Amplicon Sequencing(16S/18S/ITS)

Ang pagkakasunud-sunod ng Amplicon (16S/18S/ITS) kasama ang Illumina ay isang paraan ng pagsusuri sa pagkakaiba-iba ng microbial sa pamamagitan ng pagtukoy sa mga profile ng microbial ayon sa pagkakasunud-sunod ng mga ito at pagkatapos ay sinusubukang i-decipher ang kayamanan at pagkakaiba-iba ng komunidad sa loob ng bawat sample at sa pagitan ng mga sample. Ang BMKCloud Amplicon (NGS) pipeline ay nagbibigay-daan sa pagsusuri ng 16S, 18S, ITS at maramihang mga functional na gene. Nagsisimula ito sa read trimming, paired-end read assembly at quality assessment, na sinusundan ng clustering ng mga katulad na reads para bumuo ng Operational Taxonomic Units (OTUs) na ginagamit sa anim na magkakaibang seksyon ng pagsusuri. Ang taxonomic annotation ay nagbibigay ng impormasyon sa relatibong kasaganaan at komposisyon ng bawat sample, habang ang alpha at beta diversity ay nagsusuri sa pagkakaiba-iba ng microbial sa loob at pagitan ng mga sample, ayon sa pagkakabanggit. Nakikita ng differential analysis sa pagitan ng mga grupo ang mga OTU na naiiba gamit ang parehong parametric at non-parametric na mga pagsubok, habang iniuugnay ng pagsusuri ng ugnayan ang mga pagkakaibang ito sa mga salik sa kapaligiran. Sa wakas, hinuhulaan ang functional gene abundance batay sa marker gene abundance, na nagbibigay ng insight sa function at ecology sa bawat sample.