Metagenomics (NGS)

ปืนลูกซอง metagenomics กับ Illumina เป็นเครื่องมือยอดนิยมสำหรับการศึกษา microbiomes โดยการจัดลำดับ DNA โดยตรงจากตัวอย่างที่ซับซ้อนทำให้การศึกษาความหลากหลายทางอนุกรมวิธานและการทำงาน ไปป์ไลน์ BMKCloud Metagenomic (NGS) เริ่มต้นด้วยการควบคุมคุณภาพและการประกอบ Metagenome ซึ่งยีนถูกทำนายและจัดกลุ่มลงในชุดข้อมูลที่ไม่ซ้ำซ้อนซึ่งมีคำอธิบายประกอบสำหรับฟังก์ชั่นและอนุกรมวิธานโดยใช้ฐานข้อมูลหลายฐานข้อมูล ข้อมูลนี้ใช้ในการวิเคราะห์ความหลากหลายทางอนุกรมวิธานภายในตัวอย่าง (ความหลากหลายของอัลฟ่า) และความหลากหลายระหว่างตัวอย่าง (ความหลากหลายของเบต้า) การวิเคราะห์ที่แตกต่างกันระหว่างกลุ่มพบว่า OTUs และฟังก์ชั่นทางชีวภาพที่แตกต่างกันระหว่างทั้งสองกลุ่มโดยใช้การทดสอบทั้งแบบพารามิเตอร์และไม่ใช่พารามิเตอร์ในขณะที่การวิเคราะห์สหสัมพันธ์เกี่ยวข้องกับความแตกต่างเหล่านี้กับปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อม