-
BMKMANU S3000_การถอดเสียงเชิงพื้นที่
การถอดเสียงเชิงพื้นที่ยืนอยู่แถวหน้าของนวัตกรรมทางวิทยาศาสตร์ ช่วยให้นักวิจัยสามารถเจาะลึกรูปแบบการแสดงออกของยีนที่ซับซ้อนภายในเนื้อเยื่อ ขณะเดียวกันก็รักษาบริบทเชิงพื้นที่ไว้ ท่ามกลางแพลตฟอร์มต่างๆ BMKGene ได้พัฒนาชิป BMKManu S3000 Spatial Transcriptome ซึ่งมีความละเอียดที่เพิ่มขึ้น 3.5µm เข้าถึงช่วงเซลล์ย่อย และเปิดใช้งานการตั้งค่าความละเอียดหลายระดับ ชิป S3000 ซึ่งมีจุดประมาณ 4 ล้านจุด ใช้ไมโครเวลส์ที่เรียงเป็นชั้นด้วยเม็ดบีดที่บรรจุด้วยหัววัดจับบาร์โค้ดเชิงพื้นที่ ห้องสมุด cDNA ที่เสริมด้วยบาร์โค้ดเชิงพื้นที่ ถูกเตรียมจากชิป S3000 และจัดลำดับบนแพลตฟอร์ม Illumina NovaSeq ในเวลาต่อมา การผสมผสานระหว่างตัวอย่างบาร์โค้ดเชิงพื้นที่และ UMI ช่วยให้มั่นใจในความถูกต้องและความเฉพาะเจาะจงของข้อมูลที่สร้างขึ้น ชิป BMKManu S3000 มีความหลากหลายอย่างยิ่ง โดยมีการตั้งค่าความละเอียดหลายระดับที่สามารถปรับอย่างละเอียดตามเนื้อเยื่อต่างๆ และระดับรายละเอียดที่ต้องการ ความสามารถในการปรับตัวนี้ทำให้ชิปเป็นตัวเลือกที่โดดเด่นสำหรับการศึกษาการถอดเสียงเชิงพื้นที่ที่หลากหลาย ช่วยให้มั่นใจได้ถึงการจัดกลุ่มเชิงพื้นที่ที่แม่นยำและมีสัญญาณรบกวนน้อยที่สุด การใช้เทคโนโลยีการแบ่งส่วนเซลล์กับ BMKManu S3000 ช่วยให้สามารถกำหนดขอบเขตของข้อมูลการถอดเสียงไปยังขอบเขตของเซลล์ ส่งผลให้เกิดการวิเคราะห์ที่มีความหมายทางชีววิทยาโดยตรง นอกจากนี้ ความละเอียดที่ได้รับการปรับปรุงของ S3000 ยังส่งผลให้จำนวนยีนและ UMI ที่ตรวจพบต่อเซลล์สูงขึ้น ช่วยให้วิเคราะห์รูปแบบการถอดรหัสเชิงพื้นที่และการรวมกลุ่มของเซลล์ได้แม่นยำยิ่งขึ้น
-
การจัดลำดับ RNA นิวเคลียสเดี่ยว
การพัฒนาเทคนิคการจับเซลล์เดี่ยวและการสร้างไลบรารีแบบกำหนดเอง ควบคู่ไปกับการจัดลำดับปริมาณงานสูง ได้ปฏิวัติการศึกษาการแสดงออกของยีนในระดับเซลล์ ความก้าวหน้าครั้งนี้ช่วยให้สามารถวิเคราะห์ประชากรเซลล์ที่ซับซ้อนได้เชิงลึกและครอบคลุมมากขึ้น โดยเอาชนะข้อจำกัดที่เกี่ยวข้องกับการแสดงออกของยีนโดยเฉลี่ยในเซลล์ทั้งหมด และรักษาความหลากหลายที่แท้จริงภายในประชากรเหล่านี้ แม้ว่าการจัดลำดับ RNA เซลล์เดียว (scRNA-seq) มีข้อได้เปรียบที่ไม่อาจปฏิเสธได้ แต่ก็ต้องเผชิญกับความท้าทายในเนื้อเยื่อบางชนิดที่การสร้างสารแขวนลอยเซลล์เดียวพิสูจน์ได้ยากและต้องใช้ตัวอย่างที่สดใหม่ ที่ BMKGene เราจัดการกับอุปสรรคนี้ด้วยการนำเสนอลำดับ RNA แบบนิวเคลียสเดี่ยว (snRNA-seq) โดยใช้เทคโนโลยี 10X Genomics Chromium ที่ล้ำสมัย วิธีการนี้จะขยายสเปกตรัมของตัวอย่างที่สอดคล้องกับการวิเคราะห์การถอดเสียงในระดับเซลล์เดียว
