BMKMANU S3000_Spatial Transcriptome
BMKMANU S3000 Spatial Transcriptome Technical Scheme
Mga tampok
- Resolusyon: 3.5 µM
- Spot Diameter: 2.5 µM
- Bilang ng mga spot: humigit-kumulang 4 Milyon
- 3 posibleng mga format ng capture area: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm o 15 mm * 20 mm
- Ang bawat barcoded bead ay puno ng mga panimulang aklat na binubuo ng 4 na seksyon:
• poly(dT) tail para sa mRNA priming at cDNA synthesis,
• Natatanging Molecular Identifier (UMI) upang itama ang bias ng amplification
• Spatial na barcode
• Binding sequence ng partial read 1 sequencing primer
- H&E at fluorescent staining ng mga seksyon
- Posibilidad na gumamit ng teknolohiya ng cell segmentation: pagsasama ng H&E staining, fluorescent staining, at RNA sequencing upang matukoy ang mga hangganan ng bawat cell at wastong magtalaga ng gene expression sa bawat cell. Pagproseso sa downstream Spatial profiling analysis batay sa cell bin.
- Posibleng makamit ang pagsusuri ng multilevel na resolution: Flexible na multi-level na pagsusuri mula 100um hanggang 3.5 um upang malutas ang magkakaibang mga feature ng tissue sa pinakamainam na resolusyon.
Mga kalamangan ng BMKMANU S3000
-Doblehin ang mga lugar ng pagkuha sa 4 Milyon: na may pinahusay na resolution na 3.5 uM, na humahantong sa mas mataas na gene at UMI detection bawat cell. Nagreresulta ito sa pinahusay na clustering ng mga cell batay sa mga transcriptional na profile, na may mas pinong detalye na tumutugma sa istraktura ng mga tisyu.
- Sub-cellular na resolution:Ang bawat lugar ng pagkuha ay naglalaman ng>2 milyong spatial Barcoded Spots na may diameter na 2.5 µm at isang spacing na 5 µm sa pagitan ng mga spot center, na nagpapagana ng spatial transcriptome analysis na may sub-cellular resolution (5 µm).
-Multi-level resolution analysis:Flexible na multi-level na pagsusuri mula 100 μm hanggang 5 μm upang malutas ang magkakaibang mga tampok ng tissue sa pinakamainam na resolusyon.
-Posibilidad na gamitin ang teknolohiya ng cell segmentation na "Tatlo sa isang slide":pinagsasama ang fluorescence staining, H&E staining, at RNA sequencing sa isang slide, binibigyang kapangyarihan ng aming "three-in-one" analysis algorithm ang pagtukoy ng mga hangganan ng cell para sa mga kasunod na transcriptomic na nakabatay sa cell.
-Tugma sa maramihang mga sequencing platform: parehong available ang NGS at long-read sequencing.
-Flexible na disenyo ng 1-8 aktibong lugar ng pagkuha: ang laki ng lugar ng pagkuha ay nababaluktot, na posibleng gumamit ng 3 format (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm at 15 mm * 20 mm)
-One-stop service: isinasama ang lahat ng karanasan at mga hakbang na nakabatay sa kasanayan, kabilang ang cryo-sectioning, staining, tissue optimization, spatial barcoding, paghahanda sa library, sequencing, at bioinformatics.
-Comprehensive bioinformatics at user-friendly na visualization ng mga resulta:Kasama sa package ang 29 na pagsusuri at 100+ mataas na kalidad na mga numero, na sinamahan ng paggamit ng inhouse na binuong software upang mailarawan at i-customize ang cell splitting at spot clustering.
-Customized na pagsusuri at visualization ng data: magagamit para sa iba't ibang kahilingan sa pananaliksik
-Highly skilled technical team: may karanasan sa mahigit 250 uri ng tissue at 100+ species kabilang ang tao, daga, mammal, isda at halaman.
-Real-time na mga update sa buong proyekto: na may ganap na kontrol sa eksperimentong pag-unlad.
-Opsyonal na pinagsamang pagsusuri na may Single-cell mRNA sequencing
Mga Detalye ng Serbisyo
| Mga Sample na Kinakailangan | Aklatan | Diskarte sa Pagsunod-sunod | Inirerekomenda ang Data | Kontrol sa Kalidad |
| Mga sample ng cryo na naka-embed sa OCT (Optimal na diameter: tinatayang. 6×6×6 mm³) 2 bloke bawat sample 1 para sa eksperimento, 1 para sa backup | S3000 cDNA Library | Illumina PE150 | 160K PE reads bawat 100υM (250 Gb) | RIN > 7 |
Para sa higit pang mga detalye sa gabay sa paghahanda ng sample at daloy ng trabaho sa serbisyo, mangyaring huwag mag-atubiling makipag-usap sa aDalubhasa sa BMKGENE
Daloy ng Trabaho ng Serbisyo
Sa yugto ng paghahanda ng sample, isinasagawa ang isang paunang pagsubok sa pagkuha ng bulk RNA upang matiyak na makakakuha ng mataas na kalidad na RNA. Sa yugto ng pag-optimize ng tissue ang mga seksyon ay nabahiran at nakikita at ang mga kondisyon ng permeabilization para sa paglabas ng mRNA mula sa tissue ay na-optimize. Ang na-optimize na protocol ay inilalapat sa panahon ng pagtatayo ng library, na sinusundan ng pagkakasunud-sunod at pagsusuri ng data.
