-
ชุดเครื่องมือ
BMKCloud เป็นแพลตฟอร์มชีวสารสนเทศชั้นนำที่ให้บริการโซลูชั่นแบบครบวงจรสำหรับโปรแกรมจีโนม ซึ่งได้รับการไว้วางใจอย่างกว้างขวางจากนักวิจัยในสาขาต่างๆ รวมถึงการแพทย์ การเกษตร สิ่งแวดล้อม ฯลฯ BMKCloud มุ่งมั่นที่จะให้บริการที่บูรณาการ เชื่อถือได้ และมีประสิทธิภาพ รวมถึงแพลตฟอร์มและเครื่องมือการวิเคราะห์ชีวสารสนเทศ , ทรัพยากรคอมพิวเตอร์, ฐานข้อมูลสาธารณะ, หลักสูตรออนไลน์ด้านชีวสารสนเทศศาสตร์ ฯลฯ BMKCloud มีเครื่องมือทางชีวสารสนเทศที่ใช้บ่อยมากมาย รวมถึงคำอธิบายประกอบของยีน, เครื่องมือทางพันธุกรรมเชิงวิวัฒนาการ, ncRNA, การควบคุมคุณภาพข้อมูล, การประกอบ, การจัดตำแหน่ง การดึงข้อมูล การกลายพันธุ์ สถิติ เครื่องกำเนิดตัวเลข การวิเคราะห์ลำดับ ฯลฯ
-
เดอโนโว การประกอบจีโนมของแบคทีเรีย
เราให้บริการประกอบจีโนมแบคทีเรียแบบครบวงจร รับประกันว่า 0 ช่องว่าง สิ่งนี้เกิดขึ้นได้โดยการผสานรวมเทคโนโลยีการจัดลำดับการอ่านแบบยาว เช่น Nanopore และ PacBio สำหรับการประกอบและการจัดลำดับการอ่านแบบสั้นเข้ากับ Illumina เพื่อการตรวจสอบความถูกต้องของการประกอบและการแก้ไขข้อผิดพลาดของการอ่าน ONT บริการของเรามอบขั้นตอนการทำงานทางชีวสารสนเทศที่สมบูรณ์ตั้งแต่การประกอบ คำอธิบายประกอบการทำงาน และการวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศขั้นสูง ซึ่งบรรลุเป้าหมายการวิจัยที่เฉพาะเจาะจง บริการนี้ช่วยให้สามารถพัฒนาจีโนมอ้างอิงที่แม่นยำสำหรับการศึกษาทางพันธุกรรมและจีโนมต่างๆ นอกจากนี้ ยังสร้างพื้นฐานสำหรับการใช้งาน เช่น การเพิ่มประสิทธิภาพความเครียด พันธุวิศวกรรม และการพัฒนาเทคโนโลยีจุลินทรีย์ เพื่อให้มั่นใจว่าข้อมูลจีโนมที่เชื่อถือได้และปราศจากช่องว่าง ซึ่งมีความสำคัญอย่างยิ่งต่อการพัฒนาข้อมูลเชิงลึกทางวิทยาศาสตร์และนวัตกรรมเทคโนโลยีชีวภาพ
-
อาร์เอ็นเอขนาดเล็ก
RNA ขนาดเล็กเป็น RNA ประเภทสั้นที่ไม่มีการเข้ารหัส ซึ่งมีความยาวเฉลี่ย 18-30 nt รวมถึง miRNA, siRNA และ piRNA RNA ขนาดเล็กเหล่านี้ได้รับการรายงานอย่างหนาแน่นว่าเกี่ยวข้องกับกระบวนการทางชีวภาพต่างๆ เช่น การย่อยสลาย mRNA การยับยั้งการแปล การสร้างเฮเทอโรโครมาติน เป็นต้น การวิเคราะห์ลำดับ SmallRNA