แมปความร้อน
เครื่องมือ HeatMap ยอมรับไฟล์ข้อมูลเมทริกซ์เป็นอินพุตและอนุญาตให้ผู้ใช้กรองข้อมูลปกติและคลัสเตอร์ กรณีการใช้งานหลักสำหรับความร้อนคือการวิเคราะห์กลุ่มของระดับการแสดงออกของยีนระหว่างตัวอย่างที่แตกต่างกัน
คำอธิบายประกอบของยีน
เครื่องมือคำอธิบายประกอบของยีนดำเนินการคำอธิบายประกอบยีนตามการจัดเรียงลำดับของไฟล์อินพุต fasta กับฐานข้อมูลต่างๆ
เครื่องมือค้นหาการจัดตำแหน่งท้องถิ่นขั้นพื้นฐาน (BLAST)
เครื่องมือ BLAST เป็นเวอร์ชันรวมของ BMKCLOUD ของ NCBI BLAST และสามารถใช้ในการทำฟังก์ชั่นเดียวกันโดยใช้ข้อมูลที่อัปโหลดไปยังบัญชี BMKCLOUD
การทำนาย CDS_UTR
เครื่องมือทำนาย CDS_UTR ได้รับการออกแบบมาเพื่อทำนายภูมิภาคการเข้ารหัส (CDS) และภูมิภาคที่ไม่ใช่การเข้ารหัส (UTR) ในลำดับการถอดเสียงที่กำหนดขึ้นอยู่กับผลลัพธ์การระเบิดกับฐานข้อมูลโปรตีนที่รู้จักและผลลัพธ์การทำนาย ORF
พล็อตแมนฮัตตัน
เครื่องมือพล็อตแมนฮัตตันช่วยให้สามารถแสดงการทดลองตัวอย่างสูงและใช้กันทั่วไปในการศึกษาความสัมพันธ์ทั่วทั้งจีโนม (GWAS)
ไดอะแกรม Circos
เครื่องมือไดอะแกรม Circos ให้การสร้างภาพข้อมูลที่มีประสิทธิภาพของวิธีการกระจายคุณสมบัติจีโนมทั่วจีโนม คุณสมบัติทั่วไป ได้แก่ loci เชิงปริมาณ, SNPs, indels, ตัวแปรโครงสร้างและจำนวนสำเนา
การเพิ่มคุณค่าของยีน ontology (GO)
เครื่องมือเพิ่มประสิทธิภาพ GO ให้การวิเคราะห์การเพิ่มประสิทธิภาพการทำงาน ซอฟต์แวร์หลักในเครื่องมือนี้คือแพ็คเกจ Topgo-Bioconductor ซึ่งรวมถึงการวิเคราะห์การแสดงออกที่แตกต่างกันการวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่าและการสร้างภาพของผลลัพธ์
การวิเคราะห์เครือข่ายการแสดงออกของยีนถ่วงน้ำหนัก (WGCNA)
WGCNA เป็นวิธีการขุดข้อมูลที่ใช้กันอย่างแพร่หลายสำหรับการค้นพบโมดูลการแสดงออกของยีน มันใช้ได้กับชุดข้อมูลการแสดงออกที่หลากหลายรวมถึงข้อมูลการแสดงออกของยีน microarray และ NGS
ระหว่างตำแหน่ง
เครื่องมือ Interproscan ให้การวิเคราะห์ลำดับโปรตีน Interpro และการจำแนกประเภท
Go Kegg Enrichment
เครื่องมือเพิ่มประสิทธิภาพของ GO Kegg นั้นออกแบบมาเพื่อสร้างฮิสโตแกรมเสริม GO, ฮิสโตแกรมเสริมสร้าง KEGG และเส้นทางการเสริมสร้าง KEGG ตามชุดยีนที่ให้ไว้และคำอธิบายประกอบที่สอดคล้องกัน