แอสเซมบลีจีโนมที่ใช้ HI-C
HI-C เป็นวิธีการที่ออกแบบมาเพื่อจับการกำหนดค่าโครโมโซมโดยการรวมการโต้ตอบที่ใช้ความใกล้ชิดและการเรียงลำดับความเร็วสูง ความเข้มของการโต้ตอบเหล่านี้เชื่อว่ามีความสัมพันธ์เชิงลบกับระยะทางกายภาพในโครโมโซม ดังนั้นข้อมูล HI-C จึงถูกใช้เพื่อเป็นแนวทางในการจัดกลุ่มการสั่งซื้อและการปรับทิศทางของลำดับที่ประกอบในร่างจีโนมและทอดสมอเหล่านั้นลงบนโครโมโซมจำนวนหนึ่ง เทคโนโลยีนี้ให้อำนาจการประกอบจีโนมระดับโครโมโซมในกรณีที่ไม่มีแผนที่ทางพันธุกรรมตามประชากร จีโนมทุกตัวต้องการ hi-c
คุณสมบัติบริการ
●การจัดลำดับบน Illumina Novaseq ด้วย PE150
●บริการต้องการตัวอย่างเนื้อเยื่อแทนที่จะเป็นกรดนิวคลีอิกสกัดเพื่อข้ามลิงค์ด้วยฟอร์มัลดีไฮด์และอนุรักษ์ปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนดีเอ็นเอ
●การทดลอง HI-C เกี่ยวข้องกับการ จำกัด และการซ่อมแซมจุดสิ้นสุดของปลายเหนียวด้วยไบโอตินตามด้วยการทำให้เป็นวงกลมของปลายทื่อที่เกิดขึ้นในขณะที่รักษาปฏิสัมพันธ์ จากนั้น DNA จะถูกดึงลงด้วยลูกปัด Streptavidin และทำให้บริสุทธิ์สำหรับการเตรียมห้องสมุดที่ตามมา
ข้อได้เปรียบด้านการบริการ
ภาพรวมของ hi-c
(Lieberman-Aden E et al.ศาสตร์, 2009)
ไม่จำเป็นต้องใช้ข้อมูลประชากรทางพันธุกรรม:Hi-C ทดแทนข้อมูลที่จำเป็นที่จำเป็นสำหรับการยึด contig
ความหนาแน่นของเครื่องหมายสูง:นำไปสู่อัตราส่วนการยึด contig สูงสูงกว่า 90%
บันทึกความเชี่ยวชาญและสิ่งพิมพ์ที่กว้างขวาง:BMKGENE มีประสบการณ์มากมายกับผู้ป่วย HI-C จีโนมมากกว่า 2,000 รายจาก 1,000 สายพันธุ์ที่แตกต่างกันและสิทธิบัตรต่างๆ กว่า 200 กรณีที่ตีพิมพ์มีปัจจัยผลกระทบสะสมมากกว่า 2000
ทีมชีวสารสนเทศศาสตร์ที่มีทักษะสูง:ด้วยสิทธิบัตรภายใน บริษัท และลิขสิทธิ์ซอฟต์แวร์สำหรับการทดลอง HI-C และการวิเคราะห์ข้อมูลซอฟต์แวร์ข้อมูลการสร้างภาพข้อมูลที่พัฒนาขึ้นด้วยตนเองช่วยให้การเคลื่อนย้ายบล็อกด้วยตนเองการย้อนกลับการเพิกถอนและการทำซ้ำ
การสนับสนุนหลังการขาย:ความมุ่งมั่นของเราครอบคลุมเกินกว่าที่โครงการจะเสร็จสิ้นด้วยระยะเวลาการบริการหลังการขาย 3 เดือน ในช่วงเวลานี้เราเสนอการติดตามโครงการความช่วยเหลือในการแก้ไขปัญหาและเซสชันคำถามและคำตอบเพื่อตอบคำถามใด ๆ ที่เกี่ยวข้องกับผลลัพธ์
คำอธิบายประกอบที่ครอบคลุม: เราใช้ฐานข้อมูลหลายฐานข้อมูลเพื่อเพิ่มความหลากหลายของยีนด้วยการเปลี่ยนแปลงที่ระบุและดำเนินการวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่าที่สอดคล้องกันซึ่งให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับโครงการวิจัยหลายโครงการ
ข้อกำหนดบริการ
| การเตรียมห้องสมุด | กลยุทธ์การเรียงลำดับ | เอาต์พุตข้อมูลที่แนะนำ | การควบคุมคุณภาพ |
| ห้องสมุด Hi-C | Illumina Novaseq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
ข้อกำหนดตัวอย่าง
| เนื้อเยื่อ | จำนวนเงินที่ต้องการ |
| อวัยวะภายในของสัตว์ | ≥ 2 กรัม |
| กล้ามเนื้อสัตว์ | |
| เลือดสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม | ≥ 2 มล. |
| เลือดสัตว์ปีก/ปลา | |
| พืช- ใบสด | ≥ 3 กรัม |
| เซลล์ที่เพาะเลี้ยง | ≥ 1x107 |
| แมลง | ≥ 2 กรัม |
งานบริการ
การออกแบบการทดลอง
การส่งตัวอย่าง
การก่อสร้างห้องสมุด
การเรียงลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
1) ข้อมูลดิบ QC
2) HI-C Library QC: การประมาณค่าการโต้ตอบ HI-C ที่ถูกต้อง
3) แอสเซมบลี Hi-C: การจัดกลุ่มของ contigs ในกลุ่มตามด้วยการสั่งซื้อ contig ภายในแต่ละกลุ่มและกำหนดทิศทาง contig
4) การประเมิน HI-C
Hi-C Library QC-การประมาณคู่ปฏิสัมพันธ์ที่ถูกต้อง Hi-C ที่ถูกต้อง
แอสเซมบลี Hi-C-สถิติ
การประเมินหลังการประกอบ-ความร้อนของความเข้มของสัญญาณระหว่างถังขยะ
สำรวจความก้าวหน้าที่อำนวยความสะดวกโดยบริการ Assembly ของ BMKGENE ของ BMKGENE ผ่านการรวบรวมสิ่งพิมพ์ที่รวบรวมไว้
Tian, T. et al. (2023) 'การประกอบจีโนมและการผ่าทางพันธุกรรมของพันธุกรรมข้าวโพดที่ทนแล้งที่โดดเด่น', พันธุศาสตร์ธรรมชาติ 2023 55: 3, 55 (3), หน้า 496–506 ดอย: 10.1038/s41588-023-01297-y
Wang, Zl et al. (2020) 'การประกอบโครโมโซมระดับของ Honeybee APIS Cerana จีโนมเอเชีย', เขตแดนในพันธุศาสตร์, 11, p. 524140. ดอย: 10.3389/fgene.2020.00279/bibtex
Zhang, F. et al. (2023) 'การเปิดเผยวิวัฒนาการของ tropane alkaloid biosynthesis โดยการวิเคราะห์จีโนมสองตัวในตระกูล Solanaceae', การสื่อสารธรรมชาติ 2023 14: 1, 14 (1), pp. 1–18 ดอย: 10.1038/s41467-023-37133-4
จาง, X. และคณะ (2020) 'จีโนมของต้นไทรและตัวต่อละอองเรณูให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับรูปที่เกิดขึ้นในรูปที่เกิด', เซลล์, 183 (4), หน้า 875-889.e17 ดอย: 10.1016/j.cell.2020.09.043
