BMKMANU S1000 เครื่องถอดเสียงเชิงพื้นที่
BMKMANU S1000 โครงการทางเทคนิคการถอดเสียงเชิงพื้นที่
คุณสมบัติ
● ความละเอียด: 5 µM
● เส้นผ่านศูนย์กลางสปอต: 2.5 µM
● จำนวนสปอต: ประมาณ 2 ล้าน
● รูปแบบพื้นที่จับภาพที่เป็นไปได้ 3 รูปแบบ: 6.8 มม. * 6.8 มม., 11 มม. * 11 มม. หรือ 15 มม. * 20 มม.
● เม็ดบีดบาร์โค้ดแต่ละเม็ดบรรจุด้วยไพรเมอร์ที่ประกอบด้วย 4 ส่วน:
ส่วนท้ายโพลี (dT) สำหรับการเตรียม mRNA และการสังเคราะห์ cDNA
ตัวระบุโมเลกุลเฉพาะ (UMI) เพื่อแก้ไขอคติในการขยาย
บาร์โค้ดเชิงพื้นที่
ลำดับการเชื่อมโยงของไพรเมอร์ลำดับการอ่านบางส่วน 1
● H&E และการย้อมสีฟลูออเรสเซนต์ในส่วนต่างๆ
● ความเป็นไปได้ในการใช้งานเทคโนโลยีการแบ่งส่วนเซลล์: การบูรณาการการย้อมสี H&E การย้อมสีฟลูออเรสเซนต์ และการจัดลำดับ RNA เพื่อกำหนดขอบเขตของแต่ละเซลล์และกำหนดการแสดงออกของยีนให้กับแต่ละเซลล์อย่างถูกต้อง
ข้อดีของบีเอ็มเคมานู S1000
ความละเอียดระดับเซลล์ย่อย: พื้นที่จับภาพแต่ละแห่งมีจุดบาร์โค้ดเชิงพื้นที่ >2 ล้านจุดที่มีเส้นผ่านศูนย์กลาง 2.5 µm และระยะห่าง 5 µm ระหว่างจุดศูนย์กลาง ช่วยให้สามารถวิเคราะห์ทรานสคริปโตมเชิงพื้นที่ด้วยความละเอียดระดับเซลล์ย่อย (5 µm)
การวิเคราะห์ความละเอียดหลายระดับ:การวิเคราะห์หลายระดับที่ยืดหยุ่นตั้งแต่ 100 μm ถึง 5 μm เพื่อแก้ไขลักษณะเนื้อเยื่อที่หลากหลายด้วยความละเอียดที่เหมาะสมที่สุด
●ความเป็นไปได้ในการใช้เทคโนโลยีการแบ่งส่วนเซลล์ "สามในหนึ่งสไลด์":อัลกอริธึมการวิเคราะห์ "สามในหนึ่งเดียว" ของเราผสมผสานการย้อมสีเรืองแสง การย้อมสี H&E และการจัดลำดับ RNA เข้าด้วยกัน ช่วยให้สามารถระบุขอบเขตของเซลล์สำหรับการถอดเสียงตามเซลล์ในภายหลัง
เข้ากันได้กับแพลตฟอร์มการจัดลำดับหลายรายการ: มีทั้ง NGS และลำดับการอ่านแบบยาว
การออกแบบที่ยืดหยุ่นของพื้นที่จับภาพที่ใช้งานอยู่ 1-8: ขนาดพื้นที่จับภาพมีความยืดหยุ่น ใช้งานได้ 3 รูปแบบ (6.8 มม. * 6.8 มม., 11 มม. * 11 มม. และ 15 มม. * 20 มม.)
