-
จีโนมิกส์เปรียบเทียบ
จีโนมเปรียบเทียบเกี่ยวข้องกับการตรวจสอบและการเปรียบเทียบลำดับและโครงสร้างจีโนมทั้งหมดระหว่างสปีชีส์ต่างๆ สาขานี้มุ่งหวังที่จะเปิดเผยวิวัฒนาการของสปีชีส์ ถอดรหัสการทำงานของยีน และชี้แจงกลไกการควบคุมทางพันธุกรรมโดยการระบุโครงสร้างและองค์ประกอบลำดับที่ได้รับการอนุรักษ์หรือแตกต่างในสิ่งมีชีวิตต่างๆ การศึกษาจีโนมเชิงเปรียบเทียบที่ครอบคลุมครอบคลุมการวิเคราะห์ เช่น ตระกูลยีน การพัฒนาเชิงวิวัฒนาการ เหตุการณ์การทำซ้ำจีโนมทั้งหมด และผลกระทบของแรงกดดันในการคัดเลือก
-
พันธุศาสตร์เชิงวิวัฒนาการ
แพลตฟอร์มการวิเคราะห์พันธุกรรมประชากรและวิวัฒนาการก่อตั้งขึ้นจากประสบการณ์มหาศาลที่สั่งสมมาในทีมงาน R&D ของ BMK มานานหลายปี เป็นเครื่องมือที่เป็นมิตรต่อผู้ใช้โดยเฉพาะสำหรับนักวิจัยที่ไม่เชี่ยวชาญด้านชีวสารสนเทศศาสตร์ แพลตฟอร์มนี้ช่วยให้การวิเคราะห์พื้นฐานที่เกี่ยวข้องกับพันธุศาสตร์วิวัฒนาการขั้นพื้นฐาน รวมถึงการสร้างต้นไม้สายวิวัฒนาการ การวิเคราะห์ความไม่สมดุลของการเชื่อมโยง การประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรม การวิเคราะห์แบบกวาดแบบเลือกสรร การวิเคราะห์เครือญาติ PCA การวิเคราะห์โครงสร้างประชากร ฯลฯ
-
การประกอบจีโนมแบบ Hi-C
Hi-C เป็นวิธีการที่ออกแบบมาเพื่อจับโครงร่างโครโมโซมโดยรวมการโต้ตอบที่อิงความใกล้เคียงของโพรบและการจัดลำดับที่มีปริมาณงานสูง เชื่อว่าความรุนแรงของปฏิกิริยาเหล่านี้มีความสัมพันธ์เชิงลบกับระยะห่างทางกายภาพของโครโมโซม ดังนั้น ข้อมูล Hi-C จึงถูกนำมาใช้เพื่อเป็นแนวทางในการจัดกลุ่ม การจัดลำดับ และการวางแนวของลำดับที่ประกอบกันในจีโนมแบบร่าง และยึดลำดับเหล่านั้นไว้บนโครโมโซมจำนวนหนึ่ง เทคโนโลยีนี้ช่วยเพิ่มศักยภาพในการประกอบจีโนมระดับโครโมโซม ในกรณีที่ไม่มีแผนที่พันธุกรรมตามประชากร จีโนมทุกตัวต้องการ Hi-C
-
การหาลำดับจีโนมของพืช/สัตว์ เดอ โนโว
เดอโนโวการจัดลำดับหมายถึงการสร้างจีโนมทั้งหมดของสปีชีส์โดยใช้เทคโนโลยีการหาลำดับในกรณีที่ไม่มีจีโนมอ้างอิง การแนะนำและการใช้การหาลำดับรุ่นที่สามอย่างกว้างขวาง ซึ่งมีการอ่านที่ยาวนานขึ้น ได้ปรับปรุงการประกอบจีโนมอย่างมีนัยสำคัญโดยการเพิ่มการทับซ้อนระหว่างการอ่าน การปรับปรุงนี้มีความเกี่ยวข้องโดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อต้องรับมือกับจีโนมที่ท้าทาย เช่น จีโนมที่แสดงเฮเทอโรไซโกซิตีสูง อัตราส่วนที่สูงของบริเวณที่ซ้ำกัน โพลีพลอยด์ และบริเวณที่มีองค์ประกอบที่ซ้ำกัน เนื้อหา GC ที่ผิดปกติ หรือความซับซ้อนสูงที่โดยทั่วไปประกอบได้ไม่ดีโดยใช้ลำดับการอ่านสั้น ตามลำพัง.
