การจัดลำดับ DNA/RNA -pacbio sequencer
คุณสมบัติ
สองโหมดการเรียงลำดับบน Sequencer Pacbio: การอ่านยาวอย่างต่อเนื่อง (CLR) และการอ่านฉันทามติแบบวงกลม (CCS)
| โหมดการเรียงลำดับ | ขนาดห้องสมุด | ข้อมูลทางทฤษฎีผลผลิต (ต่อเซลล์) | ฐานเดียวความแม่นยำ | แอปพลิเคชัน |
| CLR | 20KB, 30KB ฯลฯ | 80 GB ถึง 130 GB | ประมาณ 85% | เดอโนโว, การโทร SV ฯลฯ |
| CCS | 15-20 kb | 14 ถึง 40 GB/เซลล์ (ภาคต่อ II) 70 ถึง 110 GB/เซลล์ (revio) ขึ้นอยู่กับตัวอย่าง | ประมาณ 99% | เดอโนโว, การโทร SNP/Indel/SV, ISO-SEQ, |
การเปรียบเทียบประสิทธิภาพและคุณสมบัติของ Revio และ Sequel II
| คำศัพท์ | ระบบภาคต่อ II | ระบบ revio | เพิ่มขึ้น |
| ความหนาแน่นสูงขึ้น | 8 ล้าน ZMWS | 25 ล้าน ZMWS | 3x |
| ขั้นตอนอิสระ | 1 | 4 | 4x |
| เวลาวิ่งสั้นลง | 30 ชั่วโมง | 24 ชั่วโมง | 1.25x |
| จีโนมมนุษย์ 30 เท่า HIFI / ปี | 88 | 1,300 | 1โดยรวม 5x |
ข้อได้เปรียบด้านการบริการ
●ประสบการณ์กว่า 8 ปีบนแพลตฟอร์มการจัดลำดับ PACBIO ที่มีโครงการปิดหลายพันโครงการที่มีสายพันธุ์ต่าง ๆ
●ติดตั้งแพลตฟอร์มการเรียงลำดับ PACBIO ล่าสุดอย่างสมบูรณ์ REVIO เพื่อรับประกันปริมาณการจัดลำดับที่เพียงพอ
●เวลาหมุนรอบเร็วขึ้นอัตราผลตอบแทนที่สูงขึ้นและข้อมูลที่แม่นยำยิ่งขึ้น
●มีส่วนร่วมในสิ่งพิมพ์ Pacbio ที่มีผลกระทบสูงหลายร้อยรายการ
ข้อกำหนดตัวอย่าง
| ประเภทตัวอย่าง | จำนวน | ความเข้มข้น (QUBIT®) | ปริมาณ | ความบริสุทธิ์ | คนอื่น |
| ดีเอ็นเอจีโนม | ขึ้นอยู่กับความต้องการข้อมูล | ≥50 ng/μl | ≥15μl | OD260/280 = 1.7-2.2; OD260/230 = 1.8-2.5； ล้างสูงสุดที่ 260 นาโนเมตร，ไม่มีการปนเปื้อน | ความเข้มข้นจะต้องวัดโดย QUBIT และ QUBIT/NANOPORE = 0.8-2.5 |
| RNA ทั้งหมด | ≥1.2μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | OD260/280 = 1.7-2.5; OD260/230 = 0.5-2.5；ไม่มีการปนเปื้อน | ค่าริน≥7.5 5≥28S/18S≥1 |
เวิร์กโฟลว์บริการ
การเตรียมตัวอย่าง
การก่อสร้างห้องสมุด
การเรียงลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
การจัดส่งโครงการ
1. ผลผลิตข้อมูลในบ้าน
ข้อมูลที่สร้างขึ้นจากเซลล์ 63 CCS (จาก 26 สปีชีส์)
| ข้อมูล-PACBIO-CCS-15 KB | เฉลี่ย | สูงสุด | นาที | ค่ามัธยฐาน |
| ผลผลิต - subreads (GB) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| YILED - CCS (GB) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| พอลิเมอเรส N50 | 145,651 | 175,430 | 118,118 | 144,689 |
| subreads n50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14,490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| ความยาวเฉลี่ยโพลีเมอเรส | 67,995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| ความยาวเฉลี่ย | 15,866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| ความยาวเฉลี่ย CCS | 14,489 | 19,074 | 8,575 | 14,655 |
ข้อมูลที่สร้างขึ้นจาก 16 เซลล์ CLR (จาก 76 สปีชีส์)
| data-pacbio-clr-30kb | เฉลี่ย | สูงสุด | นาที | ค่ามัธยฐาน |
| ผลผลิต - subreads (GB) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| พอลิเมอเรส N50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| subreads n50 | 28,490 | 41,012 | 14,430 | 29,063 |
| ความยาวเฉลี่ยโพลีเมอเรส | 22,063 | 48,886 | 8,747 | 21,555 |
| ความยาวเฉลี่ย | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2.Data QC - สาธิตสถิติเกี่ยวกับผลผลิตข้อมูล
| ตัวอย่าง | CCS อ่าน NUM | ฐาน CCS ทั้งหมด (BP) | CCS อ่าน N50 (BP) | ความยาวเฉลี่ย CCS (BP) | CCS อ่านยาวที่สุด (BP) | ฐานย่อย (BP) | อัตรา CCS (%) |
| pb_bmkxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
