De novo Bacterial Genome Assembly
Nagbibigay kami ng kumpletong serbisyo ng bacterial genome assembly, na ginagarantiyahan ang 0 gaps. Ito ay posible sa pamamagitan ng pagsasama-sama ng matagal nang nabasa na mga teknolohiya ng pagkakasunud-sunod, tulad ng Nanopore at PacBio para sa pagpupulong at maikling-read na pagkakasunud-sunod sa Illumina para sa pagpapatunay ng pagpupulong at pagwawasto ng error ng mga nabasang ONT. Ang aming serbisyo ay nagbibigay ng kumpletong bioinformatic workflow mula sa assembly, functional annotation, at advanced bioinformatic analysis, na tumutupad sa mga partikular na layunin sa pananaliksik. Ang serbisyong ito ay nagbibigay-daan sa pagbuo ng mga tumpak na reference na genome para sa iba't ibang genetic at genomic na pag-aaral. Bilang karagdagan, ito ay bumubuo ng batayan para sa mga aplikasyon tulad ng strain optimization, genetic engineering, at microbial technology development, na tinitiyak ang maaasahan at walang gap-free genomic data na mahalaga para sa pagsulong ng mga siyentipikong pananaw at biotechnological innovation.
Mga Tampok ng Serbisyo
● May dalawang posibleng opsyong mapagpipilian depende sa gustong antas ng pagkakumpleto ng genome.
● Draft Genome Option: Short-read sequencing na may Illumina NovaSeq PE150.
● Kumpletuhin ang 0 gap genome.
● Long-read sequencing sa Nanopore PromethION 48 o PacBio Revio para sa genome assembly.
● Short-read sequencing sa Illumina NovaSeq para sa genome validation at error correction (Nanopore) o para makabuo ng draft genome.
Mga Kalamangan sa Serbisyo
●Zero-Gap Genome Guaranteed: Ito ay dahil sa pagsasama ng pagkakasunud-sunod ng Illumina sa pagkakasunud-sunod ng mahabang pagbasa (Nanopore o PacBio).
●Kumpletuhin ang Bioinformatics Workflow:Kabilang dito ang genome assembly at paghula ng maraming genomic na elemento, functional gene annotation, at genome visualization gaya ng Circos plot.
●Malawak na Dalubhasa: Sa mahigit 20,000 microbial genome na naka-assemble, ang BMKGENE ay nagdadala ng mahigit isang dekada ng karanasan, isang highly skilled analysis team, komprehensibong content, at mahusay na post-sales support.
●Suporta sa Post-Sales:Ang aming pangako ay umaabot nang higit pa sa pagkumpleto ng proyekto sa isang 3-buwan na panahon ng serbisyo pagkatapos ng pagbebenta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-troubleshoot, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga query na nauugnay sa mga resulta.
●Maramihang Mga Istratehiya sa Pagkakasunud-sunod na Magagamit:Para sa iba't ibang layunin ng pananaliksik at mga kinakailangan ng pagkakumpleto ng genome.
Mga Detalye ng Serbisyo
| Serbisyo | Diskarte sa Pagsunod-sunod |
| Draft Genome | Illumina PE150 100x |
| 0 Gap Genome | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (opsyonal) |
Mga Sample na Kinakailangan:
| Konsentrasyon (ng/µL) | Kabuuang halaga (µg) | Dami (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
· Bakterya: ≥3.5x1010 mga selula
Daloy ng Trabaho ng Serbisyo
Paghahatid ng sample
Paggawa ng aklatan
Pagsusunod-sunod
Pagsusuri ng datos
Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta
Kasama ang Sumusunod na Pagsusuri:
● Sequencing Data Quality Control
● Genome Assembly
● Pagsusuri ng Bahagi ng Genome: Paghula ng CDS at maramihang genomic na elemento
● Functional na anotasyon na may maraming pangkalahatang database (GO, KEGG, atbp) at mga advanced na database (CARD, VFDB, atbp)
● Genome Visualization
Ibinibigay namin ang genome sa isang madaling ma-access na fasta na format at ang genome annotation file (gff).
Gene annotation – GO
Gene annotation – CAZY carbohydrates
Genome visualization – Circos plot
Galugarin ang mga pagsulong na pinadali ng mga serbisyo ng bacterial genome assembly ng BMKGene sa pamamagitan ng isang na-curate na koleksyon ng mga publikasyon.
Dai, W. et al. (2023) 'Pagtuklas ng Bacteroides uniformis F18-22 bilang isang Ligtas at Novel Probiotic Bacterium para sa Paggamot ng Ulcerative Colitis mula sa Healthy Human Colon',International Journal of Molecular Sciences, 24(19), p. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) Ang 'multidrug-resistant Proteus mirabilis ay naghihiwalay na nagdadala ng blaOXA-1 at blaNDM-1 mula sa wildlife sa China: pagtaas ng panganib sa kalusugan ng publiko',Integrative Zoology, 16(6), pp. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) 'Ang kumpletong genome sequence ng endophyte Bacillus flexus KLBMP 4941 ay nagpapakita ng mekanismo ng pagsulong ng paglago ng halaman nito at genetic na batayan para sa pagpapahintulot sa asin',Journal ng Biotechnology, 260, pp. 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) 'Multiple-Replicon Resistance Plasmids of Klebsiella Mediate Extensive Dissemination of Antimicrobial Genes',Mga Hangganan sa Microbiology, 12, p. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