Ang kumpletong daloy ng trabaho ng serbisyo ay nagsasangkot ng mga real-time na pag-update at pagkumpirma ng kliyente upang mapanatili ang isang tumutugon na loop ng feedback, na tinitiyak ang maayos na pagpapatupad ng proyekto.
Ang data na nabuo ng BMKMANU S3000 ay sinusuri gamit ang software na "BSTMatrix", na independiyenteng idinisenyo ng BMKGENE, na bumubuo ng isang antas ng cell at multilevel na resolution na Gene Expression Matrix. Mula doon, nabuo ang isang karaniwang ulat na kinabibilangan ng kontrol sa kalidad ng data, pagsusuri sa panloob na sample at pagsusuri sa pagitan ng pangkat.
- Kontrol sa Kalidad ng Data:
- Output ng data at pamamahagi ng marka ng kalidad
- Pagtukoy ng gene bawat lugar
- Saklaw ng tissue
- Panloob na sample na pagsusuri:
- Kayamanan ng gene
- Spot clustering, kabilang ang pinababang pagsusuri ng dimensyon
- Pagsusuri ng pagkakaiba-iba ng expression sa pagitan ng mga kumpol: pagkakakilanlan ng mga marker gene
- Functional na anotasyon at pagpapayaman ng mga marker gene
- Pagsusuri sa pagitan ng pangkat
- Muling kumbinasyon ng mga batik mula sa parehong mga sample (hal. may sakit at kontrol) at muling kumpol
- Pagkilala sa mga marker gene para sa bawat kumpol
- Functional na anotasyon at pagpapayaman ng mga marker gene
- Differential Expression ng parehong cluster sa pagitan ng mga grupo
Bukod pa rito, ang binuo ng BMKGene na "BSTViewer" ay isang tool na madaling gamitin na nagbibigay-daan sa user na mailarawan ang expression ng gene at spot clustering sa iba't ibang mga resolution.
Nag-aalok ang BMKGene ng mga serbisyo ng spatial profiling sa tumpak na solong-cell na resolution (batay sa cell bin o multilevel square bin mula 100um hanggang 3.5um).
Ang data ng spatial profiling mula sa mga seksyon ng tissue sa S3000 slide ay gumanap nang mahusay tulad ng nasa ibaba.
Pag-aaral ng kaso 1: Utak ng mouse
Ang pagsusuri ng isang seksyon ng utak ng mouse na may S3000 ay nagresulta sa pagkakakilanlan ng ~ 94 000 na mga cell, na may median na pagkakasunud-sunod ng ~ 2000 na mga gene bawat cell. Ang pinahusay na resolution ng 3.5 uM ay nagresulta sa isang napaka-detalyadong clustering ng mga cell batay sa transcriptional pattern, na may mga kumpol ng mga cell na ginagaya ang utak differentiated structures. Ito ay madaling maobserbahan sa pamamagitan ng pag-visualize sa pamamahagi ng mga cell na naka-cluster bilang oligodendrocytes at microglia cells, na halos eksklusibong matatagpuan sa kulay abo at puting bagay, ayon sa pagkakabanggit.
Pag-aaral ng kaso 2: Mouse embryo
Ang pagsusuri ng isang seksyon ng mouse embryo na may S3000 ay nagresulta sa pagkakakilanlan ng ~ 2200 000 na mga cell, na may median na pagkakasunud-sunod ng ~ 1600 na mga gene bawat cell. Ang pinahusay na resolution ng 3.5 uM ay nagresulta sa isang napaka-detalyadong clustering ng mga cell batay sa transcriptional pattern, na may 12 cluster sa lugar ng mata at 28 cluster sa lugar ng utak.
Inner-sample Analysis Pag-cluster ng cell:
Pagkilala sa mga gene ng marker at spatial na pamamahagi:
- mas mataas na sub-cellular resolution: Kung ikukumpara sa S1000 slide, ang bawat capture area ng S3000 ay naglalaman ng >4 million spatial Barcoded Spots na may diameter na 2.5 µm at may distansyang 3.5 µm sa pagitan ng mga spot center, na nagpapagana ng spatial transcriptome analysis na may mas mataas na sub-cellular resolution (square bin: 3.5 µm).
- Mas mataas na kahusayan sa pagkuha: kumpara sa S1000 slide, pagtaas ng Median_UMI mula 30% hanggang 70%, pagtaas ng Median_Gene mula 30% hanggang 60%
Scheme ng S1000 chip:
Scheme ng S3000 chip:
