Exclusive Agency for Korea

条形banner-03

Mga produkto

Comparative Genomics

Ang comparative genomics ay nagsasangkot ng pagsusuri at paghahambing ng buong genome sequences at istruktura sa iba't ibang species. Ang larangang ito ay naglalayong ibunyag ang ebolusyon ng mga species, i-decode ang mga function ng gene, at ipaliwanag ang mga mekanismo ng regulasyon ng genetic sa pamamagitan ng pagtukoy ng mga conserved o divergent sequence na mga istruktura at elemento sa iba't ibang organismo. Ang isang komprehensibong comparative genomics na pag-aaral ay sumasaklaw sa mga pagsusuri gaya ng mga gene family, evolutionary development, whole-genome duplication event, at ang epekto ng mga piling pressure.


Mga Detalye ng Serbisyo

Mga Resulta ng Demo

Pag-aaral ng Kaso

Mga Kalamangan sa Serbisyo

1Comparative-genomics

Malawak na Kadalubhasaan at mga talaan ng publikasyon: na may naipon, natapos ng BMKGene ang mahigit 90 comparative genomics projects, na may pinagsama-samang impact factor na umabot sa 900.

Komprehensibong pagsusuri ng bioinformatics: ang pakete ng mga pagsusuri ay naglalaman ng walong pinakakaraniwang kinakailangang pagsusuri, na nagbibigay ng mahusay na disenyong handa-sa-publish na mga numero at nagbibigay-daan para sa isang madaling interpretasyon ng mga resulta

Highly skilled bioinformatics team at maikling ikot ng pagsusuri: na may mahusay na karanasan sa paghahambing na pagsusuri ng genomics, tinutupad ng pangkat ng BMKGene ang magkakaibang mga hinihingi sa personalized na pagsusuri sa isang maikling panahon ng turn-around

Suporta sa Post-Sales:Ang aming pangako ay umaabot nang higit pa sa pagkumpleto ng proyekto sa isang 3-buwan na panahon ng serbisyo pagkatapos ng pagbebenta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-troubleshoot, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga query na nauugnay sa mga resulta.

Mga Detalye ng Serbisyo

Tinatayang oras ng turn-around

Bilang ng mga species

Nagsusuri

30 araw ng trabaho

6 - 12

Kumpol ng pamilya ng Gene

Pagpapalawak at pagliit ng pamilya ng Gene

Konstruksyon ng phylogenetic tree

Pagtatantya ng oras ng divergence (kinakailangan ang pag-calibrate ng fossil)

Oras ng pagpapasok ng LTR (Para sa mga halaman)

Buong genome duplication (Para sa mga halaman)

Pinili na presyon

Pagsusuri ng synteny

Pagsusuri ng bioinformatics

● Pamilya ng Gene

● Phylogenetics

● Oras ng divergence

● Selective pressure

● Pagsusuri ng synteny

流程图Comparative Genomics

Mga Sample na Kinakailangan at Paghahatid

Mga Sample na Kinakailangan:

Tissue o DNA para sa genome sequencing at assembly

Para sa Tissue

Mga species

Tissue

Survey

PacBio CCS

Hayop

Visceral tissue

0.5 ~ 1 g

≥ 3.5 g

tissue ng kalamnan

≥ 5.0 g

≥ 5.0 mL

Dugo ng mammalian

≥ 0.5 mL

Dugo ng manok/isda

Halaman

Sariwang Dahon

1 ~ 2 g

≥ 5.0 g

 

Petal/Stem

1 ~ 2 g

≥ 10.0 g

 

Ugat/Buhi

1 ~ 2 g

≥ 20.0 g

Mga cell

Kultura na cell

-

≥ 1 x 108

Data

Genome sequence files(.fasta) at annotation file (.gff3) ng malapit na nauugnay na species

Daloy ng Trabaho ng Serbisyo

Sample QC

Eksperimento na disenyo

paghahatid ng sample

Paghahatid ng sample

Paghahanda sa Aklatan

Paggawa ng aklatan

Pagsusunod-sunod

Pagsusunod-sunod

Pagsusuri ng datos

Pagsusuri ng datos

Mga Serbisyo pagkatapos ng pagbebenta

Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta


  • Nakaraan:
  • Susunod:

  • *Ang mga resulta ng demo na ipinakita dito ay mula sa mga genome na na-publish gamit ang Biomarker Technologies

    1.LTR insert time estimation: Nagpakita ang figure ng kakaibang bimodal distribution sa mga LTR-RT na oras ng pagpapasok sa Weining rye genome, kumpara sa ibang species. Ang pinakahuling peak ay lumitaw sa paligid ng 0.5 milyong taon na ang nakalilipas.

