nanopore transcriptome เต็มความยาว

Nanopore transcriptome sequencing เป็นวิธีที่มีประสิทธิภาพสำหรับการจัดลำดับ cDNA แบบเต็มความยาวการระบุและการวัดปริมาณไอโซฟอร์มของการถอดเสียงอย่างแม่นยำ BMKCloud Nanopore เต็มความยาว transcriptome ไปป์ไลน์ได้รับการออกแบบมาเพื่อวิเคราะห์ข้อมูล RNA-seq ที่สร้างขึ้นบนแพลตฟอร์ม nanopore กับจีโนมอ้างอิงที่มีคุณภาพสูงที่มีคุณภาพสูงให้การวิเคราะห์เชิงคุณภาพและเชิงปริมาณทั้งในระดับยีนและการถอดเสียง หลังจากการควบคุมคุณภาพจะได้รับลำดับที่ไม่ได้มีความยาวแบบเต็มรูปแบบ (FLNC) และลำดับฉันทามติจะถูกแมปกับจีโนมอ้างอิงเพื่อลบการถอดเสียงซ้ำซ้อน จากชุดการถอดเสียงนี้นิพจน์จะถูกหาปริมาณและการแสดงยีนและการถอดเสียงที่แตกต่างกันจะถูกระบุและคำอธิบายประกอบตามหน้าที่ ท่อส่งยังรวมถึงการวิเคราะห์ polyadenylation ทางเลือก (APA), การวิเคราะห์การประกบทางเลือก, การวิเคราะห์การทำซ้ำลำดับอย่างง่าย (SSR), การทำนายของ lncRNA และเป้าหมายที่สอดคล้องกัน, การทำนายลำดับการเข้ารหัส (CDS), การวิเคราะห์ครอบครัวยีน, การวิเคราะห์ปัจจัยการถอดรหัส และคำอธิบายประกอบการทำงานของการถอดเสียง