16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Mga Tampok ng Serbisyo
● Sequencing platform: Illumina NovaSeq.
● Pagpapalakas ng mga maikling rehiyon ng 16S, 18S at ITS, bukod sa iba pang mga target ng amplification.
● Mga flexible na pagpipilian ng amplicon.
● Nakaraang karanasan sa proyekto na may maraming target ng amplification.
Mga Kalamangan sa Serbisyo
●Walang paghihiwalay:Mabilis na pagkilala sa komposisyon ng microbial sa mga sample ng kapaligiran.
●Mataas na Resolusyon: Sa mababang-sagana na mga bahagi sa mga sample ng kapaligiran.
●Malawak na Naaangkop: Iba't ibang microbial community studies.
●Comprehensive Bioinformatic Analysis: Ang pinakabagong QIIME2 package (quantitative insight sa microbial ecology) na may magkakaibang pagsusuri sa mga tuntunin ng database, anotasyon, OTU/ASV.
●Malawak na Dalubhasa: Sa 150 libong amplicon sequencing project na isinasagawa taun-taon, ang BMKGENE ay nagdadala ng higit sa isang dekada ng karanasan, isang highly skilled analysis team, komprehensibong content, at mahusay na post-sales support.
Mga Detalye ng Serbisyo
| Library | Diskarte sa Pagsunod-sunod | Inirerekomenda ang data |
| Amplicon | Illumina PE250 | 50/100/300K tag (Basahin ang mga Pares) |
Mga Kinakailangan sa Serbisyo
| Konsentrasyon (ng/µL) | Kabuuang halaga (ng) | Dami (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Lupa/putik: 1-2g
● Nilalaman ng bituka-hayop: 0.5-2g
● Nilalaman ng bituka-insekto: 0.1-0.25g
● Ibabaw ng halaman (enriched sediment): 0.1-0.5g
● Fermentation broth enriched sediment): 0.1-0.5g
● Mga dumi (malaking hayop): 0.5-2g
● Dumi (mouse): 3-5 butil
● Pulmonary alveolar lavage fluid: filter na papel
● Vaginal swab: 5-6 swab
● Balat/genital swab/laway/oral soft tissue/pharyngeal swab/rectal swab: 2-3 pamunas
● Mga mikroorganismo sa ibabaw: filter na papel
● Waterbody/air/biofilm: filter na papel
● Endophytes: 1-2g
● Dental Plaque: 0.5-1g
Daloy ng Trabaho ng Serbisyo
Paghahatid ng sample
Paggawa ng aklatan
Pagsusunod-sunod
Pagsusuri ng datos
Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta
Kasama ang sumusunod na pagsusuri:
- Kontrol sa kalidad ng raw data
- OTU clustering /De-noise(ASV)
- OTU annotation
- Pagsusuri ng pagkakaiba-iba ng Alpha: maraming index, kabilang ang Shannon, Simpson at ACE.
- Pagsusuri ng pagkakaiba-iba ng beta
- Pagsusuri sa pagitan ng pangkat
- Pagsusuri ng ugnayan: sa pagitan ng mga salik sa kapaligiran at komposisyon at pagkakaiba-iba ng OUT
- 16S functional gene prediction
Histogram ng taxonomic distribution
taxonomic abundance clustering heat map
Pagsusuri ng pagkakaiba-iba ng Alpha: rarefaction curve
pagsusuri sa pagkakaiba-iba ng beta: NMDS
Pagsusuri ng intergroup: Pagtuklas ng LEFSE biomarker
Galugarin ang mga pagsulong na pinadali ng mga serbisyo ng amplicon sequencing ng BMKGene kasama ang Illumina sa pamamagitan ng na-curate na koleksyon ng mga publikasyon.
Dong, C. et al. (2022) 'Assembly, Core Microbiota, and Function of the Rhizosphere Soil and Bark Microbiota in Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. et al. (2023) 'Synthetic bacterial consortia transplantation para sa paggamot ng Gardnerella vaginalis-induced bacterial vaginosis sa mga daga', Microbiome, 11(1), pp. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. at Liu, H. (2022) 'Mga mikrobyo ng alikabok ng hangin na nakolekta sa panahon ng saradong bioregenerative life support experiment na nakabatay sa lupa na "Lunar Palace 365"', Environmental Microbiomes, 17(1), pp. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. et al. (2022) 'Kasaganaan na umaasa sa Feedstock ng mga functional na gene na nauugnay sa pagbabagong-anyo ng nitrogen na kinokontrol ang pagkawala ng nitrogen sa pag-compost', Bioresource Technology, 361, p. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
