โซลูชัน mRNA แบบเต็มความยาว PacBio 2+3
คุณสมบัติ
● การออกแบบการศึกษา:
กลุ่มตัวอย่างที่จัดลำดับด้วย PacBio เพื่อระบุไอโซฟอร์มของการถอดเสียง
แยกตัวอย่าง (จำลองและเงื่อนไขที่จะทดสอบ) ตามลำดับNGS เพื่อหาปริมาณการแสดงออกของการถอดเสียง
● การจัดลำดับ PacBio ในโหมด CCS สร้างการอ่านแบบไฮไฟ
● การจัดลำดับทรานสคริปต์ฉบับเต็ม
● การวิเคราะห์ไม่จำเป็นต้องมีจีโนมอ้างอิง แต่ก็อาจนำไปใช้ได้
● การวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศไม่เพียงแต่รวมถึงการแสดงออกที่ยีนและระดับไอโซฟอร์มเท่านั้น แต่ยังรวมถึงการวิเคราะห์ lncRNA, การรวมยีน, โพลีอะดีนิเลชัน และโครงสร้างของยีนด้วย
ข้อดี
● ความแม่นยำสูง: ไฮไฟอ่านด้วยความแม่นยำ >99.9% (Q30) เทียบได้กับ NGS
● การวิเคราะห์การประกบทางเลือก: การจัดลำดับทรานสคริปต์ทั้งหมดทำให้สามารถระบุไอโซฟอร์มและระบุลักษณะเฉพาะได้
● การผสมผสานจุดแข็งของ PacBio และ NGS: ช่วยให้สามารถระบุปริมาณของการแสดงออกในระดับไอโซฟอร์ม เผยให้เห็นการเปลี่ยนแปลงที่อาจถูกปกปิดเมื่อวิเคราะห์การแสดงออกของยีนทั้งหมด
● ความเชี่ยวชาญที่กว้างขวาง: ด้วยประวัติการทำงานในโครงการถอดเสียง PacBio แบบเต็มความยาวมากกว่า 1,100 โครงการ และการประมวลผลตัวอย่างมากกว่า 2,300 ตัวอย่าง ทีมงานของเรานำประสบการณ์มากมายมาสู่ทุกโครงการ
● การสนับสนุนหลังการขาย: ความมุ่งมั่นของเราขยายไปไกลกว่าการเสร็จสิ้นโครงการด้วยระยะเวลาบริการหลังการขาย 3 เดือน ในช่วงเวลานี้ เราเสนอการติดตามผลโครงการ ความช่วยเหลือในการแก้ไขปัญหา และช่วงถามตอบเพื่อตอบข้อสงสัยใดๆ ที่เกี่ยวข้องกับผลลัพธ์
ข้อกำหนดตัวอย่างและการจัดส่ง
| ห้องสมุด | กลยุทธ์การจัดลำดับ | ข้อมูลที่แนะนำ | การควบคุมคุณภาพ |
| ไลบรารี mRNA CCS ที่ได้รับการเสริมสมรรถนะด้วย PolyA | PacBio ภาคต่อ II PacBio รีวิโอ | 20/40GB 5/10 ม.ซีซีเอส | Q30≥85% |
| โพลีเอ อุดมด้วย | อิลลูมิน่า พีอี150 | 6-10GB | Q30≥85% |
นิวคลีโอไทด์
|
| ความเข้มข้น(ng/μl) | ปริมาณ (ไมโครกรัม) | ความบริสุทธิ์ | ความซื่อสัตย์ |
| ห้องสมุดอิลลูมินา | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 โอดี260/230=0.5-2.5 มีการปนเปื้อนของโปรตีนหรือ DNA อย่างจำกัดหรือไม่มีเลยบนเจล | สำหรับพืช: RIN≥4.0; สำหรับสัตว์: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; ระดับความสูงพื้นฐานที่จำกัดหรือไม่มีเลย |
| ห้องสมุดแพคไบโอ | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 โอดี260/230=0.5-2.5 มีการปนเปื้อนของโปรตีนหรือ DNA อย่างจำกัดหรือไม่มีเลยบนเจล | พืช: RIN≥7.5 สัตว์: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; ระดับความสูงพื้นฐานที่จำกัดหรือไม่มีเลย |
การจัดส่งตัวอย่างที่แนะนำ
ภาชนะบรรจุ: หลอดหมุนเหวี่ยงขนาด 2 มล. (ไม่แนะนำให้ใช้ฟอยล์ดีบุก)
