การเรียงลำดับจีโนมทั้งหมด (WGBs)
การจัดลำดับจีโนม bisulfite ทั้งหมด (WGBS) ยืนเป็นวิธีการมาตรฐานทองคำสำหรับการสำรวจเชิงลึกของ DNA methylation โดยเฉพาะตำแหน่งที่ห้าใน cytosine (5-MC) ซึ่งเป็นตัวควบคุมที่สำคัญของการแสดงออกของยีนและกิจกรรมของเซลล์ หลักการพื้นฐาน WGBs เกี่ยวข้องกับการรักษาด้วย bisulfite ทำให้เกิดการเปลี่ยนไซโตซินที่ไม่ได้รับการรักษาเป็น uracil (C ถึง U) ในขณะที่ปล่อย cytosines methylated ไม่เปลี่ยนแปลง เทคนิคนี้มีความละเอียดฐานเดี่ยวช่วยให้นักวิจัยสามารถตรวจสอบ methylome และค้นพบรูปแบบเมทิลเลชั่นที่ผิดปกติที่เกี่ยวข้องกับเงื่อนไขต่าง ๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งมะเร็ง ด้วยการใช้ WGBs นักวิทยาศาสตร์สามารถได้รับข้อมูลเชิงลึกที่ไม่มีใครเทียบได้ในภูมิทัศน์เมทิลเลชั่นทั่วทั้งจีโนมให้ความเข้าใจที่เหมาะสมยิ่งขึ้นของกลไก epigenetic ที่รองรับกระบวนการและโรคทางชีวภาพที่หลากหลาย
คุณสมบัติบริการ
●ต้องการจีโนมอ้างอิง
●เพิ่ม DNA แลมบ์ดาเพื่อตรวจสอบประสิทธิภาพการแปลง bisulfite
●การจัดลำดับบน Illumina Novaseq
ข้อได้เปรียบด้านการบริการ
มาตรฐานทองคำสำหรับการวิจัย DNA methylation: เทคโนโลยีการประมวลผลการแปลงเมทิลเลชั่นที่เป็นผู้ใหญ่นี้มีความแม่นยำสูงและการทำซ้ำที่ดี
ความครอบคลุมที่กว้างและความละเอียดฐานเดียว:การตรวจจับไซต์เมทิลเลชั่นในระดับจีโนมทั่วทั้งจีโนม
แพลตฟอร์มที่สมบูรณ์:ให้บริการที่ยอดเยี่ยมแบบครบวงจรจากการประมวลผลตัวอย่างการสร้างห้องสมุดการเรียงลำดับไปยังการวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศ
ความเชี่ยวชาญอย่างกว้างขวาง: ด้วยโครงการเรียงลำดับ WGBS ประสบความสำเร็จในการดำเนินการผ่านสายพันธุ์ที่หลากหลาย BMKGENE นำประสบการณ์มานานกว่าทศวรรษทีมวิเคราะห์ที่มีทักษะสูงเนื้อหาที่ครอบคลุมและการสนับสนุนหลังการขายที่ยอดเยี่ยม
ความเป็นไปได้ที่จะเข้าร่วมกับการวิเคราะห์ transcriptomics: อนุญาตให้มีการวิเคราะห์แบบบูรณาการของ WGB กับข้อมูล OMIC อื่น ๆ เช่น RNA-seq
ข้อมูลจำเพาะตัวอย่าง
| ห้องสมุด | กลยุทธ์การเรียงลำดับ | เอาต์พุตข้อมูลที่แนะนำ | การควบคุมคุณภาพ |
| bisulfite ได้รับการรักษา | Illumina PE150 | ความลึก 30 เท่า | Q30 ≥ 85% การแปลง Bisulfite> 99% |
ข้อกำหนดตัวอย่าง
| ความเข้มข้น (ng/µl) | จำนวนเงินทั้งหมด (µg) | ข้อกำหนดเพิ่มเติม | |
| ดีเอ็นเอจีโนม | ≥ 5 | ≥ 400 ng | การเสื่อมสภาพหรือการปนเปื้อนที่ จำกัด |
งานบริการ
การส่งตัวอย่าง
การสกัดดีเอ็นเอ
การก่อสร้างห้องสมุด
การเรียงลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
การส่งข้อมูล
รวมถึงการวิเคราะห์ต่อไปนี้:
●การควบคุมคุณภาพการเรียงลำดับดิบ
●การทำแผนที่เพื่ออ้างอิงจีโนม
●การตรวจจับฐานเมทิล 5MC;
●การวิเคราะห์การกระจายเมทิลเลชั่นและคำอธิบายประกอบ;
●การวิเคราะห์ภูมิภาคเมทิลเลตที่แตกต่างกัน (DMRs);
●คำอธิบายประกอบการทำงานของยีนที่เกี่ยวข้องกับ DMR
การตรวจจับ methylation 5MC: ประเภทของไซต์เมทิลเลต
แผนที่เมทิลเลชั่น การกระจายทั่วทั้งจีโนม 5MC
คำอธิบายประกอบของภูมิภาคเมทิลสูงสูง
ภูมิภาคเมทิลเลตแตกต่างกัน: ยีนที่เกี่ยวข้อง
ภูมิภาคเมทิลเลตแตกต่างกัน: คำอธิบายประกอบของยีนที่เกี่ยวข้อง (ยีนออนโทโลจี)
สำรวจความก้าวหน้าด้านการวิจัยที่อำนวยความสะดวกโดยบริการลำดับจีโนม bisulfite ทั้งหมดของ BMKGENE ผ่านการรวบรวมสิ่งพิมพ์ที่รวบรวมไว้
Fan, Y. et al. (2020) 'การวิเคราะห์โปรไฟล์ DNA methylation ในระหว่างการพัฒนากล้ามเนื้อโครงร่างแกะโดยใช้ลำดับ bisulfite ทั้งหมด'BMC Genomics, 21 (1), pp. 1–15 ดอย: 10.1186/s12864-020-6751-5
Zhao, X. et al. (2022) 'นวนิยาย deoxyribonucleic acid methylation ก่อกวนในคนงานที่สัมผัสกับไวนิลคลอไรด์'พิษวิทยาและสุขภาพอุตสาหกรรม, 38 (7), pp. 377–388 ดอย: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) 'ความสัมพันธ์ระหว่างจีโนมเมทิลเลชั่นระดับของ RNA ที่ไม่มีการเข้ารหัส mRNAs และสารในผลไม้มะเขือเทศสุก'วารสารพืช, 103 (3), pp. 980–994 ดอย: 10.1111/tpj.14778
