Exclusive Agency for Korea

สินค้า

bmkmanu S3000_Spatial transcriptome

transcriptomics เชิงพื้นที่ตั้งอยู่ในระดับแนวหน้าของนวัตกรรมทางวิทยาศาสตร์ช่วยให้นักวิจัยเจาะลึกลงไปในรูปแบบการแสดงออกของยีนที่ซับซ้อนภายในเนื้อเยื่อในขณะที่รักษาบริบทเชิงพื้นที่ของพวกเขา ท่ามกลางแพลตฟอร์มต่าง ๆ BMKGENE ได้พัฒนาชิป Transcriptome BMKMANU S3000 Spatial Transcriptome ซึ่งมีความละเอียดที่เพิ่มขึ้น 3.5µm ถึงช่วง subcellular และเปิดใช้งานการตั้งค่าความละเอียดหลายระดับ ชิป S3000 ที่มีประมาณ 4 ล้านสปอตมีการใช้ microwells ชั้นด้วยลูกปัดที่เต็มไปด้วยโพรบจับบาร์โค้ดเชิงพื้นที่ ห้องสมุด cDNA ที่อุดมไปด้วยบาร์โค้ดเชิงพื้นที่จัดทำขึ้นจากชิป S3000 และต่อมาจัดลำดับบนแพลตฟอร์ม Illumina Novaseq การรวมกันของตัวอย่างบาร์โค้ดเชิงพื้นที่และ UMIS ทำให้มั่นใจได้ถึงความแม่นยำและความจำเพาะของข้อมูลที่สร้างขึ้น BMKMANU S3000 Chip's มีความหลากหลายอย่างมากนำเสนอการตั้งค่าความละเอียดหลายระดับที่สามารถปรับได้อย่างละเอียดกับเนื้อเยื่อที่แตกต่างกันและรายละเอียดที่ต้องการ ความสามารถในการปรับตัวนี้เป็นตัวเลือกที่โดดเด่นสำหรับการศึกษาการถอดเสียงเชิงพื้นที่ที่หลากหลายเพื่อให้มั่นใจว่าการจัดกลุ่มเชิงพื้นที่ที่แม่นยำด้วยเสียงรบกวนน้อยที่สุด การใช้เทคโนโลยีการแบ่งส่วนเซลล์กับ BMKMANU S3000 ช่วยให้สามารถกำหนดข้อมูลการถอดเสียงไปยังขอบเขตของเซลล์ได้ส่งผลให้เกิดการวิเคราะห์ที่มีความหมายทางชีวภาพโดยตรง นอกจากนี้ความละเอียดที่ดีขึ้นของ S3000 ส่งผลให้จำนวนยีนและ UMIS ที่ตรวจพบต่อเซลล์จำนวนมากขึ้นทำให้สามารถวิเคราะห์รูปแบบการถอดรหัสเชิงพื้นที่ได้อย่างแม่นยำยิ่งขึ้นและการจัดกลุ่มของเซลล์

ติดต่อเรา

รายละเอียดการบริการ

ชีวสารสนเทศศาสตร์

ผลการสาธิต

ความแตกต่างระหว่าง S3000 และ S1000

BMKMANU S3000 รูปแบบเทคนิคการถอดเสียงเชิงพื้นที่

คุณสมบัติ

- ความละเอียด: 3.5 µm

- เส้นผ่านศูนย์กลางสปอต: 2.5 µm

- จำนวนจุด: ประมาณ 4 ล้าน

- 3 รูปแบบพื้นที่จับภาพที่เป็นไปได้: 6.8 มม. * 6.8 มม., 11 มม. * 11 มม. หรือ 15 มม. * 20 มม.

