การหาลำดับ mRNA แบบเต็มความยาว -PacBio
คุณสมบัติ
● การสังเคราะห์ cDNA จาก poly-A mRNA ตามด้วยการเตรียมห้องสมุด
● การจัดลำดับในโหมด CCS สร้างการอ่านแบบไฮไฟ
● การจัดลำดับทรานสคริปต์ฉบับเต็ม
● การวิเคราะห์ไม่จำเป็นต้องมีจีโนมอ้างอิง แต่ก็อาจนำไปใช้ได้
● การวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศช่วยให้สามารถวิเคราะห์ไอโซฟอร์ม lncRNA ของการถอดเสียง การหลอมรวมของยีน โพลีอะดีนิเลชัน และโครงสร้างของยีน
ข้อดีของการบริการ
มีความแม่นยำสูง: ไฮไฟอ่านด้วยความแม่นยำ >99.9% (Q30) เทียบได้กับ NGS
● การวิเคราะห์การประกบทางเลือก: การจัดลำดับของการถอดเสียงทั้งหมดทำให้สามารถระบุไอโซฟอร์มและจำแนกลักษณะเฉพาะได้
ความเชี่ยวชาญที่กว้างขวาง: ด้วยประวัติการทำงานในโครงการถอดเสียง PacBio แบบเต็มความยาวมากกว่า 1,100 โครงการ และการประมวลผลตัวอย่างมากกว่า 2,300 ตัวอย่าง ทีมงานของเรานำประสบการณ์มากมายมาสู่ทุกโครงการ
การสนับสนุนหลังการขาย: ความมุ่งมั่นของเราขยายไปไกลกว่าการเสร็จสิ้นโครงการด้วยระยะเวลาบริการหลังการขาย 3 เดือน ในช่วงเวลานี้ เราเสนอการติดตามผลโครงการ ความช่วยเหลือในการแก้ไขปัญหา และช่วงถามตอบเพื่อตอบข้อสงสัยใดๆ ที่เกี่ยวข้องกับผลลัพธ์
ข้อกำหนดตัวอย่างและการจัดส่ง
| ห้องสมุด | กลยุทธ์การจัดลำดับ | ข้อมูลที่แนะนำ | การควบคุมคุณภาพ |
| ไลบรารี mRNA CCS ที่ได้รับการเสริมสมรรถนะด้วย PolyA | PacBio ภาคต่อ II PacBio รีวิโอ | 20/40GB 5/10 ม.ซีซีเอส | Q30≥85% |
ข้อกำหนดตัวอย่าง:
นิวคลีโอไทด์:
● พืช:
ราก ลำต้น หรือกลีบดอก : 450 มก
ใบหรือเมล็ด : 300 มก
ผลไม้ : 1.2 ก
● สัตว์:
บำรุงหัวใจหรือลำไส้ : 300 มก
อวัยวะภายในหรือสมอง : 240 มก
กล้ามเนื้อ : 450 มก
กระดูก ผม หรือผิวหนัง: 1g
● สัตว์ขาปล้อง:
แมลง: 6g
สัตว์น้ำที่มีเปลือกแข็ง : 300 มก
● เลือดครบส่วน: 1 หลอด
● เซลล์: 106 เซลล์
| ความเข้มข้น(ng/μl) | ปริมาณ (ไมโครกรัม) | ความบริสุทธิ์ | ความซื่อสัตย์ |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 โอดี260/230=0.5-2.5 มีการปนเปื้อนของโปรตีนหรือ DNA อย่างจำกัดหรือไม่มีเลยบนเจล | สำหรับพืช: RIN≥7.5; สำหรับสัตว์: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; ระดับความสูงพื้นฐานที่จำกัดหรือไม่มีเลย |
การจัดส่งตัวอย่างที่แนะนำ
คอนเทนเนอร์: หลอดหมุนเหวี่ยงขนาด 2 มล. (ไม่แนะนำให้ใช้ฟอยล์ดีบุก)
การติดฉลากตัวอย่าง: กลุ่ม+ทำซ้ำ เช่น A1, A2, A3; บี1 บี2 บี3
การจัดส่ง:
1. น้ำแข็งแห้ง: ตัวอย่างจะต้องบรรจุในถุงและฝังในน้ำแข็งแห้ง
2. หลอด RNAstable: ตัวอย่าง RNA สามารถทำให้แห้งในหลอดรักษาเสถียรภาพ RNA (เช่น RNAstable®) และจัดส่งในอุณหภูมิห้อง