โซลูชันแบบครบวงจรของเราให้บริการหาลำดับแบบบูรณาการและการวิเคราะห์ชีวสารสนเทศที่ให้จีโนมที่ประกอบขึ้นใหม่คุณภาพสูง การสำรวจจีโนมเบื้องต้นร่วมกับอิลลูมินาให้การประมาณขนาดและความซับซ้อนของจีโนม และข้อมูลนี้ใช้เพื่อชี้แนะขั้นตอนต่อไปของการจัดลำดับแบบอ่านยาวด้วย PacBio HiFi ตามด้วยเดอโนโวการประกอบ conigs การใช้ชุดประกอบ HiC ในภายหลังช่วยให้สามารถยึด contigs กับจีโนมได้ เพื่อให้ได้ชุดประกอบระดับโครโมโซม ในที่สุด จีโนมจะได้รับการอธิบายประกอบโดยการทำนายของยีนและโดยการจัดลำดับยีนที่แสดงออก โดยหันไปใช้ทรานสคริปโตมที่มีการอ่านแบบสั้นและแบบยาว
-
การหาลำดับเอกโซมทั้งหมดของมนุษย์
Human Whole Exome Sequencing (hWES) ได้รับการยอมรับอย่างกว้างขวางว่าเป็นวิธีการหาลำดับที่คุ้มค่าและมีประสิทธิภาพสำหรับการระบุการกลายพันธุ์ที่ทำให้เกิดโรค แม้จะประกอบด้วยเพียงประมาณ 1.7% ของจีโนมทั้งหมด แต่ exons ก็มีบทบาทสำคัญโดยสะท้อนลักษณะการทำงานของโปรตีนทั้งหมดโดยตรง โดยเฉพาะอย่างยิ่งในจีโนมมนุษย์ มากกว่า 85% ของการกลายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องกับโรคจะปรากฏภายในบริเวณการเข้ารหัสโปรตีน BMKGENE นำเสนอบริการหาลำดับเอ็กโซมทั้งหมดของมนุษย์ที่ครอบคลุมและยืดหยุ่น พร้อมด้วยกลยุทธ์การจับเอ็กซอนที่แตกต่างกันสองแบบ เพื่อให้บรรลุเป้าหมายการวิจัยที่หลากหลาย
-
ลำดับแฟรกเมนต์ขยายเฉพาะโลคัส (SLAF-Seq)
จีโนไทป์ที่มีปริมาณงานสูง โดยเฉพาะอย่างยิ่งในประชากรขนาดใหญ่ เป็นขั้นตอนพื้นฐานในการศึกษาความสัมพันธ์ทางพันธุกรรม และเป็นพื้นฐานทางพันธุกรรมสำหรับการค้นพบยีนเชิงหน้าที่ การวิเคราะห์เชิงวิวัฒนาการ ฯลฯ แทนที่จะจัดลำดับจีโนมใหม่ทั้งหมดแบบลึกลำดับจีโนมการเป็นตัวแทนที่ลดลง (RRGS)มักใช้ในการศึกษาเหล่านี้เพื่อลดต้นทุนการเรียงลำดับต่อตัวอย่างในขณะที่ยังคงรักษาประสิทธิภาพที่เหมาะสมในการค้นพบเครื่องหมายทางพันธุกรรม RRGS บรรลุเป้าหมายนี้โดยการย่อย DNA ด้วยเอนไซม์จำกัด และมุ่งเน้นไปที่ช่วงขนาดชิ้นส่วนที่เฉพาะเจาะจง ดังนั้นจึงจัดลำดับเพียงเศษเสี้ยวของจีโนม ในบรรดาวิธีการต่างๆ ของ RRGS นั้น ลำดับแฟรกเมนต์เฉพาะเจาะจง (SLAF) เป็นแนวทางที่ปรับแต่งได้และมีคุณภาพสูง วิธีการนี้ได้รับการพัฒนาโดย BMKGene โดยอิสระ โดยจะปรับเอนไซม์จำกัดที่ตั้งไว้สำหรับทุกโครงการให้เหมาะสม สิ่งนี้ทำให้มั่นใจได้ถึงการสร้างแท็ก SLAF จำนวนมาก (บริเวณ 400-500 bps ของจีโนมที่กำลังจัดลำดับ) ซึ่งมีการกระจายอย่างสม่ำเสมอทั่วทั้งจีโนม ในขณะที่หลีกเลี่ยงบริเวณที่ซ้ำกันได้อย่างมีประสิทธิภาพ จึงรับประกันการค้นพบเครื่องหมายทางพันธุกรรมที่ดีที่สุด
-
ห้องสมุดที่สร้างไว้ล่วงหน้าของ Illumina
เทคโนโลยีการจัดลำดับของอิลลูมินาซึ่งมีพื้นฐานมาจาก Sequencing by Sclusion (SBS) เป็นนวัตกรรม NGS ที่ได้รับการยอมรับทั่วโลก โดยมีหน้าที่รับผิดชอบในการสร้างข้อมูลการจัดลำดับทั่วโลกมากกว่า 90% หลักการของ SBS เกี่ยวข้องกับการถ่ายภาพเทอร์มิเนเตอร์แบบพลิกกลับได้ที่มีป้ายกำกับเรืองแสง เมื่อมีการเพิ่ม dNTP แต่ละตัว และต่อมาถูกแยกออกเพื่อให้สามารถรวมตัวของฐานถัดไปได้ ด้วย dNTP ที่ถูกผูกมัดกับเทอร์มิเนเตอร์แบบพลิกกลับได้ทั้งสี่ที่มีอยู่ในแต่ละรอบการหาลำดับ การแข่งขันตามธรรมชาติจะลดอคติในการรวมตัวกันให้เหลือน้อยที่สุด เทคโนโลยีอเนกประสงค์นี้รองรับไลบรารีทั้งแบบอ่านเดียวและแบบคู่ เพื่อรองรับการใช้งานด้านจีโนมที่หลากหลาย ความสามารถในการจัดลำดับอิลลูมินาที่มีปริมาณงานสูงและความแม่นยำถือเป็นรากฐานสำคัญในการวิจัยจีโนมิกส์ ซึ่งช่วยให้นักวิทยาศาสตร์ค้นพบความซับซ้อนของจีโนมด้วยรายละเอียดและประสิทธิภาพที่ไม่มีใครเทียบได้
บริการจัดลำดับห้องสมุดที่สร้างไว้ล่วงหน้าของเราช่วยให้ลูกค้าสามารถเตรียมห้องสมุดจัดลำดับจากแหล่งที่หลากหลาย (mRNA, จีโนมทั้งหมด, แอมพลิคอน, ห้องสมุด 10x และอื่นๆ) ต่อจากนั้น ห้องสมุดเหล่านี้สามารถจัดส่งไปยังศูนย์ลำดับของเราเพื่อการควบคุมคุณภาพและการจัดลำดับในแพลตฟอร์มของ Illumina
