การจัดลำดับจีโนมทั้งพืช/สัตว์
คุณสมบัติการบริการ
● การเตรียมห้องสมุดอาจเป็นแบบมาตรฐานหรือแบบไม่มี PCR
● มีจำหน่ายใน 4 แพลตฟอร์มลำดับ: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 หรือ PacBio Revio
● การวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศมุ่งเน้นไปที่การตรวจจับตัวแปร: SNP, InDel, SV และ CNV
ข้อดีของการบริการ
ความเชี่ยวชาญที่กว้างขวางและบันทึกการตีพิมพ์: ประสบการณ์ที่สะสมในการจัดลำดับจีโนมสำหรับสายพันธุ์มากกว่า 1,000 ชนิด ส่งผลให้เกิดกรณีที่ได้รับการตีพิมพ์มากกว่า 1,000 กรณี โดยมีปัจจัยผลกระทบสะสมมากกว่า 5,000 กรณี
การวิเคราะห์ชีวสารสนเทศศาสตร์ที่ครอบคลุม: รวมถึงการเรียกรูปแบบและคำอธิบายประกอบฟังก์ชัน
● การสนับสนุนหลังการขาย:ความมุ่งมั่นของเราขยายไปไกลกว่าการเสร็จสิ้นโครงการด้วยระยะเวลาบริการหลังการขาย 3 เดือน ในช่วงเวลานี้ เราเสนอการติดตามผลโครงการ ความช่วยเหลือในการแก้ไขปัญหา และช่วงถามตอบเพื่อตอบข้อสงสัยใดๆ ที่เกี่ยวข้องกับผลลัพธ์
คำอธิบายประกอบที่ครอบคลุม: เราใช้ฐานข้อมูลหลายฐานข้อมูลเพื่ออธิบายลักษณะการทำงานของยีนด้วยรูปแบบต่างๆ ที่ระบุ และดำเนินการวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่าที่สอดคล้องกัน โดยให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับโครงการวิจัยหลายโครงการ
ข้อมูลจำเพาะของบริการ
| ตัวแปรที่จะระบุ | กลยุทธ์การจัดลำดับ | ความลึกที่แนะนำ |
| SNP และอินเดล | อิลลูมินา NovaSeq PE150 หรือ MGI T7 | 10x |
| SV และ CNV (แม่นยำน้อยกว่า) | 30x | |
| SV และ CNV (แม่นยำยิ่งขึ้น) | นาโนพอร์ พรอม P48 | 20x |
| SNP, อินเดล, SV และ CNV | PacBio รีวิโอ | 10x |
ข้อกำหนดตัวอย่าง
| เนื้อเยื่อหรือกรดนิวคลีอิกที่สกัดได้ | อิลลูมินา/เอ็มจีไอ | นาโนพอร์ | แพ็กไบโอ
| ||
| เครื่องในสัตว์ | 0.5-1 ก | ≥ 3.5 ก
| ≥ 3.5 ก
| ||
| กล้ามเนื้อสัตว์ | ≥ 5 ก
| ≥ 5 ก
| |||
| เลือดสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม | 1.5 มล | ≥ 0.5 มล
| ≥ 5 มล
| ||
| เลือดสัตว์ปีก/ปลา | ≥ 0.1 มล
| ≥ 0.5 มล
| |||
| พืช- ใบสด | 1-2 ก | ≥ 2 ก
| ≥ 5 ก
| ||
| เซลล์เพาะเลี้ยง |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| แมลงเนื้อเยื่ออ่อน/รายบุคคล | 0.5-1 ก | ≥ 1 ก
| ≥ 3 ก
| ||
| สกัดดีเอ็นเอ
| ความเข้มข้น: ≥ 1 ng/ µL จำนวน: ≥ 30 ng จำกัดหรือไม่มีการย่อยสลายหรือการปนเปื้อน
| ความเข้มข้น จำนวน
OD260/280
OD260/230
จำกัดหรือไม่มีการย่อยสลายหรือการปนเปื้อน
| ≥ 40 นาโนกรัม/ไมโครลิตร 4 ไมโครกรัม/โฟลว์เซลล์/ตัวอย่าง
1.7-2.2
≥1.5 | ความเข้มข้น จำนวน
OD260/280
OD260/230
จำกัดหรือไม่มีการย่อยสลายหรือการปนเปื้อน | ≥ 50 นาโนกรัม/ไมโครลิตร 10 ไมโครกรัม/โฟลว์เซลล์/ตัวอย่าง
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| การเตรียมห้องสมุดที่ปราศจาก PCR: ความเข้มข้น≥ 40 ng/ µL จำนวน≥ 500 ng | |||||
ขั้นตอนการทำงานบริการ
การจัดส่งตัวอย่าง
การสกัดดีเอ็นเอ
การก่อสร้างห้องสมุด
การเรียงลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
การส่งข้อมูล
รวมถึงการวิเคราะห์ต่อไปนี้:
- การควบคุมคุณภาพข้อมูลดิบ
- สถิติการจัดตำแหน่งตามจีโนมอ้างอิง
- การระบุตัวแปร: SNP, InDel, SV และ CNV
- คำอธิบายประกอบการทำงานของตัวแปร
สถิติการจัดตำแหน่งตามจีโนมอ้างอิง – การกระจายความลึกของลำดับ
การเรียก SNP ระหว่างหลายตัวอย่าง
การระบุ InDel – สถิติของความยาว InDel ในภูมิภาค CDS และภูมิภาคทั่วทั้งจีโนม
การกระจายตัวแปรทั่วทั้งจีโนม - พล็อต Circos
คำอธิบายประกอบการทำงานของยีนพร้อมตัวแปรที่ระบุ - อภิปรัชญาของยีน
ชัยคิวและคณะ (2023) 'A glutathione S‐transferase GhTT19 กำหนดการสร้างเม็ดสีกลีบดอกไม้โดยควบคุมการสะสมแอนโทไซยานินในฝ้าย', Plant Biotechnology Journal, 21(2), p. 433. ดอย: 10.1111/PBI.13965.
เฉิง เอช และคณะ (2023) 'จีโนม Hevea brasiliensis ในป่าระดับโครโมโซมมอบเครื่องมือใหม่สำหรับการปรับปรุงพันธุ์โดยใช้จีโนมช่วยและตำแหน่งที่มีคุณค่าในการยกระดับผลผลิตยาง', Plant Biotechnology Journal, 21(5), pp. 1058–1072 ดอย: 10.1111/PBI.14018.
หลี่ อ. และคณะ (2021) 'จีโนมของหอยนางรมปากแม่น้ำให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับผลกระทบต่อสภาพภูมิอากาศและความเป็นพลาสติกที่ปรับตัวได้', ชีววิทยาการสื่อสาร 2021 4:1, 4(1), หน้า 1–12 ดอย: 10.1038/s42003-021-02823-6.
เซง ต. และคณะ (2022) 'การวิเคราะห์การเปลี่ยนแปลงจีโนมและเมทิลเลชั่นในไก่พื้นเมืองของจีนเมื่อเวลาผ่านไปให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับการอนุรักษ์สายพันธุ์' ชีววิทยาการสื่อสาร 5(1) หน้า 1–12 ดอย: 10.1038/s42003-022-03907-7.