ถูกนำมาใช้กันอย่างแพร่หลายในการศึกษาเกี่ยวกับการพัฒนาของสัตว์/พืช โรค ไวรัส ฯลฯ RNA ขนาดเล็ก แพลตฟอร์มการวิเคราะห์ลำดับประกอบด้วยการวิเคราะห์มาตรฐานและการขุดข้อมูลขั้นสูง จากข้อมูล RNA-seq การวิเคราะห์มาตรฐานสามารถบรรลุการระบุและการทำนาย miRNA การทำนายยีนเป้าหมาย miRNA คำอธิบายประกอบ และการวิเคราะห์การแสดงออก การวิเคราะห์ขั้นสูงช่วยให้สามารถค้นหาและแยก miRNA แบบกำหนดเอง การสร้างไดอะแกรมเวนน์ miRNA และการสร้างเครือข่ายยีนเป้าหมาย
-
NGS-WGS (อิลูมินา/BGI)
NGS-WGS เป็นแพลตฟอร์มการวิเคราะห์ลำดับจีโนมทั้งหมด ซึ่งพัฒนาขึ้นจากประสบการณ์อันยาวนานใน Biomarker Technologies แพลตฟอร์มที่ใช้งานง่ายนี้ช่วยให้ส่งขั้นตอนการวิเคราะห์แบบบูรณาการได้อย่างรวดเร็ว เพียงตั้งค่าพารามิเตอร์พื้นฐานเพียงไม่กี่ตัว ซึ่งเหมาะกับข้อมูลลำดับดีเอ็นเอที่สร้างจากทั้งแพลตฟอร์ม Illumina และแพลตฟอร์มการจัดลำดับ BGI แพลตฟอร์มนี้ถูกปรับใช้บนเซิร์ฟเวอร์คอมพิวเตอร์ประสิทธิภาพสูง ซึ่งช่วยให้การวิเคราะห์ข้อมูลที่มีประสิทธิภาพสูงในเวลาที่จำกัดมาก การทำเหมืองข้อมูลส่วนบุคคลนั้นมีให้ใช้งานบนพื้นฐานของการวิเคราะห์มาตรฐาน ซึ่งรวมถึงการสืบค้นยีนที่กลายพันธุ์ การออกแบบไพรเมอร์ PCR เป็นต้น
-
mRNA (อ้างอิง)
Transcriptome คือการเชื่อมโยงระหว่างข้อมูลทางพันธุกรรมของจีโนมและโปรตีโอมของการทำงานทางชีววิทยา การควบคุมระดับการถอดเสียงเป็นวิธีการควบคุมสิ่งมีชีวิตที่สำคัญที่สุดและได้รับการศึกษาอย่างกว้างขวางที่สุด การจัดลำดับทรานสคริปโตมสามารถจัดลำดับทรานสคริปโตม ณ จุดใดก็ได้ในเวลาหรือภายใต้เงื่อนไขใดๆ ด้วยความละเอียดที่แม่นยำถึงนิวคลีโอไทด์เดี่ยว ซึ่งสามารถสะท้อนระดับของการถอดรหัสยีนแบบไดนามิก พร้อมระบุและระบุปริมาณการถอดเสียงปกติและหายาก และให้ข้อมูลโครงสร้างของ ตัวอย่างใบรับรองผลการเรียนเฉพาะ
ปัจจุบัน เทคโนโลยีการหาลำดับการถอดเสียงถูกนำมาใช้กันอย่างแพร่หลายในด้านพืชไร่ การแพทย์ และการวิจัยอื่นๆ รวมถึงการควบคุมการพัฒนาสัตว์และพืช การปรับตัวด้านสิ่งแวดล้อม ปฏิสัมพันธ์ของภูมิคุ้มกัน การแปลยีนเฉพาะที่ วิวัฒนาการทางพันธุกรรมของสายพันธุ์ และการตรวจหาเนื้องอกและโรคทางพันธุกรรม
-
เมเทโนมิกส์ (NGS)
