagpapagana ng pagtatantya ng pagkakaiba -iba ng genetic, na sumasalamin sa ebolusyon ng potensyal ng mga species, at nagbubunyag ng maaasahang kaugnayan sa phylogenetic sa pagitan ng mga species na may nabawasan na impluwensya ng tagpo ng ebolusyon at kahanay na ebolusyon
●Opsyonal na pasadyang pagsusuri: tulad ng pagtatantya ng oras ng pagkakaiba -iba at bilis batay sa mga pagkakaiba -iba sa antas ng nucleotide at amino acid.
●Malawak na mga talaan ng kadalubhasaan at publication: Ang BMKGENE ay naipon ang napakalaking karanasan sa mga proyekto ng populasyon at ebolusyon ng genetika sa loob ng higit sa 15 taon, na sumasakop sa libu-libong mga species, atbp at nag-ambag sa higit sa 1000 mga proyekto na may mataas na antas na nai-publish sa Kalikasan ng Kalikasan, Molecular halaman, Plant Biotechnology Journal, atbp.
● Mataas na bihasang koponan ng bioinformatics at maikling pag -ikot ng pagsusuri: Sa pamamagitan ng mahusay na karanasan sa advanced na pagsusuri ng genomics, ang koponan ng BMKGENE ay naghahatid ng komprehensibong pagsusuri na may mabilis na oras ng pag -ikot.
● Suporta sa Post-Sales:Ang aming pangako ay lampas sa pagkumpleto ng proyekto na may isang 3-buwan na panahon ng serbisyo pagkatapos ng pagbebenta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-aayos, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga query na may kaugnayan sa mga resulta.
Mga pagtutukoy at mga kinakailangan sa serbisyo
| Uri ng pagkakasunud -sunod | Inirerekumendang scale ng populasyon | Diskarte sa pagkakasunud -sunod | Mga kinakailangan sa Nucleotide |
| Buong pagkakasunud -sunod ng genome | ≥ 30 indibidwal, na may ≥ 10 mga indibidwal mula sa bawat subgroup
| 10x | Konsentrasyon: ≥ 1 ng/ µL Kabuuang halaga ng 30ng Limitado o walang pagkasira o kontaminasyon |
| Tukoy na Locus Amplified Fragment (SLAF) | Lalim ng tag: 10x Bilang ng mga tag: <400 MB: Inirerekomenda ang WGS <1GB: 100k tag 1GB > 2GB: 300k tag Max 500k tag | Konsentrasyon ≥ 5 ng/µL Kabuuang halaga ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280 = 1.6-2.5 Agarose gel: Hindi o limitadong pagkasira o kontaminasyon
|
Daloy ng trabaho sa serbisyo
Disenyo ng eksperimento
Halimbawang paghahatid
Konstruksyon ng Library
Pagkakasunud -sunod
Pagtatasa ng data
Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta
Kasama sa serbisyo ang pagsusuri ng istraktura ng populasyon (phylogenetic tree, PCA, tsart ng stratification ng populasyon), pagkakaiba-iba ng populasyon, at pagpili ng populasyon (linkage disequilibrium, pumipili na pagpili ng mga site na may kapaki-pakinabang). Ang serbisyo ay maaari ring isama ang na -customize na pagsusuri (hal. Pagkakaiba -iba ng oras, daloy ng gene).
*Ang mga resulta ng demo na ipinapakita dito ay ang lahat mula sa mga genom na nai -publish na may bmkgene
1. Ang pagsusuri ng Eevolution ay naglalaman ng konstruksyon ng phylogenetic tree, istraktura ng populasyon at PCA batay sa mga pagkakaiba -iba ng genetic.
Ang puno ng phylogenetic ay kumakatawan sa mga relasyon sa taxonomic at ebolusyon sa mga species na may karaniwang ninuno.
Nilalayon ng PCA na mailarawan ang pagiging malapit sa pagitan ng mga sub-populasyon.
Ang istraktura ng populasyon ay nagpapakita ng pagkakaroon ng genetically natatanging sub-populasyon sa mga tuntunin ng mga allele frequency.
Chen, et. al.,PNAS, 2020
2.Selective sweep
Ang selective sweep ay tumutukoy sa isang proseso kung saan napili ang isang kapaki -pakinabang na site at ang mga dalas ng mga naka -link na neutral na site ay nadagdagan at ang mga hindi naka -link na mga site ay nabawasan, na nagreresulta sa pagbawas ng rehiyon.
Ang Genome-wide detection sa mga selective sweep na rehiyon ay naproseso sa pamamagitan ng pagkalkula ng populasyon ng genetic index （π ， fst, Tajima's D) ng lahat ng mga SNP sa loob ng isang sliding window (100 kb) sa ilang hakbang (10 kb).
Pagkakaiba -iba ng nucleotide (π）
Tajima's d
Fixation Index (FST)
Wu, et. al.,Molekular na halaman, 2018
3.Gene flow
Wu, et. al.,Molekular na halaman, 2018
4. Kasaysayan ngDemographic
Zhang, et. al.,Kalikasan Ecology at Ebolusyon, 2021
5. oras ng pag -aalaga
Zhang, et. al.,Kalikasan Ecology at Ebolusyon, 2021
Galugarin ang mga pagsulong na pinadali ng mga serbisyo ng ebolusyon ng ebolusyon ng BMKGENE sa pamamagitan ng isang curated na koleksyon ng mga pahayagan:
Hassinar, Ak et al. .International Journal of Molecular Sciences, 24 (7). doi: 10.3390/ijms24076238.
Chai, J. et al. .Pananaliksik sa Zoological, 2022, vol. 43, Isyu 3, mga pahina: 469-480, 43 (3), pp. 469–480. doi: 10.24272/j.issn.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. .Mga Frontier sa Plant Science, 13, p. 882601. Doi: 10.3389/fpls.2022.882601/bibtex.
Wang, J. et al. .Pananaliksik sa Hortikultura, 9. Doi: 10.1093/hr/UHAC021.