- ลูกปัดบาร์โค้ดแต่ละอันเต็มไปด้วยไพรเมอร์ที่ประกอบด้วย 4 ส่วน:

•หางโพลี (DT) สำหรับการรองพื้น mRNA และการสังเคราะห์ cDNA

•ตัวระบุโมเลกุลที่ไม่ซ้ำกัน (UMI) เพื่อแก้ไขอคติการขยาย

•บาร์โค้ดเชิงพื้นที่

•ลำดับการเชื่อมโยงของการอ่านบางส่วน 1 ลำดับการจัดลำดับ

- H&E และการย้อมสีฟลูออเรสเซนต์

- ความเป็นไปได้ที่จะใช้เทคโนโลยีการแบ่งส่วนเซลล์: การรวมกันของการย้อมสี H&E, การย้อมสีฟลูออเรสเซนต์และการจัดลำดับ RNA เพื่อกำหนดขอบเขตของแต่ละเซลล์และกำหนดการแสดงออกของยีนให้กับแต่ละเซลล์อย่างถูกต้อง การประมวลผลการวิเคราะห์การทำโปรไฟล์เชิงพื้นที่ดาวน์สตรีมขึ้นอยู่กับถังขยะ

- เป็นไปได้ที่จะบรรลุการวิเคราะห์ความละเอียดหลายระดับ: การวิเคราะห์หลายระดับที่ยืดหยุ่นตั้งแต่ 100um ถึง 3.5 um เพื่อแก้ไขคุณสมบัติของเนื้อเยื่อที่หลากหลายที่ความละเอียดที่ดีที่สุด

ข้อดีของ BMKMANU S3000

-สองเท่าของการจับกุมเป็น 4 ล้าน: ด้วยความละเอียดที่ดีขึ้น 3.5 UM ซึ่งนำไปสู่การตรวจจับยีนที่สูงขึ้นและ UMI ต่อเซลล์ สิ่งนี้ส่งผลให้เกิดการจัดกลุ่มของเซลล์ที่ดีขึ้นตามโปรไฟล์การถอดเสียงโดยมีรายละเอียดที่ดีกว่าที่ตรงกับโครงสร้างเนื้อเยื่อ

- ความละเอียดของเซลล์ย่อย:แต่ละพื้นที่การจับภาพมีพื้นที่บาร์โค้ดเชิงพื้นที่> 2 ล้านจุดที่มีเส้นผ่านศูนย์กลาง 2.5 µm และระยะห่าง 5 µm ระหว่างศูนย์สปอตทำให้การวิเคราะห์ transcriptome เชิงพื้นที่มีความละเอียดของเซลล์ย่อย (5 µm)

-การวิเคราะห์ความละเอียดหลายระดับ:การวิเคราะห์หลายระดับที่ยืดหยุ่นตั้งแต่ 100 μmถึง 5 μmเพื่อแก้ไขคุณสมบัติของเนื้อเยื่อที่หลากหลายที่ความละเอียดที่ดีที่สุด

-ความเป็นไปได้ที่จะใช้เทคโนโลยีการแบ่งส่วนเซลล์“ สามในหนึ่งสไลด์”:การรวมการย้อมสีฟลูออเรสเซนต์การย้อมสี H&E และการจัดลำดับ RNA บนสไลด์เดียวอัลกอริทึมการวิเคราะห์ "สามในหนึ่ง" ของเราช่วยให้การระบุขอบเขตของเซลล์สำหรับ transcriptomics ตามเซลล์ที่ตามมา

-เข้ากันได้กับหลายแพลตฟอร์มการเรียงลำดับ: ทั้ง NGS และการอ่านมานานพร้อมใช้งาน

-การออกแบบที่ยืดหยุ่นของพื้นที่จับภาพ 1-8: ขนาดของพื้นที่จับภาพมีความยืดหยุ่นเป็นไปได้ที่จะใช้ 3 รูปแบบ (6.8 มม. * 6.8 มม., 11 มม. * 11 มม. และ 15 มม. * 20 มม.)

-บริการแบบครบวงจร: บูรณาการประสบการณ์ทั้งหมดและขั้นตอนที่เน้นทักษะรวมถึงการแยกการแช่แข็งการย้อมสีการเพิ่มประสิทธิภาพเนื้อเยื่อบาร์โค้ดเชิงพื้นที่การเตรียมห้องสมุดการเรียงลำดับและชีวสารสนเทศศาสตร์

-ชีวสารสนเทศศาสตร์ที่ครอบคลุมและการสร้างภาพผลลัพธ์ที่ใช้งานง่าย:แพ็คเกจประกอบด้วยการวิเคราะห์ 29 ครั้งและตัวเลขคุณภาพสูงกว่า 100 ตัวรวมกับการใช้ซอฟต์แวร์ที่พัฒนาแล้วในบ้านเพื่อแสดงภาพและปรับแต่งการแยกเซลล์และการจัดกลุ่มจุด

-การวิเคราะห์ข้อมูลที่กำหนดเองและการสร้างภาพข้อมูล: พร้อมใช้งานสำหรับคำขอวิจัยที่แตกต่างกัน

-ทีมเทคนิคที่มีทักษะสูง: ด้วยประสบการณ์ในเนื้อเยื่อมากกว่า 250 ชนิดและ 100 สปีชีส์รวมถึงมนุษย์, เมาส์, สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม, ปลาและพืช

-การอัปเดตแบบเรียลไทม์เกี่ยวกับโครงการทั้งหมด: ด้วยการควบคุมความคืบหน้าการทดลองอย่างเต็มที่

-การวิเคราะห์ร่วมเสริมด้วยการจัดลำดับ mRNA เซลล์เดียว

ข้อกำหนดบริการ

ข้อกำหนดตัวอย่าง

ห้องสมุด

กลยุทธ์การเรียงลำดับ

ข้อมูลแนะนำ

การควบคุมคุณภาพ

ตัวอย่าง Cryo ที่ฝังไว้ใน ต.ค.

(เส้นผ่านศูนย์กลางที่ดีที่สุด: ประมาณ

6 × 6 × 6 มม.)

2 บล็อกต่อตัวอย่าง

1 สำหรับการทดลอง 1 สำหรับการสำรองข้อมูล

ห้องสมุด S3000 cDNA

Illumina PE150

160K PE อ่านต่อ100υm (250 GB)

ริน> 7

สำหรับรายละเอียดเพิ่มเติมเกี่ยวกับคำแนะนำการเตรียมตัวอย่างและเวิร์กโฟลว์บริการโปรดอย่าลังเลที่จะพูดคุยกับกผู้เชี่ยวชาญ BMKGENE

งานบริการ

ในขั้นตอนการเตรียมตัวอย่างจะทำการทดลองการสกัด RNA จำนวนมากเพื่อให้แน่ใจว่าสามารถรับ RNA คุณภาพสูงได้ ในขั้นตอนการเพิ่มประสิทธิภาพของเนื้อเยื่อส่วนจะถูกย้อมและมองเห็นและเงื่อนไขการซึมผ่านสำหรับการปล่อย mRNA จากเนื้อเยื่อได้รับการปรับให้เหมาะสม โปรโตคอลที่ได้รับการปรับปรุงจะถูกนำไปใช้ในระหว่างการก่อสร้างห้องสมุดตามด้วยการเรียงลำดับและการวิเคราะห์ข้อมูล

เวิร์กโฟลว์บริการที่สมบูรณ์นั้นเกี่ยวข้องกับการอัปเดตแบบเรียลไทม์และการยืนยันลูกค้าเพื่อรักษาลูปตอบรับที่ตอบสนองได้เพื่อให้มั่นใจว่าการดำเนินโครงการที่ราบรื่น

ก่อนหน้า: ห้องสมุดที่ทำไว้ล่วงหน้า DNBSEQ

ต่อไป:

ข้อมูลที่สร้างโดย BMKMANU S3000 ได้รับการวิเคราะห์โดยใช้ซอฟต์แวร์“ BSTMATRIX” ซึ่งได้รับการออกแบบอย่างอิสระโดย BMKGENE สร้างระดับเซลล์และเมทริกซ์การแสดงออกของยีนความละเอียดหลายระดับ จากนั้นมีการสร้างรายงานมาตรฐานซึ่งรวมถึงการควบคุมคุณภาพข้อมูลการวิเคราะห์ตัวอย่างภายในและการวิเคราะห์ระหว่างกลุ่ม

- การควบคุมคุณภาพข้อมูล:

- การส่งออกข้อมูลและการกระจายคะแนนคุณภาพ

- การตรวจจับยีนต่อจุด

- ความครอบคลุมของเนื้อเยื่อ

- การวิเคราะห์ตัวอย่างภายใน:

- ความร่ำรวยของยีน

- การจัดกลุ่มจุดรวมถึงการวิเคราะห์มิติที่ลดลง

- การวิเคราะห์การแสดงออกที่แตกต่างระหว่างกลุ่ม: การระบุยีนเครื่องหมาย

- คำอธิบายประกอบการทำงานและการเพิ่มคุณค่าของยีนเครื่องหมาย

- การวิเคราะห์ระหว่างกลุ่ม

-การรวมกันของสปอตจากทั้งสองตัวอย่าง (เช่นโรคและการควบคุม) และคลัสเตอร์ใหม่

- การระบุยีนเครื่องหมายสำหรับแต่ละคลัสเตอร์

- คำอธิบายประกอบการทำงานและการเพิ่มคุณค่าของยีนเครื่องหมาย

- การแสดงออกที่แตกต่างของคลัสเตอร์เดียวกันระหว่างกลุ่ม

นอกจากนี้ BMKGENE พัฒนา“ BSTViewer” เป็นเครื่องมือที่ใช้งานง่ายซึ่งช่วยให้ผู้ใช้สามารถมองเห็นการแสดงออกของยีนและการจัดกลุ่มจุดที่ความละเอียดที่แตกต่างกัน

BMKGENE ให้บริการการทำโปรไฟล์เชิงพื้นที่ที่ความละเอียดเซลล์เดียวที่แม่นยำ (ขึ้นอยู่กับถังขยะของเซลล์หรือถังขยะหลายระดับจาก 100UM ถึง 3.5UM)

ข้อมูลการทำโปรไฟล์เชิงพื้นที่จากส่วนเนื้อเยื่อใน S3000 Slide ดำเนินการได้ดีขึ้นด้านล่าง

กรณีศึกษา 1: สมองเมาส์

การวิเคราะห์ส่วนสมองของเมาส์ที่มี S3000 ส่งผลให้มีการระบุเซลล์ ~ 94 000 โดยมีลำดับเฉลี่ยของยีน ~ 2000 ต่อเซลล์ ความละเอียดที่ดีขึ้นของ 3.5 UM ส่งผลให้เกิดการจัดกลุ่มอย่างละเอียดมากของเซลล์ตามรูปแบบการถอดเสียงโดยกลุ่มของเซลล์จะเลียนแบบโครงสร้างที่แตกต่างของสมอง สิ่งนี้สามารถสังเกตได้อย่างง่ายดายโดยการมองเห็นการกระจายตัวของเซลล์ที่จัดกลุ่มเป็น oligodendrocytes และ microglia cells ซึ่งเกือบจะตั้งอยู่ในสสารสีเทาและสีขาวโดยเฉพาะ

xv (1)

กรณีศึกษา 2: ตัวอ่อนเมาส์

xv (1)

การวิเคราะห์ส่วนตัวอ่อนของเมาส์ที่มี S3000 ส่งผลให้มีการระบุเซลล์ ~ 2200,000 เซลล์โดยมีลำดับเฉลี่ยของยีน ~ 1600 ต่อเซลล์ ความละเอียดที่ดีขึ้นของ 3.5 UM ส่งผลให้เกิดการจัดกลุ่มอย่างละเอียดมากของเซลล์ตามรูปแบบการถอดเสียงโดยมี 12 กลุ่มในพื้นที่ของตาและ 28 กลุ่มในพื้นที่ของสมอง

xv (1)

การวิเคราะห์ตัวอย่างภายในเซลล์: การจัดกลุ่มเซลล์:

xv (1)

การระบุยีนเครื่องหมายและการกระจายเชิงพื้นที่:

xv (1)

-ความละเอียดของเซลล์ย่อยที่สูงขึ้น: เมื่อเทียบกับสไลด์ S1000 แต่ละพื้นที่การจับของ S3000 มีจุดบาร์โค้ดเชิงพื้นที่> 4 ล้านจุดที่มีเส้นผ่านศูนย์กลาง 2.5 µm และระยะทาง 3.5 µm ระหว่างศูนย์สปอตทำให้การวิเคราะห์เชิงพื้นที่ (ถังสี่เหลี่ยม: 3.5 µm)

- ประสิทธิภาพการจับภาพที่สูงขึ้น: เมื่อเทียบกับสไลด์ S1000, ค่ามัธยฐานของค่ามัธยฐานเพิ่มขึ้นจาก 30% เป็น 70%, ค่ามัธยฐาน _gene เพิ่มขึ้นจาก 30% เป็น 60%

โครงการของชิป S1000: