ลำดับแฟรกเมนต์ขยายเฉพาะโลคัส (SLAF-Seq)
ขั้นตอนการทำงาน
โครงการทางเทคนิค
คุณสมบัติการบริการ
● การจัดลำดับบน NovaSeq ด้วย PE150
● การเตรียมห้องสมุดด้วยบาร์โค้ดคู่ ช่วยให้สามารถรวบรวมตัวอย่างได้มากกว่า 1,000 ตัวอย่าง
● เทคนิคนี้สามารถใช้ได้โดยมีหรือไม่มีจีโนมอ้างอิง โดยมีท่อชีวสารสนเทศที่แตกต่างกันสำหรับแต่ละกรณี:
ด้วยจีโนมอ้างอิง: การค้นพบ SNP และ InDel
โดยไม่มีจีโนมอ้างอิง: การจัดกลุ่มตัวอย่างและการค้นพบ SNP
● ในในซิลิโกการผสมเอนไซม์ที่มีข้อ จำกัด หลายขั้นตอนก่อนการออกแบบจะได้รับการคัดเลือกเพื่อค้นหาสิ่งที่สร้างการกระจายแท็ก SLAF ที่สม่ำเสมอไปตามจีโนม
● ในระหว่างการทดลองก่อน จะมีการทดสอบการรวมกันของเอนไซม์สามชุดใน 3 ตัวอย่างเพื่อสร้างไลบรารี SLAF 9 แห่ง และข้อมูลนี้จะใช้ในการเลือกการรวมกันของเอนไซม์จำกัดที่เหมาะสมที่สุดสำหรับโครงการ
ข้อดีของการบริการ
การค้นพบเครื่องหมายทางพันธุกรรมสูง: การบูรณาการระบบบาร์โค้ดคู่ที่มีปริมาณงานสูงทำให้สามารถจัดลำดับประชากรจำนวนมากพร้อมกันได้ และการขยายเฉพาะตำแหน่งจะช่วยเพิ่มประสิทธิภาพ ทำให้มั่นใจได้ว่าหมายเลขแท็กจะตรงตามข้อกำหนดที่หลากหลายของคำถามวิจัยต่างๆ
การพึ่งพาจีโนมต่ำ: สามารถนำไปใช้กับสายพันธุ์ที่มีหรือไม่มีจีโนมอ้างอิงก็ได้
การออกแบบโครงการที่ยืดหยุ่น: สามารถเลือกเอนไซม์เดี่ยว เอนไซม์คู่ การย่อยหลายเอนไซม์ และเอนไซม์ประเภทต่างๆ ได้เพื่อให้เหมาะกับเป้าหมายการวิจัยหรือสายพันธุ์ที่แตกต่างกัน ที่ในซิลิโกการออกแบบล่วงหน้าดำเนินการเพื่อให้แน่ใจว่ามีการออกแบบเอนไซม์ที่เหมาะสมที่สุด
ประสิทธิภาพสูงในการย่อยด้วยเอนไซม์: การนำของในซิลิโกการออกแบบล่วงหน้าและการทดลองล่วงหน้ารับประกันการออกแบบที่เหมาะสมที่สุดด้วยการกระจายแท็ก SLAF บนโครโมโซมอย่างสม่ำเสมอ (1 แท็ก SLAF/4Kb) และลดลำดับการซ้ำซ้อน (<5%)
ความเชี่ยวชาญที่กว้างขวาง: ทีมงานของเรานำประสบการณ์มากมายมาสู่ทุกโครงการ โดยมีประวัติในการปิดโครงการ SLAF-Seq มากกว่า 5,000 โครงการในหลายร้อยสายพันธุ์ รวมถึงพืช สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม นก แมลง และสิ่งมีชีวิตในน้ำ
กระบวนการทำงานชีวสารสนเทศที่พัฒนาตนเอง: BMKGENE พัฒนาขั้นตอนการทำงานทางชีวสารสนเทศแบบบูรณาการสำหรับ SLAF-Seq เพื่อให้มั่นใจในความน่าเชื่อถือและความแม่นยำของผลลัพธ์สุดท้าย
ข้อมูลจำเพาะของบริการ
| ประเภทของการวิเคราะห์ | ขนาดประชากรที่แนะนำ | กลยุทธ์การจัดลำดับ | |
| ความลึกของลำดับแท็ก | หมายเลขแท็ก | ||
| แผนที่ทางพันธุกรรม | พ่อแม่ 2 คนและลูกมากกว่า 150 คน | ผู้ปกครอง: 20x WGS ลูก: 10x | ขนาดจีโนม: <400 Mb: แนะนำให้ใช้ WGS <1Gb: 100,000 แท็ก 1-2Gb:: 200,000 แท็ก >2Gb: แท็ก 300K แท็กสูงสุด 500,000 แท็ก |
| การศึกษาความสัมพันธ์ทั่วทั้งจีโนม (GWAS) | ≥200ตัวอย่าง | 10x | |
| วิวัฒนาการทางพันธุกรรม | ≥30ตัวอย่าง โดยมีมากกว่า 10 ตัวอย่างจากแต่ละกลุ่มย่อย | 10x | |
ข้อกำหนดการบริการ
ความเข้มข้น ≥ 5 นาโนกรัม/ไมโครลิตร
จำนวนรวม ≥ 80 ng
นาโนดรอป OD260/280=1.6-2.5
เจลอะกาโรส: ไม่มีหรือจำกัดการย่อยสลายหรือการปนเปื้อน
การจัดส่งตัวอย่างที่แนะนำ
ภาชนะบรรจุ: หลอดหมุนเหวี่ยงขนาด 2 มล