    3LTR-insertion-time-estimation-in-Weining-rye

    Li Guang et al.,Genetika ng Kalikasan, 2021

     

     

    2. Phylogeny at gene family analysis on chayote (Sechium edule): Sa pamamagitan ng pagsusuri sa chayote at sa iba pang 13 kaugnay na species sa gene family, ang Chayote ay napag-alamang may malapit na kaugnayan sa snake gourd (Trichosanthes anguina). Chayote na nagmula sa snake gourd sa paligid ng 27-45 Mya at buong genome duplication(WGD) ay na-obserbahan sa chayote sa 25±4 Mya, na siyang pangatlong kaganapan sa WGD sa cucuibitaceae.

    4Phylogenetic-tree-of-chayote

    Fu A et al.,Pananaliksik sa Hortikultura, 2021

     

     

    3. Synteny analysis: Ang ilang mga gene na nauugnay sa phytohormones sa pagbuo ng prutas ay natagpuan sa chayote, snake gourd at squash. Ang ugnayan sa pagitan ng chayote at squash ay bahagyang mas mataas kaysa sa pagitan ng chayote at snake gourd.

    4Phylogenetic-tree-of-chayote

    Fu A et al.,Pananaliksik sa Hortikultura, 2021

     

     

    4.Pagsusuri ng pamilya ng gene: Ang pagpapayaman ng KEGG sa pagpapalawak at pag-ikli ng pamilya ng gene sa mga genome ng G.thurberi at G.davidsonii ay nagpakita na ang mga gene na nauugnay sa biosynthesis ng steroid at brassinosteroid biosynthesis ay pinalawak.

    4Phylogenetic-tree-of-chayote

    Yang Z et al.,BMC Biology, 2021

     

     

    5. Buong genome duplication analysis: 4DTV at Ks distribution analysis ay nagpakita ng buong genome duplication na kaganapan. Ang mga taluktok ng mga intraspecies ay nagpakita ng mga kaganapan sa pagdoble. Mga taluktok ng mga interspecies na ipinakita ng mga kaganapan sa speciation. Ipinahiwatig ng pagsusuri na ang paghahambing sa iba pang tatlong malapit na nauugnay na species, ang O. europaea ay dumaan sa isang malaking sukat na pagdoble ng gene kamakailan.

    4Phylogenetic-tree-of-chayote

    Rao G et al.,Pananaliksik sa Hortikultura, 2021

    Kaso ng BMK

    Rosas na walang prickle: genomic insight na nauugnay sa moisture adaptation

    Nai-publish: Pagsusuri sa Pambansang Agham, 2021

    Diskarte sa pagkakasunud-sunod:

    'Yung kay BasyeWalang tinik' (R.Wichurainan) genome:
    Tinatayang 93 X PacBio + tinatayang. 90 X Nanopore + 267 X Illumina

    Mga pangunahing resulta

    1. Ang mataas na kalidad na R.wichuraiana genome ay ginawa gamit ang matagal nang nabasa na mga diskarte sa pagkakasunud-sunod, na nagbubunga ng isang pagpupulong na 530.07 Mb (Ang tinantyang laki ng genome ay humigit-kumulang 525.9 Mb sa pamamagitan ng flow cytometry at 525.5 sa pamamagitan ng genome survey; Heterozygosity ay nasa paligid ng 1.03%). Ang tinantyang marka ng BUSCO ay 93.9%. Kung ikukumpara sa "Old blush" (haploOB), ang kalidad at pagkakumpleto ng genome na ito ay nakumpirma ng base single-base accuracy at LTR assembly index (LAI=20.03). Ang R.wichuraiana genome ay naglalaman ng 32,674 na protina na coding genes.

    2.Multi-omics joint analysis, na binubuo ng comparative genomics, transcriptomics, QTL analysis ng genetic population, ay nagsiwalat ng mahalagang speciation sa pagitan ng R. wichuraiana at Rosa chinensis. Gayundin, ang pagkakaiba-iba ng expression ng mga kaugnay na gene sa QTL ay malamang na maiugnay sa stem prickle patterning.

    7KEGG-enrichment-on-gene-family-expansion-and-contraction

    Ang paghahambing na anasis ng genomics sa pagitan ng Basye;s Thornless at Rosa chinensis kabilang ang pagsusuri ng synteny, kumpol ng pamilya ng gene, pagsusuri sa pagpapalawak at pag-ikli, ay nagsiwalat ng malaking bilang ng mga variation, na nauugnay sa mahahalagang katangian ng mga rosas. Ang natatanging pagpapalawak sa NAC at FAR1/FRS gene family ay malamang na maiugnay sa paglaban sa black spot.

    81Comparative-genomics-analyses-sa pagitan-BT-at-OB 82Comparative-genomics-analyses-sa pagitan-BT-at-OB 83Comparative-genomics-analyses-sa pagitan-BT-at-OB

    Comparative genomics analysis sa pagitan ng BT at haploOB genome.

    Sanggunian

    Zhong, M. , et al. "Rose na walang prickle: genomic insight na nauugnay sa moisture adaptation"Pagsusuri sa Pambansang Agham, 2021;, nwab092.

    kumuha ng quote

    Isulat ang iyong mensahe dito at ipadala ito sa amin

    Ipadala ang iyong mensahe sa amin: