Exclusive Agency for Korea

Mag-log in sa BMKCloud

Mga produkto

Full-length mRNA sequencing -PacBio

Habang ang pagkakasunud-sunod ng mRNA na nakabatay sa NGS ay isang maraming nalalaman na tool para sa pagbibilang ng expression ng gene, ang pag-uumasa nito sa maiikling pagbabasa ay naghihigpit sa paggamit nito sa mga kumplikadong transcriptomic na pagsusuri. Sa kabilang banda, ang PacBio sequencing (Iso-Seq) ay gumagamit ng long-read na teknolohiya, na nagpapagana sa sequencing ng mga full-length na mRNA transcript. Pinapadali ng diskarteng ito ang isang komprehensibong pag-explore ng alternatibong splicing, gene fusions, at poly-adenylation. Gayunpaman, mayroong iba pang mga pagpipilian para sa dami ng expression ng gene dahil sa mataas na halaga ng data na kinakailangan. Ang teknolohiya ng sequencing ng PacBio ay umaasa sa single-molecule, real-time (SMRT) sequencing, na nagbibigay ng natatanging kalamangan sa pagkuha ng mga full-length na mRNA transcript. Ang makabagong diskarte na ito ay nagsasangkot ng paggamit ng zero-mode waveguides (ZMWs) at mga microfabricated na balon na nagbibigay-daan sa real-time na pagmamasid sa aktibidad ng DNA polymerase sa panahon ng sequencing. Sa loob ng mga ZMW na ito, ang DNA polymerase ng PacBio ay nag-synthesize ng isang komplementaryong strand ng DNA, na bumubuo ng mahabang pagbabasa na sumasaklaw sa kabuuan ng mga transcript ng mRNA. Ang pagpapatakbo ng PacBio sa Circular Consensus sequencing (CCS) mode ay nagpapahusay ng katumpakan sa pamamagitan ng paulit-ulit na pagkakasunud-sunod sa parehong molekula. Ang nabuong HiFi reads ay may katumpakan na maihahambing sa NGS, na higit na nag-aambag sa isang komprehensibo at maaasahang pagsusuri ng mga kumplikadong tampok na transcriptomic.

Platform: PacBio Sequel II; PacBio Revio

Makipag-ugnayan sa Amin

Mga Detalye ng Serbisyo

Bioinformatics

Mga Resulta ng Demo

Mga Tampok na Lathalain

Mga tampok

● cDNA synthesis mula sa poly-A mRNA na sinusundan ng paghahanda sa library

● Sequencing sa CCS mode, pagbuo ng HiFi reads

● Pagsusunod-sunod ng mga full-length na transcript

● Ang pagsusuri ay hindi nangangailangan ng isang reference genome; gayunpaman, ito ay maaaring gamitin

● Ang bioinformatic analysis ay nagbibigay-daan sa pagsusuri ng mga transcript isoform lncRNA, gene fusions, poly-adenylation, at gene structure

Mga Kalamangan sa Serbisyo

●Mataas na Katumpakan: HiFi reads nang may katumpakan >99.9% (Q30), maihahambing sa NGS

● Alternatibong Pagsusuri ng Splicing: Ang pagkakasunud-sunod ng buong transcript ay nagbibigay-daan sa isoform na pagkakakilanlan at paglalarawan

●Malawak na Dalubhasa: na may track record ng pagkumpleto ng higit sa 1100 PacBio full-length transcriptome projects at pagproseso ng higit sa 2300 sample, ang aming team ay nagdadala ng maraming karanasan sa bawat proyekto.

●Suporta sa Post-Sales: ang aming pangako ay umaabot nang lampas sa pagkumpleto ng proyekto na may 3-buwan na panahon ng serbisyo pagkatapos ng pagbebenta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-troubleshoot, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga query na nauugnay sa mga resulta.

Mga Sample na Kinakailangan at Paghahatid

Library

Diskarte sa pagkakasunud-sunod

Inirerekomenda ang data

Kontrol sa Kalidad

PolyA enriched mRNA CCS library

PacBio Sequel II

PacBio Revio

20/40 Gb

5/10 M CCS

Q30≥85%

Mga Sample na Kinakailangan:

Nucleotides:

● Mga halaman:

Root, Stem o Petal: 450 mg

Dahon o Binhi: 300 mg

Prutas: 1.2 g

● Hayop:

Puso o Bituka: 300 mg

Viscera o Utak: 240 mg

Kalamnan: 450 mg

Buto, Buhok o Balat: 1g

● Mga Arthropod:

Mga Insekto: 6g

Crustacea: 300 mg

● Buong dugo: 1 tubo

● Mga cell: 10⁶mga selula

Conc.(ng/μl)

Halaga (μg)

Kadalisayan

Integridad

≥ 100

≥ 1.0

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Limitado o walang protina o kontaminasyon ng DNA na ipinapakita sa gel.

Para sa mga halaman: RIN≥7.5;

Para sa mga hayop: RIN≥8.0;

5.0≥ 28S/18S≥1.0;

limitado o walang baseline elevation

Inirerekomendang Paghahatid ng Sample

Lalagyan: 2 ml centrifuge tube (Hindi inirerekomenda ang tin foil)

Sample na pag-label: Pangkat+kopya hal. A1, A2, A3; B1, B2, B3.

Pagpapadala:

1. Dry-ice: Ang mga sample ay kailangang ilagay sa mga bag at ibaon sa dry-ice.

2. RNAstable tubes: Ang mga sample ng RNA ay maaaring patuyuin sa RNA stabilization tube(hal. RNAstable®) at ipadala sa room temperature.

Daloy ng Trabaho ng Serbisyo

Eksperimento na disenyo

Paghahatid ng sample

Pagkuha ng RNA

Paggawa ng aklatan

Pagsusunod-sunod

Pagsusuri ng datos

Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta

Nakaraan: Eukaryotic mRNA Sequencing-NGS

Susunod: Full-Length mRNA Sequencing-Nanopore

Kasama ang sumusunod na pagsusuri:

● Kontrol sa kalidad ng raw data

● Alternatibong Polyadenylation Analysis (APA)

● fusion transcript analysis

● Alternatibong Pagsusuri ng Splicing

● Pagsusuri ng Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) na pagsusuri

● Novel transcript analysis: hula ng mga coding sequence (CDS) at functional annotation

● lncRNA analysis: hula ng lncRNA at mga target

● MicroSatelite Identification (SSR)

pagsusuri ng BUSCO

Alternatibong Pagsusuri ng Splicing

Alternatibong Pagsusuri ng Polyadenylation (APA)

Functional na anotasyon ng mga transcript ng nobela

Tuklasin ang mga pagsulong na pinadali ng Nanopore full-length mRNA sequencing services ng BMKGene sa itinatampok na publikasyong ito.

Ma, Y. et al. (2023) 'Comparative analysis ng PacBio at ONT RNA sequencing method para sa Nemopilema Nomurai venom identification', Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.

Chao, Q. et al. (2019) 'The developmental dynamics of the Populus stem transcriptome', Plant Biotechnology Journal, 17(1), pp. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.

Deng, H. et al. (2022) 'Mga Dynamic na Pagbabago sa Nilalaman ng Ascorbic Acid sa panahon ng Pag-unlad ng Prutas at Paghinog ng Actinidia latifolia (isang Ascorbate-Rich Fruit Crop) at ang Associated Molecular Mechanisms', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.

Hua, X. et al. (2022) 'Epektibong hula ng biosynthetic pathway genes na kasangkot sa bioactive polyphyllins sa Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), pp. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.

Liu, M. et al. (2023) 'Pinagsamang PacBio Iso-Seq at Illumina RNA-Seq Pagsusuri ng Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome at Cytochrome P450 Genes', Insects, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.

Wang, Lijun et al. (2019) 'Isang survey ng transcriptome complexity gamit ang PacBio single-molecule real-time analysis na sinamahan ng Illumina RNA sequencing para sa mas mahusay na pag-unawa sa ricinoleic acid biosynthesis sa Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.