(สำหรับตัวอย่างส่วนใหญ่เราไม่แนะนำให้เก็บรักษาในเอธานอล)
การติดฉลากตัวอย่าง: ตัวอย่างจะต้องมีป้ายกำกับอย่างชัดเจนและเหมือนกับแบบฟอร์มข้อมูลตัวอย่างที่ส่งมา
การจัดส่ง: น้ำแข็งแห้ง: ตัวอย่างจะต้องบรรจุในถุงก่อนและฝังในน้ำแข็งแห้ง
ขั้นตอนการบริการ
ตัวอย่างการควบคุมคุณภาพ
การทดลองนำร่อง
การทดลอง SLAF
การเตรียมห้องสมุด
การเรียงลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
รวมถึงการวิเคราะห์ต่อไปนี้:
- การจัดลำดับข้อมูล QC
- การพัฒนาแท็ก SLAF
การทำแผนที่เพื่ออ้างอิงจีโนม
หากไม่มีจีโนมอ้างอิง: การจัดกลุ่ม
- การวิเคราะห์แท็ก SLAF: สถิติ การกระจายตัวของจีโนม
- การค้นพบเครื่องหมาย: SNP, InDel, SNV, การโทร CV และคำอธิบายประกอบ
การแพร่กระจายของแท็ก SLAF บนโครโมโซม:
การกระจายตัวของ SNP บนโครโมโซม:
คำอธิบายประกอบ SNP
| ปี | วารสาร | IF | ชื่อ | การใช้งาน |
| 2022 | การสื่อสารทางธรรมชาติ | 17.694 | พื้นฐานจีโนมของจีก้าโครโมโซมและจีก้าจีโนมของดอกโบตั๋นต้นไม้ Paeonia ostii | สลาฟ-กวาส |
| 2558 | นักพฤกษศาสตร์คนใหม่ | 7.433 | รอยเท้าการเลี้ยงในบ้านทอดสมอภูมิภาคจีโนมที่มีความสำคัญทางการเกษตรใน ถั่วเหลือง | สลาฟ-กวาส |
| 2022 | วารสารวิจัยขั้นสูง | 12.822 | การแนะนำเทียมทั่วทั้งจีโนมของ Gossypium barbadense เข้าสู่ G. hirsutum เผยตำแหน่งที่เหนือกว่าสำหรับการปรับปรุงคุณภาพและผลผลิตเส้นใยฝ้ายไปพร้อมๆ กัน ลักษณะ | SLAF-พันธุศาสตร์วิวัฒนาการ |
| 2019 | พืชโมเลกุล | 10.81 | การวิเคราะห์จีโนมประชากรและชุดประกอบเดอโนโวเผยที่มาของวีดี้ ข้าวเป็นเกมวิวัฒนาการ | SLAF-พันธุศาสตร์วิวัฒนาการ |
| 2019 | พันธุศาสตร์ธรรมชาติ | 31.616 | ลำดับจีโนมและความหลากหลายทางพันธุกรรมของปลาคาร์พทั่วไป Cyprinus carpio | แผนที่ SLAF-เชื่อมโยง |
| 2014 | พันธุศาสตร์ธรรมชาติ | 25.455 | จีโนมของถั่วลิสงที่ปลูกให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับคาริโอไทป์ของพืชตระกูลถั่ว และโพลีพลอยด์ วิวัฒนาการและการเพาะพันธุ์พืช | แผนที่ SLAF-เชื่อมโยง |
| 2022 | วารสารเทคโนโลยีชีวภาพพืช | 9.803 | การจำแนก ST1 เปิดเผยการเลือกที่เกี่ยวข้องกับการโบกรถของสัณฐานวิทยาของเมล็ด และปริมาณน้ำมันระหว่างการเลี้ยงถั่วเหลือง | การพัฒนา SLAF-Marker |
| 2022 | วารสารวิทยาศาสตร์โมเลกุลนานาชาติ | 6.208 | การจำแนกและการพัฒนาเครื่องหมายดีเอ็นเอสำหรับ Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) การทดแทนโครโมโซมแบบไดโซมิก | การพัฒนา SLAF-Marker |
| ปี | วารสาร | IF | ชื่อ | การใช้งาน |
| 2023 | พรมแดนด้านพืชศาสตร์ | 6.735 | การทำแผนที่ QTL และการวิเคราะห์ทรานสคริปต์ของปริมาณน้ำตาลระหว่างการสุกของผลไม้ไพรัส ไพริโฟเลีย | แผนที่ทางพันธุกรรม |
| 2022 | วารสารเทคโนโลยีชีวภาพพืช | 8.154 | การจำแนก ST1 เปิดเผยการคัดเลือกที่เกี่ยวข้องกับการโบกรถของสัณฐานวิทยาของเมล็ดและปริมาณน้ำมันในระหว่างการเลี้ยงถั่วเหลือง
| การโทร SNP |
| 2022 | พรมแดนด้านพืชศาสตร์ | 6.623 | การทำแผนที่ความสัมพันธ์ทั่วทั้งจีโนมของฟีโนไทป์แทบจะไม่มี Hulless ในสภาพแวดล้อมที่แห้งแล้ง
| กวาส |