ขั้นตอนการทำงานบริการ
การออกแบบการทดลอง
การจัดส่งตัวอย่าง
การสกัดอาร์เอ็นเอ
การก่อสร้างห้องสมุด
การเรียงลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
รวมถึงการวิเคราะห์ต่อไปนี้:
● การควบคุมคุณภาพข้อมูลดิบ
● การวิเคราะห์โพลีอะดีนิเลชั่นทางเลือก (APA)
● การวิเคราะห์การถอดเสียงแบบฟิวชั่น
● การวิเคราะห์การประกบทางเลือก
● การวิเคราะห์การเปรียบเทียบ Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO)
● การวิเคราะห์การถอดเสียงนวนิยาย: การทำนายลำดับการเข้ารหัส (CDS) และคำอธิบายประกอบเชิงฟังก์ชัน
● การวิเคราะห์ lncRNA: การทำนาย lncRNA และเป้าหมาย
● การระบุไมโครดาวเทียม (SSR)
การวิเคราะห์ BUSCO
การวิเคราะห์การต่อรอยทางเลือก
การวิเคราะห์โพลีอะดีนิเลชั่นทางเลือก (APA)
คำอธิบายประกอบเชิงหน้าที่ของการถอดเสียงนวนิยาย
สำรวจความก้าวหน้าที่ได้รับการสนับสนุนจากบริการจัดลำดับ mRNA แบบเต็มความยาว Nanopore ของ BMKGene ในเอกสารเผยแพร่ที่โดดเด่นนี้
แม่ Y. และคณะ (2023) 'การวิเคราะห์เปรียบเทียบของวิธีหาลำดับ PacBio และ ONT RNA สำหรับการจำแนกพิษของ Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), p. 110709. ดอย: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. และคณะ (2019) 'พลวัตการพัฒนาของการถอดเสียงต้นกำเนิด Populus', วารสารเทคโนโลยีชีวภาพพืช, 17(1), หน้า 206–219 ดอย: 10.1111/PBI.12958.
เติ้ง, เอช. และคณะ (2022) 'การเปลี่ยนแปลงแบบไดนามิกของปริมาณกรดแอสคอร์บิกในระหว่างการพัฒนาผลไม้และการสุกของ Actinidia latifolia (พืชผลไม้ที่อุดมด้วยแอสคอร์เบต) และกลไกโมเลกุลที่เกี่ยวข้อง', วารสารนานาชาติด้านวิทยาศาสตร์โมเลกุล, 23(10), p. 5808. ดอย: 10.3390/IJMS23105808/S1.
ฮัว เอ็กซ์ และคณะ (2022) 'การทำนายอย่างมีประสิทธิผลของยีนวิถีการสังเคราะห์ทางชีวภาพที่เกี่ยวข้องกับโพลีฟิลลินที่ออกฤทธิ์ทางชีวภาพในโพลีฟิลลาของปารีส', ชีววิทยาการสื่อสาร 2022 5:1, 5(1), หน้า 1–10 ดอย: 10.1038/s42003-022-03000-z.
หลิว เอ็ม และคณะ (2023) 'การรวม PacBio Iso-Seq และ Illumina RNA-Seq การวิเคราะห์ Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome และ Cytochrome P450 Genes', แมลง, 14(4), p. 363. ดอย: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
วัง ลี่จุน และคณะ (2019) 'การสำรวจความซับซ้อนของการถอดเสียงโดยใช้การวิเคราะห์โมเลกุลเดี่ยว PacBio แบบเรียลไทม์รวมกับลำดับ Illumina RNA เพื่อความเข้าใจที่ดีขึ้นของการสังเคราะห์กรดริซิโนเลอิกใน Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), หน้า 1–17 ดอย: 10.1186/S12864-019-5832-9.
