การจัดลำดับโปรคาริโอต RNA
คุณสมบัติ
● การประมวลผลตัวอย่าง RNA เกี่ยวข้องกับการพร่อง rRNA ตามด้วยการเตรียมไลบรารี RNA แบบกำหนดทิศทาง
● การวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศตามการจัดตำแหน่งจีโนมอ้างอิง
● การวิเคราะห์ประกอบด้วยการแสดงออกของยีนและ DEG แต่ยังรวมถึงโครงสร้างการถอดเสียงและการวิเคราะห์ sRNA
ข้อดีของการบริการ
การควบคุมคุณภาพอย่างเข้มงวด: เราใช้จุดควบคุมหลักในทุกขั้นตอน ตั้งแต่การเตรียมตัวอย่างและห้องสมุด ไปจนถึงการจัดลำดับและชีวสารสนเทศศาสตร์ การตรวจสอบอย่างพิถีพิถันนี้ช่วยให้มั่นใจได้ถึงผลลัพธ์คุณภาพสูงอย่างสม่ำเสมอ
ข้อมูลลำดับเฉพาะสาระ: เนื่องจากการเตรียมห้องสมุด RNA นั้นมีทิศทาง ทำให้สามารถระบุการถอดเสียงที่ต่อต้านการรับรู้ได้
การวิเคราะห์ที่สมบูรณ์ซึ่งปรับให้เหมาะกับทรานสคริปโทมโปรคาริโอต: ไปป์ไลน์ชีวสารสนเทศไม่เพียงแต่รวมถึงการวิเคราะห์การแสดงออกของยีนเท่านั้น แต่ยังรวมถึงการวิเคราะห์โครงสร้างการถอดเสียง รวมถึงการระบุโอเปอเรเตอร์ UTR และโปรโมเตอร์ นอกจากนี้ยังรวมถึงการวิเคราะห์ sRNA ได้แก่ คำอธิบายประกอบและการทำนายโครงสร้างและเป้าหมายรอง
การสนับสนุนหลังการขาย: ความมุ่งมั่นของเราขยายไปไกลกว่าการเสร็จสิ้นโครงการด้วยระยะเวลาบริการหลังการขาย 3 เดือน ในช่วงเวลานี้ เราเสนอการติดตามผลโครงการ ความช่วยเหลือในการแก้ไขปัญหา และช่วงถามตอบเพื่อตอบข้อสงสัยใดๆ ที่เกี่ยวข้องกับผลลัพธ์
ข้อกำหนดตัวอย่างและการจัดส่ง
| ห้องสมุด | กลยุทธ์การจัดลำดับ | ข้อมูลที่แนะนำ | การควบคุมคุณภาพ |
| rRNA ไลบรารีทิศทางหมดลง | อิลลูมิน่า พีอี150 | 1-2 กิกะไบต์ | Q30≥85% |
ข้อกำหนดตัวอย่าง:
| ความเข้มข้น(ng/μl) | ปริมาณ (ไมโครกรัม) | ความบริสุทธิ์ | ความซื่อสัตย์ |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 มีการปนเปื้อนของโปรตีนหรือ DNA อย่างจำกัดหรือไม่มีเลยบนเจล | ริน≥6.5 |
การจัดส่งตัวอย่างที่แนะนำ
ภาชนะบรรจุ: หลอดหมุนเหวี่ยงขนาด 2 มล. (ไม่แนะนำให้ใช้ฟอยล์ดีบุก)
การติดฉลากตัวอย่าง: กลุ่ม+ทำซ้ำ เช่น A1, A2, A3; บี1 บี2 บี3
การจัดส่ง:
1. น้ำแข็งแห้ง: ตัวอย่างจะต้องบรรจุในถุงและฝังในน้ำแข็งแห้ง
2. หลอด RNAstable: ตัวอย่าง RNA สามารถทำให้แห้งในหลอดรักษาเสถียรภาพ RNA (เช่น RNAstable®) และจัดส่งในอุณหภูมิห้อง
ขั้นตอนการทำงานบริการ
การจัดส่งตัวอย่าง
การก่อสร้างห้องสมุด
การเรียงลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
ขั้นตอนการวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศ
รวมถึงการวิเคราะห์ต่อไปนี้:
● การควบคุมคุณภาพข้อมูลดิบ
● การจัดแนวให้ตรงกับจีโนมอ้างอิง
● การประเมินคุณภาพห้องสมุด: การสุ่มการกระจายตัวของ RNA ขนาดเม็ดมีด และความอิ่มตัวของลำดับ
● คำอธิบายประกอบการทำงานของยีนเข้ารหัสที่คาดการณ์ไว้
● การวิเคราะห์นิพจน์: ความสัมพันธ์และการวิเคราะห์องค์ประกอบหลัก (PCA)
● การแสดงออกของยีนที่แตกต่าง (DEG)
● คำอธิบายประกอบการทำงานและการปรับปรุง DEG
● การวิเคราะห์ sRNA: การทำนาย คำอธิบายประกอบ เป้าหมาย และการทำนายโครงสร้างรอง
● การวิเคราะห์โครงสร้างการถอดเสียง: โอเปอเรเตอร์ ตำแหน่งเริ่มต้นและสิ้นสุด ภูมิภาคที่ไม่ได้แปล (UTS) โปรโมเตอร์ และการวิเคราะห์ SNP/InDel
ลำดับความอิ่มตัว
คำอธิบายประกอบการทำงานของยีนเข้ารหัส
ความสัมพันธ์ระหว่างตัวอย่าง
การวิเคราะห์ยีนที่แสดงออกถึงความแตกต่าง (DEGs)
การวิเคราะห์การเสริมสมรรถนะการทำงาน
คำอธิบายประกอบ sRNA
สำรวจความก้าวหน้าที่ได้รับการสนับสนุนจากบริการจัดลำดับ mRNA แบบเต็มความยาว Nanopore ของ BMKGene ในเอกสารเผยแพร่ที่โดดเด่นนี้
กวน ซีพี และคณะ (2018) 'การเปลี่ยนแปลงทั่วโลกของ Staphylococcus epidermidis ที่สร้างฟิล์มชีวะ ซึ่งตอบสนองต่ออัลคาลอยด์ทั้งหมดของ Sophora alopecuroides',วารสารจุลชีววิทยาโปแลนด์, 67(2), น. 223. ดอย: 10.21307/PJM-2018-024.