แพลตฟอร์มการวิเคราะห์นี้ได้รับการออกแบบสำหรับการวิเคราะห์ข้อมูลเมทาโนมิกส์ของปืนลูกซองตามประสบการณ์หลายปี ประกอบด้วยขั้นตอนการทำงานแบบบูรณาการที่มีการวิเคราะห์เมตาจีโนมที่จำเป็นทั่วไปต่างๆ รวมถึงการประมวลผลข้อมูล การศึกษาระดับสปีชีส์ การศึกษาระดับการทำงานของยีน การรวมเมตาจีโนม ฯลฯ นอกจากนี้ ยังมีเครื่องมือการทำเหมืองข้อมูลที่ปรับแต่งได้ตามขั้นตอนการวิเคราะห์มาตรฐาน ซึ่งรวมถึงการสืบค้นยีนและสปีชีส์ , การตั้งค่าพารามิเตอร์, การสร้างตัวเลขส่วนบุคคล ฯลฯ
-
LncRNA
RNA แบบไม่เข้ารหัสแบบยาว (lncRNA) เป็นทรานสคริปต์ประเภทหนึ่งที่มีความยาวมากกว่า 200 nt ซึ่งไม่สามารถเข้ารหัสโปรตีนได้ หลักฐานสะสมชี้ให้เห็นว่า lncRNA ส่วนใหญ่มีแนวโน้มที่จะใช้งานได้มาก เทคโนโลยีการหาลำดับความเร็วสูงและเครื่องมือวิเคราะห์ชีวสารสนเทศช่วยให้เราสามารถเปิดเผยลำดับ lncRNA และข้อมูลตำแหน่งได้อย่างมีประสิทธิภาพมากขึ้น และนำเราไปสู่การค้นพบ lncRNA ที่มีหน้าที่กำกับดูแลที่สำคัญ BMKCloud มีความภูมิใจที่จะมอบแพลตฟอร์มการวิเคราะห์ลำดับ lncRNA ให้กับลูกค้าของเรา เพื่อให้บรรลุการวิเคราะห์ lncRNA ที่รวดเร็ว เชื่อถือได้ และยืดหยุ่น
-
กวาส
การศึกษาความสัมพันธ์ทั่วทั้งจีโนม (GWAS) มีวัตถุประสงค์เพื่อระบุความแปรปรวนทางพันธุกรรม (จีโนไทป์) ที่เกี่ยวข้องกับลักษณะเฉพาะ (ฟีโนไทป์) การศึกษาของ GWA จะตรวจสอบเครื่องหมายทางพันธุกรรมข้ามจีโนมทั้งหมดของบุคคลจำนวนมาก และคาดการณ์ความสัมพันธ์ของจีโนไทป์-ฟีโนไทป์โดยการวิเคราะห์ทางสถิติในระดับประชากร การหาลำดับจีโนมทั้งหมดสามารถค้นพบตัวแปรทางพันธุกรรมทั้งหมดได้ เมื่อใช้ร่วมกับข้อมูลฟีโนไทป์ GWAS สามารถประมวลผลเพื่อระบุ SNP, QTL และยีนที่เกี่ยวข้องกับฟีโนไทป์ได้ ซึ่งสนับสนุนการปรับปรุงพันธุ์สัตว์/พืชสมัยใหม่อย่างยิ่ง SLAF เป็นกลยุทธ์การจัดลำดับจีโนมแบบง่ายที่พัฒนาขึ้นเอง ซึ่งค้นพบ SNP ซึ่งเป็นเครื่องหมายกระจายทั่วทั้งจีโนม SNP เหล่านี้ในฐานะเครื่องหมายทางพันธุกรรมระดับโมเลกุลสามารถนำไปประมวลผลสำหรับการศึกษาการเชื่อมโยงกับลักษณะเป้าหมายได้ เป็นกลยุทธ์ที่คุ้มค่าในการระบุลักษณะที่ซับซ้อนที่เกี่ยวข้องกับความแปรปรวนทางพันธุกรรม
-
นาโนพอร์ ทรานสคริปโตมิกส์แบบเต็มความยาว
