Exclusive Agency for Korea

BMKCloud Mag -log in

Mga produkto

16S/18S/Ang Amplicon Sequencing-Pacbio

Ang 16S at 18S rRNA genes, kasama ang panloob na na-transcribe na spacer (ITS) na rehiyon, ay nagsisilbing mga marker ng pivotal molekular na fingerprinting dahil sa kanilang pagsasama ng mga lubos na natipid at hyper-variable na mga rehiyon, na ginagawang napakahalaga na mga tool para sa pagkilala sa mga prokaryotic at eukaryotic organismo. Ang pagpapalakas at pagkakasunud-sunod ng mga rehiyon na ito ay nag-aalok ng isang diskarte na walang paghihiwalay para sa pagsisiyasat sa komposisyon ng microbial at pagkakaiba-iba sa iba't ibang mga ekosistema. Habang ang pagkakasunud-sunod ng Illumina ay karaniwang nagta-target ng mga maikling hypervariable na rehiyon tulad ng V3-V4 ng 16S at ITS1, ipinakita na ang higit na mahusay na annotation ng taxonomic ay makakamit sa pamamagitan ng pagkakasunud-sunod ng buong haba ng 16s, 18s, at nito. Ang komprehensibong pamamaraan na ito ay nagreresulta sa mas mataas na porsyento ng tumpak na inuri na mga pagkakasunud -sunod, pagkamit ng isang antas ng resolusyon na umaabot sa pagkakakilanlan ng mga species. Ang platform ng solong-molekula na real-time (SMRT) ng PacBio ay nakatayo sa pamamagitan ng pagbibigay ng lubos na tumpak na mahabang pagbabasa (HIFI) na sumasakop sa buong haba ng mga amplicons, na nakikipagkumpitensya sa katumpakan ng pagkakasunud-sunod ng Illumina. Ang kakayahang ito ay nagpapahintulot sa mga mananaliksik na makamit ang isang hindi magkatugma na kalamangan - isang panoramic view ng genetic landscape. Ang pinalawak na saklaw ay makabuluhang nakataas ang resolusyon sa anotasyon ng mga species, lalo na sa loob ng mga komunidad ng bakterya o fungal, na nagpapagana ng isang mas malalim na pag -unawa sa mga intricacy ng mga populasyon ng microbial.

Makipag -ugnay sa amin

Mga detalye ng serbisyo

Bioinformatics

Mga resulta ng demo

Itinatampok na mga pahayagan

Mga Tampok ng Serbisyo

● Platform ng Sequencing: Pacbio Revio

● Mode ng Sequencing: CCS (binabasa ng HIFI)

● Pagpapalakas ng target na rehiyon na sinusundan ng tandem na nag -uugnay ng mga amplicons bago ang paghahanda ng hift smrt bell library

Mga kalamangan sa serbisyo

●Mas mataas na resolusyon sa taxonomic: tHan short-amplicon na pagkakasunud-sunod,pagpapagana ng mas mataas na mga rate ng pag -uuri ng OTU sa antas ng species.

●Lubhang tumpak na pagtawag sa base: Pagkakasunud -sunod ng mode ng PacBio CCS (binabasa ng HIFI).

●Walang paghihiwalay: Mabilis na pagkakakilanlan ng komposisyon ng microbial sa mga sample ng kapaligiran.

●Malawak na naaangkop: Diverse Microbial Community Studies.

●Komprehensibong pagsusuri ng bioinformatic: Ang pinakabagong pakete ng QIIME2 (dami ng pananaw sa microbial ecology) na may magkakaibang pagsusuri sa mga tuntunin ng database, annotation, OTU/ASV.

●Malawak na kadalubhasaan: Sa libu-libong mga proyekto ng pagkakasunud-sunod ng amplicon na isinasagawa taun-taon, ang BMKGENE ay nagdadala ng isang dekada ng karanasan, isang mataas na bihasang koponan ng pagsusuri, komprehensibong nilalaman, at mahusay na suporta sa post-sales.

Mga pagtutukoy sa serbisyo

Library	Diskarte sa pagkakasunud -sunod	Inirerekomenda ang data
Amplicon	Pacbio Revio	10/30/50 K Tags (CCS)

Mga kinakailangan sa halimbawang

Konsentrasyon (ng/µL)	Kabuuang halaga (µg)	Dami (µL)
≥5	≥0.3	≥20

Inirerekumendang paghahatid ng sample

I-freeze ang mga sample sa likidong nitrogen sa loob ng 3-4 na oras at mag-imbak sa likidong nitrogen o -80 degree hanggang sa pangmatagalang reserbasyon. Ang halimbawang pagpapadala na may dry-ice ay kinakailangan.

Daloy ng trabaho sa serbisyo

Halimbawang paghahatid

Konstruksyon ng Library

Pagkakasunud -sunod

Pagtatasa ng data

Pagkatapos ng mga serbisyo sa pagbebenta

Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta

Nakaraan: 16S/18S/ang pag-uugnay ng amplicon nito

Susunod: Assay para sa transposase-accessable chromatin na may mataas na throughput na pagkakasunud-sunod (ATAC-seq)

May kasamang sumusunod na pagsusuri:

● Kontrol ng kalidad ng data ng hilaw

● OTU clustering/de-ingay (ASV)

● OTU Annotation

● Pagtatasa ng pagkakaiba -iba ng Alpha: Maramihang mga index, kabilang ang Shannon, Simpson at Ace.

● Pagsusuri ng pagkakaiba -iba ng beta

● Pagsusuri ng Inter-Group

● Pagtatasa ng Korelasyon: Sa pagitan ng mga kadahilanan sa kapaligiran at labas ng komposisyon at pagkakaiba -iba

● 16S Functional Gene Prediction

Histogram ng pamamahagi ng taxonomic

Pamamahagi ng pamamahagi ng phylogenetic tree

Alpha Diversity Analysis: Ace

INDEX

Pagsusuri ng pagkakaiba -iba ng beta: PCOA

Pagsusuri ng Intergroup: ANOVA

Galugarin ang mga pagsulong na pinadali ng mga serbisyo ng pagkakasunud -sunod ng amplicon ng BMKGene kasama ang PACBIO sa pamamagitan ng isang curated na koleksyon ng mga publikasyon.

Gao, X. at Wang, H. (2023) 'Paghahambing na pagsusuri ng mga profile at pag -andar ng bakterya ng rumen sa panahon ng adaption sa iba't ibang phenology (Regreen kumpara sa grassy) sa alpine merino tupa na may dalawang lumalagong yugto sa isang alpine meadow', pagbuburo, 9 ( 1), p. 16. Doi: 10.3390/fermentation9010016/s1.

Li, S. et al. . doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.

Mu, L. et al. . 1487. doi: 10.1002/jsfa.11482.

Yang, J. et al. . sa oxazolone-sapilitan na bituka oxidative stress sa adult zebrafish ', antioxidants 2023, vol. 12, pahina 192, 12 (1), p. 192. Doi: 10.3390/Antiox12010192.