
การวิเคราะห์ mRNA ยูคาริโอต (มีตัวเลือกอ้างอิงและตัวเลือกเดอโนโว)
ไปป์ไลน์นี้ใช้ข้อมูล NGS RNA-seq เป็นอินพุตและสร้างผลลัพธ์จากการวิเคราะห์ดาวน์สตรีมหลายครั้งรวมถึง แต่ไม่ จำกัด เพียง: การประเมินคุณภาพข้อมูลการจัดลำดับเดอโนโวคำอธิบายประกอบการถอดความไซต์, การวิเคราะห์การประกบตัวแปร, การวิเคราะห์การแสดงออกที่แตกต่าง, คำอธิบายประกอบฟังก์ชั่นและการวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่า
การวิเคราะห์ RNA ที่ไม่มีการเข้ารหัสยาว
RNA ที่ไม่มีการเข้ารหัสยาว (lncRNA) เป็น transcripts ที่ไม่มีการเข้ารหัสที่มีความยาวนานกว่า 200 nt และเป็นที่รู้จักกันในการเล่นบทบาทในองค์กรโครมาตินและกฎระเบียบ เทคโนโลยีการหาลำดับสูงและทางชีวสารสนเทศได้ช่วยเพิ่มขีดความสามารถของเราในการทำความเข้าใจลำดับ lncRNA และข้อมูลการวางตำแหน่งเพื่อระบุ lncRNAs ด้วยฟังก์ชั่นการกำกับดูแลที่สำคัญ ไปป์ไลน์นี้ให้การวิเคราะห์ lncRNA นอกเหนือจากการวิเคราะห์ที่กล่าวถึงในท่อการวิเคราะห์ mRNA ยูคาริโอต


16S/18S/การจัดลำดับแอมพลิฟายเออร์
การวิเคราะห์ความหลากหลายของจุลินทรีย์การเรียงลำดับของแอมพลิฟายเออร์ได้รับการพัฒนาขึ้นอยู่กับประสบการณ์หลายปีในการวิเคราะห์โครงการความหลากหลายของจุลินทรีย์ ไปป์ไลน์มีการวิเคราะห์ขั้นพื้นฐานที่เป็นมาตรฐานซึ่งครอบคลุมเนื้อหาการวิเคราะห์กระแสหลักของการวิจัยจุลินทรีย์ในปัจจุบันและการวิเคราะห์ส่วนบุคคล รายงานการวิเคราะห์นั้นอุดมสมบูรณ์และครอบคลุมโดยมีตัวเลือกในการวิเคราะห์ส่วนบุคคลที่หลากหลาย นอกจากนี้ตัวอย่างและกลุ่มสามารถแก้ไขได้ทันทีสำหรับการปรับแต่งและการควบคุมเพิ่มเติม
การวิเคราะห์ metagenomics ปืนลูกซอง
ท่อการวิเคราะห์ metagenomic ปืนลูกซองใช้ข้อมูล NGS จากวัสดุจีโนมผสมที่สกัดจากตัวอย่างสิ่งแวดล้อม การวิเคราะห์รวมถึงข้อมูลโดยละเอียดเกี่ยวกับความหลากหลายของสปีชีส์และความอุดมสมบูรณ์โครงสร้างประชากรความสัมพันธ์ทางสายวิวัฒนาการยีนที่ใช้งานได้และเครือข่ายสหสัมพันธ์กับปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อม


การวิเคราะห์ตัวแปร NGS-WGS
การวิเคราะห์ตัวแปร NGS-WGS เป็นท่อตรวจจับตัวแปรแบบบูรณาการที่ดำเนินการควบคุมคุณภาพข้อมูลการจัดเรียงลำดับการอธิบายและการวิเคราะห์การกลายพันธุ์ของยีน ไปป์ไลน์เป็นไปตามแนวทางปฏิบัติที่ดีที่สุดของ GATK สำหรับการตรวจจับ SNP และ Indel และใช้ Manta สำหรับการโทรแบบตัวแปรโครงสร้าง
การศึกษาความสัมพันธ์ของจีโนมกว้าง (GWAS)
GWAS Pipeline เป็นการวิเคราะห์ดาวน์สตรีมที่ใช้ไฟล์ VCF ที่สร้างขึ้นก่อนหน้านี้และข้อมูลฟีโนไทป์ที่สอดคล้องกันสำหรับกลุ่มบุคคลที่เป็นอินพุต ด้วยการใช้วิธีการทางสถิติที่เฉพาะเจาะจง GWAS มีจุดมุ่งหมายเพื่อเปิดเผยการเปลี่ยนแปลงของนิวคลีโอไทด์ทั่วทั้งจีโนมมีความสัมพันธ์กับความแตกต่างของฟีโนไทป์ มันมีบทบาทสำคัญในการสำรวจยีนการทำงานที่เกี่ยวข้องกับโรคของมนุษย์ที่ซับซ้อนและลักษณะที่ซับซ้อนในพืชและสัตว์


การวิเคราะห์การแยกเป็นกลุ่ม (BSA)
การวิเคราะห์ BSA เกี่ยวข้องกับการรวมบุคคลที่มีลักษณะฟีโนไทป์ที่รุนแรงจากประชากรที่แยกจากกัน โดยการเปรียบเทียบตำแหน่งที่แตกต่างกันระหว่างตัวอย่างที่รวมเข้าด้วยกันวิธีนี้จะระบุเครื่องหมายโมเลกุลที่เชื่อมโยงอย่างใกล้ชิดอย่างรวดเร็วซึ่งเกี่ยวข้องกับยีนเป้าหมาย ใช้กันอย่างแพร่หลายในการทำแผนที่ทางพันธุกรรมของพืชและสัตว์มันเป็นเครื่องมือที่มีค่าสำหรับการผสมพันธุ์ที่ช่วยทำเครื่องหมาย
การวิเคราะห์พันธุศาสตร์วิวัฒนาการ
การวิเคราะห์พันธุศาสตร์วิวัฒนาการเวิร์กโฟลว์ใช้ประโยชน์จากประสบการณ์ที่กว้างขวางของ BMKGENE ในโครงการวิวัฒนาการทางพันธุกรรมและรวมถึงการก่อสร้างต้นไม้สายวิวัฒนาการการวิเคราะห์ความไม่สมดุลของการเชื่อมโยงการประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมการระบุการกวาดแบบเลือกการวิเคราะห์เครือญาติ
