ลำดับไบซัลไฟต์ที่เป็นตัวแทนลดลง (RRBS)
ลำดับไบซัลไฟต์ที่มีการนำเสนอลดลง (RRBS) กลายเป็นทางเลือกที่คุ้มค่าและมีประสิทธิภาพแทนการจัดลำดับไบซัลไฟต์ทั้งจีโนม (WGBS) ในการวิจัย DNA methylation แม้ว่า WGBS จะให้ข้อมูลเชิงลึกที่ครอบคลุมโดยการตรวจสอบจีโนมทั้งหมดด้วยความละเอียดเบสเดียว แต่ค่าใช้จ่ายที่สูงอาจเป็นปัจจัยที่จำกัด RRBS บรรเทาความท้าทายนี้อย่างมีกลยุทธ์โดยเลือกวิเคราะห์ส่วนที่เป็นตัวแทนของจีโนม วิธีการนี้อาศัยการเพิ่มคุณค่าของภูมิภาคที่เต็มไปด้วยเกาะ CpG โดยการแยก MspI ตามด้วยการเลือกขนาดชิ้นส่วน 200-500/600 bps ดังนั้น เฉพาะภูมิภาคที่อยู่ใกล้กับเกาะ CpG เท่านั้นที่ถูกจัดลำดับ ในขณะที่พื้นที่ที่มีเกาะ CpG ห่างไกลจะไม่รวมอยู่ในการวิเคราะห์ กระบวนการนี้เมื่อรวมกับการหาลำดับไบซัลไฟต์ ทำให้สามารถตรวจจับ DNA เมทิลเลชันที่มีความละเอียดสูงได้ และวิธีการหาลำดับ PE150 จะเน้นไปที่ส่วนปลายของเม็ดมีดโดยเฉพาะแทนที่จะเป็นตรงกลาง ซึ่งจะช่วยเพิ่มประสิทธิภาพในการทำโปรไฟล์เมทิเลชัน RRBS เป็นเครื่องมืออันล้ำค่าที่ช่วยให้สามารถวิจัย DNA methylation ได้อย่างคุ้มค่าและเพิ่มพูนความรู้เกี่ยวกับกลไกอีพีเจเนติกส์
คุณสมบัติการบริการ
● ต้องมีจีโนมอ้างอิง
● Lambda DNA ใช้ในการติดตามประสิทธิภาพการแปลงไบซัลไฟต์
● ประสิทธิภาพการย่อย MspI ก็ได้รับการตรวจสอบเช่นกัน
● การย่อยด้วยเอนไซม์สองเท่าสำหรับตัวอย่างพืช
● การจัดลำดับบน Illumina NovaSeq
ข้อดีของการบริการ
ทางเลือกที่คุ้มค่าและมีประสิทธิภาพสำหรับ WGBS: ทำให้สามารถดำเนินการวิเคราะห์ได้ด้วยต้นทุนที่ต่ำลงและมีความต้องการตัวอย่างที่น้อยลง
แพลตฟอร์มที่สมบูรณ์:ให้บริการที่เป็นเลิศแบบครบวงจรตั้งแต่การประมวลผลตัวอย่าง การสร้างห้องสมุด และการจัดลำดับไปจนถึงการวิเคราะห์ชีวสารสนเทศ
ความเชี่ยวชาญที่กว้างขวาง: ด้วยความสำเร็จของโครงการจัดลำดับ RRBS ในหลากหลายสายพันธุ์ BMKGENE จึงนำประสบการณ์กว่าทศวรรษ ทีมวิเคราะห์ที่มีทักษะสูง เนื้อหาที่ครอบคลุม และการสนับสนุนหลังการขายที่ยอดเยี่ยม
ข้อมูลจำเพาะของบริการ
| ห้องสมุด | กลยุทธ์การจัดลำดับ | เอาต์พุตข้อมูลที่แนะนำ | การควบคุมคุณภาพ |
| MspI ที่ถูกย่อยและไลบรารีที่ได้รับการบำบัดด้วยไบซัลไฟต์ | อิลลูมิน่า พีอี150 | 8 กิกะไบต์ | ไตรมาสที่ 30 ≥ 85% การแปลงไบซัลไฟต์ > 99% ประสิทธิภาพการตัด MspI > 95% |
ข้อกำหนดตัวอย่าง
| ความเข้มข้น (นาโนกรัม/ไมโครลิตร) | ปริมาณทั้งหมด (ไมโครกรัม) |
| |
| จีโนมดีเอ็นเอ | ≥ 30 | ≥ 1 | การย่อยสลายหรือการปนเปื้อนมีจำกัด |
ขั้นตอนการทำงานบริการ
การจัดส่งตัวอย่าง
การก่อสร้างห้องสมุด
การเรียงลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
รวมถึงการวิเคราะห์ต่อไปนี้:
● การควบคุมคุณภาพลำดับดิบ
● การทำแผนที่เพื่ออ้างอิงจีโนม
● การตรวจจับฐานเมทิลเลต 5mC และการระบุมาตรฐาน
● การวิเคราะห์การกระจายตัวของเมทิลเลชั่นและการเปรียบเทียบตัวอย่าง
● การวิเคราะห์บริเวณที่มีเมทิลเลตที่แตกต่างกัน (DMR)
● คำอธิบายประกอบการทำงานของยีนที่เกี่ยวข้องกับ DMR
การควบคุมคุณภาพ: ประสิทธิภาพการย่อยอาหาร (ในการทำแผนที่จีโนม)
การควบคุมคุณภาพ: การแปลงไบซัลไฟต์ (ในการสกัดข้อมูลเมทิลเลชัน)
แผนที่เมทิลเลชัน: การกระจายทั่วทั้งจีโนมเมทิลเลชั่น 5mC
การเปรียบเทียบตัวอย่าง: การวิเคราะห์องค์ประกอบหลัก
การวิเคราะห์บริเวณดิฟเฟอเรนเชียลเมทิลเลต (DMR): แผนที่ความร้อน
สำรวจความก้าวหน้าด้านการวิจัยที่ได้รับการสนับสนุนจากบริการจัดลำดับจีโนมไบซัลไฟต์ทั้งหมดของ BMKGene ผ่านคอลเลคชันสิ่งพิมพ์ที่คัดสรรมาอย่างดี
หลี่ ซี และคณะ (2022) 'การเขียนโปรแกรมใหม่ที่มีความเที่ยงตรงสูงลงในเซลล์ที่มีลักษณะคล้าย Leydig โดยการเปิดใช้งาน CRISPR และปัจจัยพาราคริน'พีนัส เน็กซัส, 1(4). ดอย: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
เทียน เอช และคณะ (2023) 'การวิเคราะห์เมทิลเลชั่นของ DNA ทั่วทั้งจีโนมขององค์ประกอบของร่างกายในฝาแฝดโมโนไซโกติกของจีน'วารสารยุโรปแห่งการสืบสวนทางคลินิก, 53(11), น. e14055. ดอย: 10.1111/ECI.14055.
วู ย. และคณะ (2022) 'DNA methylation และอัตราส่วนเอวต่อสะโพก: การศึกษาความสัมพันธ์ของ epigenome ในฝาแฝด monozygotic ของจีน'วารสารการสืบสวนต่อมไร้ท่อ, 45(12), หน้า 2365–2376. ดอย: 10.1007/S40618-022-01878-4.