ไอโซฟอร์มทางเลือกที่ซับซ้อนและแปรผันในสิ่งมีชีวิตเป็นกลไกทางพันธุกรรมที่สำคัญในการควบคุมการแสดงออกของยีนและความหลากหลายของโปรตีน การระบุโครงสร้างการถอดเสียงที่แม่นยำเป็นพื้นฐานสำหรับการศึกษาเชิงลึกเกี่ยวกับรูปแบบการควบคุมการแสดงออกของยีน แพลตฟอร์มการหาลำดับนาโนพอร์ได้นำการศึกษาการถอดเสียงไปสู่ระดับไอโซฟอร์มได้สำเร็จ แพลตฟอร์มการวิเคราะห์นี้ออกแบบมาเพื่อวิเคราะห์ข้อมูล RNA-Seq ที่สร้างขึ้นบนแพลตฟอร์ม Nanopore บนฐานของจีโนมอ้างอิง ซึ่งช่วยให้บรรลุการวิเคราะห์เชิงคุณภาพและเชิงปริมาณทั้งในระดับยีนและระดับการถอดเสียง
-
เซอร์-อาร์เอ็นเอ
RNA แบบวงกลม (circRNA) เป็น RNA ชนิดหนึ่งที่ไม่เข้ารหัส ซึ่งเพิ่งพบว่ามีบทบาทสำคัญในเครือข่ายการกำกับดูแลที่เกี่ยวข้องกับการพัฒนา การต้านทานต่อสิ่งแวดล้อม ฯลฯ แตกต่างจากโมเลกุล RNA เชิงเส้น เช่น mRNA, lncRNA, 3′ และ 5′ ส่วนปลายของ circRNA ถูกรวมเข้าด้วยกันเพื่อสร้างโครงสร้างทรงกลม ซึ่งช่วยป้องกันไม่ให้เกิดการย่อย exonuclease และมีความเสถียรมากกว่า RNA เชิงเส้นส่วนใหญ่ พบว่า CircRNA มีหน้าที่ที่หลากหลายในการควบคุมการแสดงออกของยีน CircRNA สามารถทำหน้าที่เป็น ceRNA ซึ่งจับ miRNA ในการแข่งขันหรือที่เรียกว่า miRNA Sponge แพลตฟอร์มการวิเคราะห์ลำดับ CircRNA เสริมศักยภาพให้กับโครงสร้าง circRNA และการวิเคราะห์การแสดงออก การทำนายเป้าหมาย และการวิเคราะห์ร่วมกับโมเลกุล RNA ประเภทอื่นๆ
-
บีเอสเอ
แพลตฟอร์มการวิเคราะห์แยกกลุ่มแบบเป็นกลุ่มประกอบด้วยการวิเคราะห์มาตรฐานในขั้นตอนเดียวและการวิเคราะห์ขั้นสูงพร้อมการตั้งค่าพารามิเตอร์ที่กำหนดเอง BSA เป็นเทคนิคที่ใช้ในการระบุเครื่องหมายทางพันธุกรรมที่เกี่ยวข้องกับฟีโนไทป์อย่างรวดเร็ว ขั้นตอนการทำงานหลักของ BSA ประกอบด้วย: 1. การเลือกกลุ่มบุคคลสองกลุ่มที่มีฟีโนไทป์ที่ขัดแย้งกันอย่างมาก; 2. การรวม DNA, RNA หรือ SLAF-seq (พัฒนาโดย Biomarker) ของบุคคลทั้งหมดเพื่อสร้าง DNA สองกลุ่ม; 3. การระบุลำดับที่แตกต่างกับจีโนมอ้างอิงหรือระหว่างนั้น 4. การทำนายขอบเขตที่เชื่อมโยงของผู้สมัครโดยอัลกอริธึม ED และ SNP-index; 5. การวิเคราะห์เชิงหน้าที่และการเสริมคุณค่าของยีนในภูมิภาคผู้สมัคร ฯลฯ นอกจากนี้ยังมีการทำเหมืองข้อมูลขั้นสูงเพิ่มเติม รวมถึงการคัดกรองเครื่องหมายทางพันธุกรรมและการออกแบบไพรเมอร์