การแยกนิวเคลียสทำได้สำเร็จด้วยชิป 10X Genomics Chromium ที่เป็นนวัตกรรมใหม่ ซึ่งมีระบบไมโครฟลูอิดิกแบบ 8 ช่องทางพร้อมครอสซิ่งแบบคู่ ภายในระบบนี้ เม็ดเจลที่ประกอบด้วยบาร์โค้ด ไพรเมอร์ เอนไซม์ และนิวเคลียสเดี่ยวถูกห่อหุ้มด้วยหยดน้ำมันขนาดนาโนลิตร ทำให้เกิดเป็นเจลบีด-อิน-อิมัลชัน (GEM) หลังจากการก่อตัวของ GEM การสลายเซลล์และการปล่อยบาร์โค้ดจะเกิดขึ้นภายใน GEM แต่ละตัว ต่อจากนั้น โมเลกุล mRNA ได้รับการถอดรหัสแบบย้อนกลับไปเป็น cDNA โดยผสมผสานบาร์โค้ด 10X และตัวระบุโมเลกุลเฉพาะ (UMI) จากนั้น cDNA เหล่านี้จะอยู่ภายใต้การสร้างไลบรารีลำดับมาตรฐาน ซึ่งอำนวยความสะดวกในการสำรวจโปรไฟล์การแสดงออกของยีนในระดับเซลล์เดียวที่มีประสิทธิภาพและครอบคลุม
แพลตฟอร์ม: 10× Genomics Chromium และ Illumina NovaSeq Platform
-
10x การถอดเสียงเชิงพื้นที่ของ Genomics Visium
การถอดเสียงเชิงพื้นที่เป็นเทคโนโลยีล้ำสมัยที่ช่วยให้นักวิจัยสามารถตรวจสอบรูปแบบการแสดงออกของยีนภายในเนื้อเยื่อ ขณะเดียวกันก็รักษาบริบทเชิงพื้นที่ไว้ได้ แพลตฟอร์มอันทรงพลังแห่งหนึ่งในโดเมนนี้คือ 10x Genomics Visium ควบคู่กับการจัดลำดับอิลลูมินา หลักการของ 10X Visium นั้นอยู่บนชิปพิเศษที่มีพื้นที่จับที่กำหนดซึ่งวางส่วนของเนื้อเยื่อไว้ พื้นที่จับภาพนี้มีจุดบาร์โค้ด ซึ่งแต่ละจุดสอดคล้องกับตำแหน่งเชิงพื้นที่เฉพาะภายในเนื้อเยื่อ จากนั้นโมเลกุล RNA ที่ถูกจับจากเนื้อเยื่อจะถูกติดป้ายกำกับด้วยตัวระบุโมเลกุลเฉพาะ (UMI) ในระหว่างกระบวนการถอดรหัสแบบย้อนกลับ จุดบาร์โค้ดและ UMI เหล่านี้ช่วยให้สามารถจัดทำแผนที่เชิงพื้นที่และการหาปริมาณการแสดงออกของยีนได้อย่างแม่นยำด้วยความละเอียดเซลล์เดียว การผสมผสานระหว่างตัวอย่างบาร์โค้ดเชิงพื้นที่และ UMI ช่วยให้มั่นใจในความถูกต้องและความเฉพาะเจาะจงของข้อมูลที่สร้างขึ้น ด้วยการใช้เทคโนโลยี Spatial Transcriptomics นี้ นักวิจัยจะได้รับความเข้าใจที่ลึกซึ้งยิ่งขึ้นเกี่ยวกับการจัดระเบียบเชิงพื้นที่ของเซลล์และปฏิสัมพันธ์ของโมเลกุลที่ซับซ้อนที่เกิดขึ้นภายในเนื้อเยื่อ ซึ่งนำเสนอข้อมูลเชิงลึกอันล้ำค่าเกี่ยวกับกลไกที่เป็นรากฐานของกระบวนการทางชีวภาพในหลากหลายสาขา รวมถึงเนื้องอกวิทยา ประสาทวิทยาศาสตร์ ชีววิทยาพัฒนาการ และภูมิคุ้มกันวิทยา และการศึกษาทางพฤกษศาสตร์
แพลตฟอร์ม: 10X Genomics Visium และ Illumina NovaSeq
