แพลตฟอร์ม:Illumina Novaseq 6000 และ Novaseq X Plus
โหมดการเรียงลำดับ:PE150 และ PE250
การควบคุมคุณภาพของไลบรารีก่อนการจัดลำดับ
การจัดลำดับข้อมูล QC และการจัดส่ง:การส่งรายงาน QC และข้อมูลดิบในรูปแบบ FASTQ หลังจาก demultiplexing และการกรอง q30 อ่าน
ความหลากหลายของบริการการจัดลำดับ:ลูกค้าอาจเลือกที่จะจัดลำดับโดยเลนเซลล์ไหลหรือตามจำนวนข้อมูลที่ต้องการ (การจัดลำดับเลนบางส่วน)
ประสบการณ์ที่กว้างขวางเกี่ยวกับแพลตฟอร์มการจัดลำดับอิลลูมินา:ด้วยโครงการปิดหลายพันโครงการที่มีสายพันธุ์ต่าง ๆ
การส่งรายงาน QC ลำดับ:ด้วยตัวชี้วัดที่มีคุณภาพความแม่นยำของข้อมูลและประสิทธิภาพโดยรวมของโครงการลำดับ
กระบวนการจัดลำดับที่เป็นผู้ใหญ่:ด้วยเวลาหมุนรอบสั้น ๆ
การควบคุมคุณภาพอย่างเข้มงวด: เราใช้ข้อกำหนด QC ที่เข้มงวดเพื่อรับประกันการส่งมอบผลลัพธ์ที่มีคุณภาพสูงอย่างสม่ำเสมอ
แพลตฟอร์ม | เซลล์ไหล | โหมดการเรียงลำดับ | หน่วย | เอาต์พุตโดยประมาณ |
novaseq x | 10B (8 เลน) | PE150 | เลนเดี่ยว ช่องทางบางส่วน | 375GB / LANE |
25b (8 เลน) | PE150 | เลนเดี่ยว ช่องทางบางส่วน | 1,000 GB/Lane | |
Novaseq 6000 | SP Flow Cell (2 เลน) | PE250 | เซลล์ไหล เลนเดี่ยว ช่องทางบางส่วน | อ่าน / เลน 325-400 ม. |
S4 Flow Cell (4 เลน) | PE150 | เซลล์ไหล เลนเดี่ยว ช่องทางบางส่วน | ~ 800 GB / Lane |
จำนวนข้อมูล (x) | ความเข้มข้น (qpcr/nm) | ปริมาณ | |
การจัดลำดับเลนบางส่วน
| x ≤ 10 GB | ≥ 1 นาโนเมตร | ≥ 25 μl |
10 GB <x ≤ 50 GB | ≥ 2 นาโนเมตร | ≥ 25 μl | |
50 GB <x ≤ 100 GB | ≥ 3 นาโนเมตร | ≥ 25 μl | |
x> 100 gb | ≥ 4 nm | ≥ 25 μl | |
การจัดลำดับเลน | ต่อเลน | ≥ 1.5 นาโนเมตร / พูลห้องสมุด | ≥ 25 μl / พูลไลบรารี |
นอกเหนือจากความเข้มข้นและปริมาณทั้งหมดแล้วยังต้องมีรูปแบบสูงสุดที่เหมาะสมเช่นกัน
หมายเหตุ: การจัดลำดับช่องทางของห้องสมุดที่มีความหลากหลายต่ำต้องใช้ PHIX Spike-in เพื่อให้แน่ใจว่าการโทรฐานที่แข็งแกร่ง
เราขอแนะนำให้ส่งไลบรารีก่อนที่เป็นตัวอย่าง หากคุณต้องการให้ BMKGENE ดำเนินการรวมห้องสมุดโปรดดูที่
ข้อกำหนดของไลบรารีสำหรับการจัดลำดับเลนบางส่วน
จุดสูงสุดหลักควรอยู่ภายใน 300-450 bp
ห้องสมุดควรมีจุดสูงสุดหลักเดียวไม่มีการปนเปื้อนของอะแดปเตอร์และไม่มี dimers ไพรเมอร์
รายงานคุณภาพของห้องสมุดมีให้ก่อนการจัดลำดับการประเมินจำนวนห้องสมุดและการกระจายตัว
ตารางที่ 1 สถิติเกี่ยวกับข้อมูลการจัดลำดับ
ID ตัวอย่าง | bmkid | อ่านดิบ | ข้อมูลดิบ (BP) | ทำความสะอาดอ่าน (%) | Q20 (%) | Q30 (%) | GC (%) |
C_01 | BMK_01 | 22,870,120 | 6,861,036,000 | 96.48 | 99.14 | 94.85 | 36.67 |
C_02 | BMK_02 | 14,717,867 | 4,415,360,100 | 96.00 | 98.95 | 93.89 | 37.08 |
รูปที่ 1. การกระจายคุณภาพตามการอ่านในแต่ละตัวอย่าง
รูปที่ 2. การกระจายเนื้อหาพื้นฐาน
รูปที่ 3. การกระจายเนื้อหาการอ่านในการจัดลำดับข้อมูล