-
แอมพลิคอน (16S/18S/ITS)
แพลตฟอร์ม Amplicon (16S/18S/ITS) ได้รับการพัฒนาด้วยประสบการณ์หลายปีในการวิเคราะห์โครงการความหลากหลายของจุลินทรีย์ ซึ่งประกอบด้วยการวิเคราะห์พื้นฐานที่ได้มาตรฐานและการวิเคราะห์เฉพาะบุคคล: การวิเคราะห์พื้นฐานครอบคลุมเนื้อหาการวิเคราะห์กระแสหลักของการวิจัยจุลินทรีย์ในปัจจุบัน เนื้อหาการวิเคราะห์มีมากมายและครอบคลุม และผลการวิเคราะห์นำเสนอในรูปแบบรายงานโครงการ เนื้อหาของการวิเคราะห์ส่วนบุคคลมีความหลากหลาย สามารถเลือกตัวอย่างและตั้งค่าพารามิเตอร์ได้อย่างยืดหยุ่นตามรายงานการวิเคราะห์พื้นฐานและวัตถุประสงค์การวิจัย เพื่อให้บรรลุถึงความต้องการส่วนบุคคล ระบบปฏิบัติการ Windows ง่ายและรวดเร็ว
-
พันธุศาสตร์เชิงวิวัฒนาการ
Evolutionary Genetics เป็นบริการหาลำดับที่ครอบคลุมซึ่งออกแบบมาเพื่อนำเสนอการตีความเชิงลึกของวิวัฒนาการภายในกลุ่มบุคคลจำนวนมาก โดยพิจารณาจากการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรม รวมถึง SNPs, InDels, SVs และ CNVs บริการนี้ครอบคลุมการวิเคราะห์ที่จำเป็นทั้งหมดที่จำเป็นเพื่อชี้แจงการเปลี่ยนแปลงทางวิวัฒนาการและลักษณะทางพันธุกรรมของประชากร รวมถึงการประเมินโครงสร้างประชากร ความหลากหลายทางพันธุกรรม และความสัมพันธ์ทางสายวิวัฒนาการ นอกจากนี้ ยังเจาะลึกการศึกษาเกี่ยวกับการไหลของยีน ซึ่งช่วยให้สามารถประมาณขนาดประชากรที่มีประสิทธิผลและเวลาที่ต่างกันได้ การศึกษาพันธุศาสตร์เชิงวิวัฒนาการให้ข้อมูลเชิงลึกที่มีคุณค่าเกี่ยวกับต้นกำเนิดและการปรับตัวของสายพันธุ์
ที่ BMKGENE เรามีทางเลือกสองทางสำหรับดำเนินการศึกษาพันธุศาสตร์วิวัฒนาการในประชากรจำนวนมาก: การใช้การจัดลำดับจีโนมทั้งหมด (WGS) หรือการเลือกใช้วิธีจัดลำดับจีโนมแบบลดการแสดงแทน หรือการใช้ชิ้นส่วนขยายเฉพาะตำแหน่งเฉพาะ (SLAF) ที่พัฒนาขึ้นภายในองค์กร แม้ว่า WGS จะเหมาะกับจีโนมที่มีขนาดเล็กกว่า แต่ SLAF ก็กลายเป็นทางเลือกที่คุ้มค่าสำหรับการศึกษาประชากรขนาดใหญ่ที่มีจีโนมยาวกว่า ซึ่งช่วยลดต้นทุนในการเรียงลำดับได้อย่างมีประสิทธิภาพ
