●Mga Platform:Illumina NovaSeq 6000 at NovaSeq X Plus
●Mga mode ng pagkakasunud-sunod:PE150 at PE250
●Kontrol sa kalidad ng mga aklatan bago ang pagkakasunud-sunod
●Pagsusunod-sunod ng data QC at paghahatid:paghahatid ng QC report at raw data sa fastq na format pagkatapos ng demultiplexing at pag-filter ng Q30 reads
●Kakayahan ng mga serbisyo ng Sequencing:maaaring piliin ng customer na mag-sequence ayon sa lane, flow cell, o sa dami ng kinakailangang data (partial lane sequencing).
●Malawak na karanasan sa platform ng pagkakasunud-sunod ng Illumina:na may libu-libong saradong proyekto na may iba't ibang uri ng hayop.
●Paghahatid ng sequencing na ulat ng QC:na may mga sukatan ng kalidad, katumpakan ng data at pangkalahatang pagganap ng sequencing project.
●Mature sequencing na proseso:na may maikling turn-around time.
●Mahigpit na Kontrol sa Kalidad: nagpapatupad kami ng mahigpit na mga kinakailangan sa QC upang magarantiya ang paghahatid ng patuloy na mataas na kalidad na mga resulta.
Plataporma | Daloy ng Cell | Sequencing mode | Yunit | Tinantyang output |
NovaSeq X | 10B (8 lane) | PE150 | Single Lane Bahagyang Lane | 375Gb / Lane |
25B ( 8 lane) | PE150 | Single Lane Bahagyang Lane | 1000 Gb/Lane | |
NovaSeq 6000 | SP Flow cell (2 lane) | PE250 | Daloy ng Cell Single Lane Bahagyang Lane | 325-400 M reads / Lane |
S4 Flow cell (4 na lane) | PE150 | Daloy ng Cell Single Lane Bahagyang Lane | ~800 Gb / Lane |
Dami ng Data (X) | Konsentrasyon (qPCR/nM) | Dami | |
Partial Lane Sequencing
| X ≤ 10 Gb | ≥ 1 nM | ≥ 25 μl |
10 Gb < X ≤ 50 Gb | ≥ 2 nM | ≥ 25 μl | |
50 Gb < X ≤ 100 Gb | ≥ 3 nM | ≥ 25 μl | |
X > 100 Gb | ≥ 4 nM | ≥ 25 μl | |
Pagsusunod-sunod ng Lane | Bawat Lane | ≥ 1.5 nM / Library pool | ≥ 25 μl / Library pool |
Bilang karagdagan sa konsentrasyon at kabuuang halaga, kinakailangan din ang angkop na peak pattern.
Tandaan: Ang pagkakasunud-sunod ng linya ng mga library na mababa ang pagkakaiba-iba ay nangangailangan ng PhiX spike-in upang matiyak ang matatag na base calling.
Inirerekomenda namin ang pagsusumite ng mga pre-pooled na library bilang mga sample. Kung kailangan mo ng BMKGENE na magsagawa ng library pooling, mangyaring sumangguni sa
ang mga kinakailangan sa library para sa partial lane sequencing.
Ang pangunahing peak ay dapat nasa loob ng 300-450 bp.
Ang mga aklatan ay dapat magkaroon ng isang pangunahing peak, walang kontaminasyon ng adaptor at walang mga primer na dimer.
Ang isang ulat sa kalidad ng aklatan ay ibinibigay bago ang pagkakasunud-sunod, pagtatasa ng halaga ng aklatan, at pagkakapira-piraso.
Talahanayan 1. Mga istatistika sa sequencing data.
Sample ID | BMKID | Mga hilaw na nabasa | Raw Data (bp) | Malinis na nabasa (%) | Q20(%) | Q30(%) | GC(%) |
C_01 | BMK_01 | 22,870,120 | 6,861,036,000 | 96.48 | 99.14 | 94.85 | 36.67 |
C_02 | BMK_02 | 14,717,867 | 4,415,360,100 | 96.00 | 98.95 | 93.89 | 37.08 |
Figure 1. Pamamahagi ng kalidad kasama ang mga nabasa sa bawat sample
Larawan 2. Batayang pamamahagi ng nilalaman
Figure 3. Distribusyon ng mga binasang nilalaman sa sequencing data