ลำดับ mRNA-NGS ที่ไม่อิงการอ้างอิง
คุณสมบัติ
● การจับ poly mRNA ก่อนการเตรียมห้องสมุด
● ไม่ขึ้นอยู่กับจีโนมอ้างอิงใดๆ: ขึ้นอยู่กับการประกอบการถอดเสียงของเดอโนโว การสร้างรายการยีนที่มีคำอธิบายประกอบด้วยฐานข้อมูลหลายฐานข้อมูล (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● การวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศที่ครอบคลุมของการแสดงออกของยีนและโครงสร้างการถอดเสียง
ข้อดีของการบริการ
ความเชี่ยวชาญที่กว้างขวาง: ด้วยประวัติการประมวลผลตัวอย่างมากกว่า 600,000 ตัวอย่างที่ BMKGENE ครอบคลุมประเภทตัวอย่างที่หลากหลาย เช่น การเพาะเลี้ยงเซลล์ เนื้อเยื่อ และของเหลวในร่างกาย ทีมงานของเรานำประสบการณ์มากมายมาสู่ทุกโครงการ เราประสบความสำเร็จในการปิดโครงการ mRNA-Seq มากกว่า 100,000 โครงการในโดเมนการวิจัยต่างๆ
การควบคุมคุณภาพอย่างเข้มงวด: เราใช้จุดควบคุมหลักในทุกขั้นตอน ตั้งแต่การเตรียมตัวอย่างและห้องสมุด ไปจนถึงการจัดลำดับและชีวสารสนเทศศาสตร์ การตรวจสอบอย่างพิถีพิถันนี้ช่วยให้มั่นใจได้ถึงผลลัพธ์คุณภาพสูงอย่างสม่ำเสมอ
● คำอธิบายประกอบที่ครอบคลุม: เราใช้ฐานข้อมูลหลายฐานข้อมูลเพื่ออธิบายประกอบยีนที่แสดงออกแตกต่างกัน (DEG) และดำเนินการวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่าที่สอดคล้องกัน โดยให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับกระบวนการระดับเซลล์และโมเลกุลที่เป็นรากฐานของการตอบสนองของการถอดเสียง
การสนับสนุนหลังการขาย: ความมุ่งมั่นของเราขยายไปไกลกว่าการเสร็จสิ้นโครงการด้วยระยะเวลาบริการหลังการขาย 3 เดือน ในช่วงเวลานี้ เราเสนอการติดตามผลโครงการ ความช่วยเหลือในการแก้ไขปัญหา และช่วงถามตอบเพื่อตอบข้อสงสัยใดๆ ที่เกี่ยวข้องกับผลลัพธ์
ข้อกำหนดตัวอย่างและการจัดส่ง
| ห้องสมุด | กลยุทธ์การจัดลำดับ | ข้อมูลที่แนะนำ | การควบคุมคุณภาพ |
| โพลีเอ อุดมด้วย | อิลลูมิน่า พีอี150 DNBSEQ-T7 | 6-10GB | Q30≥85% |
ข้อกำหนดตัวอย่าง:
นิวคลีโอไทด์:
| ความเข้มข้น(ng/μl) | ปริมาณ (ไมโครกรัม) | ความบริสุทธิ์ | ความซื่อสัตย์ |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 โอดี260/230=0.5-2.5 มีการปนเปื้อนของโปรตีนหรือ DNA อย่างจำกัดหรือไม่มีเลยบนเจล | สำหรับพืช: RIN≥4.0; สำหรับสัตว์: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; ระดับความสูงพื้นฐานที่จำกัดหรือไม่มีเลย |
● พืช:
ราก ลำต้น หรือกลีบดอก : 450 มก
ใบหรือเมล็ด : 300 มก
ผลไม้ : 1.2 ก
● สัตว์:
บำรุงหัวใจหรือลำไส้ : 300 มก
อวัยวะภายในหรือสมอง : 240 มก
กล้ามเนื้อ : 450 มก
กระดูก ผม หรือผิวหนัง: 1g
● สัตว์ขาปล้อง:
แมลง: 6g
สัตว์น้ำที่มีเปลือกแข็ง : 300 มก
● เลือดครบส่วน: 1 หลอด
● เซลล์: 106 เซลล์
การจัดส่งตัวอย่างที่แนะนำ
ภาชนะบรรจุ: หลอดหมุนเหวี่ยงขนาด 2 มล. (ไม่แนะนำให้ใช้ฟอยล์ดีบุก)
การติดฉลากตัวอย่าง: กลุ่ม+ทำซ้ำ เช่น A1, A2, A3; บี1 บี2 บี3
การจัดส่ง:
1. น้ำแข็งแห้ง: ตัวอย่างจะต้องบรรจุในถุงและฝังในน้ำแข็งแห้ง
2. หลอด RNAstable: ตัวอย่าง RNA สามารถทำให้แห้งในหลอดรักษาเสถียรภาพ RNA (เช่น RNAstable®) และจัดส่งในอุณหภูมิห้อง
ขั้นตอนการทำงานบริการ
การออกแบบการทดลอง
การจัดส่งตัวอย่าง
การสกัดอาร์เอ็นเอ
การก่อสร้างห้องสมุด
การเรียงลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
ชีวสารสนเทศศาสตร์
การประกอบถอดเสียงและการเลือกยีนเดียว
คำอธิบายประกอบ Unigene
ความสัมพันธ์ของตัวอย่างและการประเมินการจำลองแบบทางชีวภาพ
ยีนที่แสดงออกอย่างแตกต่าง (DEG)
คำอธิบายประกอบการทำงานของ DEG
การเพิ่มประสิทธิภาพของ DEGs
สำรวจความก้าวหน้าที่ได้รับการสนับสนุนจากบริการจัดลำดับยูคาริโอต NGS mRNA ของ BMKGene ผ่านคอลเลคชันสิ่งพิมพ์ที่ได้รับการดูแลจัดการ
เซิน เอฟ และคณะ (2020) 'การประกอบการถอดเสียง De novo และการแสดงออกของยีนที่มีอคติทางเพศในอวัยวะสืบพันธุ์ของปลาดุกอามูร์ (Silurus asotus)', Genomics, 112(3), หน้า 2603–2614 ดอย: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
จาง ซี และคณะ (2016) 'การวิเคราะห์การถอดเสียงของการเผาผลาญซูโครสระหว่างการบวมของหัวและการพัฒนาในหัวหอม (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7 (กันยายน), p. 212763. ดอย: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
จู้ ซี และคณะ (2017) 'การประกอบแบบ De novo การแสดงคุณลักษณะและคำอธิบายประกอบสำหรับการถอดเสียงของ Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2) ดอย: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
ซู, แอล. และคณะ. (2021) 'การวิเคราะห์การถอดเสียง De novo ให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับความทนทานต่อเกลือของ Podocarpus macrophyllus ภายใต้ความเครียดจากความเค็ม', BMC Plant Biology, 21(1), หน้า 1–17 ดอย: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
