pacbio transcriptome เต็มความยาว

การเรียงลำดับการถอดเสียงแบบเต็มความยาวของ PACBIO, ISOSEQ, เปิดใช้งานการระบุ isoforms transcript, การส่องแสงบน polyadenylation ทางเลือกและการประกบและนำไปสู่การวิเคราะห์การแสดงออกของยีนที่แม่นยำยิ่งขึ้น BMKCLOUD PACBIO Full Transcriptome Pipeline ได้รับการออกแบบมาเพื่อวิเคราะห์ไลบรารี cDNA ที่จัดลำดับในโหมดการเรียงลำดับฉันทามติ (CCS) และระบุลำดับที่ไม่ใช่ความยาวแบบเต็มรูปแบบ (FLNC) ซึ่งจะถูกจัดกลุ่มลงในการถอดเสียงที่ไม่ซ้ำซ้อน การวิเคราะห์ BUSCO ที่ตามมาประเมินความสมบูรณ์ของชุดประกอบการถอดเสียง จาก transcriptome ประกอบการวิเคราะห์หลายครั้งจะดำเนินการ: การประกบทางเลือก, การทำซ้ำลำดับง่าย ๆ (SSR), การทำนายของ lncRNA และยีนเป้าหมายที่สอดคล้องกัน, การทำนายของยีนใหม่, การวิเคราะห์ครอบครัวยีน, การวิเคราะห์ปัจจัยการถอดรหัสและคำอธิบายประกอบการทำงานของ transcripts