การติดฉลากตัวอย่าง: กลุ่ม+ทำซ้ำ เช่น A1, A2, A3; บี1 บี2 บี3
การจัดส่ง:
1. น้ำแข็งแห้ง:ตัวอย่างจะต้องบรรจุในถุงและฝังในน้ำแข็งแห้ง
2. หลอด RNAstable: ตัวอย่าง RNA สามารถทำให้แห้งในหลอดรักษาเสถียรภาพ RNA (เช่น RNAstable®) และจัดส่งในอุณหภูมิห้อง
รวมถึงการวิเคราะห์ต่อไปนี้:
การควบคุมคุณภาพข้อมูลดิบ
การวิเคราะห์โพลีอะดีนิเลชั่นทางเลือก (APA)
การวิเคราะห์การถอดเสียงฟิวชั่น
การวิเคราะห์การต่อรอยทางเลือก
การวิเคราะห์การเปรียบเทียบ Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO)
การวิเคราะห์การถอดเสียงนวนิยาย: การทำนายลำดับการเข้ารหัส (CDS) และคำอธิบายประกอบเชิงฟังก์ชัน
การวิเคราะห์ lncRNA: การทำนาย lncRNA และเป้าหมาย
การระบุดาวเทียมขนาดเล็ก (SSR)
การวิเคราะห์ Differentially Expressed Transcripts (DET)
การวิเคราะห์ยีนที่แสดงออกอย่างแตกต่าง (DEG)
คำอธิบายประกอบการทำงานของ DEG และ DET
การวิเคราะห์ BUSCO
การวิเคราะห์การต่อรอยทางเลือก
การวิเคราะห์โพลีอะดีนิเลชั่นทางเลือก (APA)
ยีนที่แสดงออกอย่างแตกต่าง (DEG) และการถอดเสียง (การวิเคราะห์ DETs9
เครือข่ายปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนและโปรตีนของ DET และ DEG
สำรวจความก้าวหน้าที่ได้รับการสนับสนุนจากการจัดลำดับ mRNA แบบเต็ม PacBio 2+3 ของ BMKGene ผ่านคอลเลคชันสิ่งพิมพ์ที่ได้รับการดูแลจัดการ
Chao, Q. และคณะ (2019) 'พลวัตการพัฒนาของการถอดเสียงต้นกำเนิด Populus', วารสารเทคโนโลยีชีวภาพพืช, 17(1), หน้า 206–219 ดอย: 10.1111/PBI.12958.
เติ้ง, เอช. และคณะ (2022) 'การเปลี่ยนแปลงแบบไดนามิกของปริมาณกรดแอสคอร์บิกในระหว่างการพัฒนาผลไม้และการสุกของ Actinidia latifolia (พืชผลไม้ที่อุดมด้วยแอสคอร์เบต) และกลไกโมเลกุลที่เกี่ยวข้อง', วารสารนานาชาติด้านวิทยาศาสตร์โมเลกุล, 23(10), p. 5808. ดอย: 10.3390/IJMS23105808/S1.
ฮัว เอ็กซ์ และคณะ (2022) 'การทำนายอย่างมีประสิทธิผลของยีนวิถีการสังเคราะห์ทางชีวภาพที่เกี่ยวข้องกับโพลีฟิลลินที่ออกฤทธิ์ทางชีวภาพในโพลีฟิลลาของปารีส', ชีววิทยาการสื่อสาร 2022 5:1, 5(1), หน้า 1–10 ดอย: 10.1038/s42003-022-03000-z.
หลิว เอ็ม และคณะ (2023) 'การรวม PacBio Iso-Seq และ Illumina RNA-Seq การวิเคราะห์ Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome และ Cytochrome P450 Genes', แมลง, 14(4), p. 363. ดอย: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
วัง ลี่จุน และคณะ (2019) 'การสำรวจความซับซ้อนของการถอดเสียงโดยใช้การวิเคราะห์โมเลกุลเดี่ยว PacBio แบบเรียลไทม์รวมกับลำดับ Illumina RNA เพื่อความเข้าใจที่ดีขึ้นของการสังเคราะห์กรดริซิโนเลอิกใน Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), หน้า 1–17 ดอย: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