บริการแบบครบวงจร: โดยผสมผสานประสบการณ์และขั้นตอนตามทักษะทั้งหมด รวมถึงการตัดด้วยความเย็นจัด การย้อมสี การปรับเนื้อเยื่อให้เหมาะสม บาร์โค้ดเชิงพื้นที่ การเตรียมห้องสมุด การจัดลำดับ และชีวสารสนเทศศาสตร์
ชีวสารสนเทศศาสตร์ที่ครอบคลุมและการแสดงผลลัพธ์ด้วยภาพที่เป็นมิตรต่อผู้ใช้:แพ็คเกจประกอบด้วยการวิเคราะห์ 29 รายการและตัวเลขคุณภาพสูงกว่า 100 รายการ รวมกับการใช้ซอฟต์แวร์ที่พัฒนาขึ้นภายในองค์กรเพื่อแสดงภาพและปรับแต่งการแยกเซลล์และการจัดกลุ่มเฉพาะจุด
การวิเคราะห์ข้อมูลและการแสดงภาพแบบกำหนดเอง: มีให้สำหรับการร้องขอการวิจัยที่แตกต่างกัน
ทีมงานด้านเทคนิคที่มีทักษะสูง: ด้วยประสบการณ์เกี่ยวกับเนื้อเยื่อมากกว่า 250 ชนิดและมากกว่า 100 สายพันธุ์ รวมถึงมนุษย์ หนู สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม ปลา และพืช
การอัปเดตแบบเรียลไทม์ของโครงการทั้งหมด: พร้อมควบคุมความคืบหน้าการทดลองเต็มรูปแบบ
การวิเคราะห์ข้อต่อเพิ่มเติมพร้อมลำดับ mRNA เซลล์เดียว
ข้อมูลจำเพาะของบริการ
|
ตัวอย่าง ความต้องการ
| ห้องสมุด |
กลยุทธ์การจัดลำดับ
| ข้อมูลที่แนะนำ | การควบคุมคุณภาพ |
| ตัวอย่างไครโอที่ฝังใน OCT 3 บล็อกต่อตัวอย่าง | ไลบรารี S1000 cDNA | Illumina PE150 (มีแพลตฟอร์มอื่นให้เลือก) | อ่าน PE 100K ต่อ 100 uM ( 60-150 กิกะไบต์ ) | ริน>7 |
สำหรับรายละเอียดเพิ่มเติมเกี่ยวกับคำแนะนำในการเตรียมตัวอย่างและขั้นตอนการบริการ โปรดอย่าลังเลที่จะพูดคุยกับ กผู้เชี่ยวชาญของ BMKGENE
ขั้นตอนการทำงานบริการ
ในขั้นตอนการเตรียมตัวอย่าง จะมีการดำเนินการทดลองสกัด RNA จำนวนมากครั้งแรกเพื่อให้แน่ใจว่าจะได้ RNA คุณภาพสูง ในขั้นตอนการปรับเนื้อเยื่อให้เหมาะสม ส่วนต่างๆ จะถูกย้อมสีและมองเห็นได้ และเงื่อนไขการซึมผ่านของการปล่อย mRNA จากเนื้อเยื่อได้รับการปรับปรุงให้เหมาะสม จากนั้นจะใช้โปรโตคอลที่ได้รับการปรับปรุงให้เหมาะสมในระหว่างการก่อสร้างห้องสมุด ตามด้วยลำดับและการวิเคราะห์ข้อมูล
ขั้นตอนการบริการที่สมบูรณ์เกี่ยวข้องกับการอัพเดตแบบเรียลไทม์และการยืนยันจากลูกค้าเพื่อรักษาวงจรตอบรับที่ตอบสนอง เพื่อให้มั่นใจว่าการดำเนินโครงการเป็นไปอย่างราบรื่น
ข้อมูลที่สร้างโดย BMKMANU S1000 ได้รับการวิเคราะห์โดยใช้ซอฟต์แวร์ “BSTMatrix” ซึ่งออกแบบอย่างอิสระโดย BMKGENE เพื่อสร้าง Gene Expression Matrix จากนั้น จะมีการสร้างรายงานมาตรฐานซึ่งรวมถึงการควบคุมคุณภาพข้อมูล การวิเคราะห์ตัวอย่างภายใน และการวิเคราะห์ระหว่างกลุ่ม
● การควบคุมคุณภาพข้อมูล:
การส่งออกข้อมูลและการกระจายคะแนนคุณภาพ
การตรวจจับยีนต่อจุด
ครอบคลุมเนื้อเยื่อ
● การวิเคราะห์ตัวอย่างภายใน:
ความสมบูรณ์ของยีน
การจัดกลุ่มเฉพาะจุด รวมถึงการวิเคราะห์มิติที่ลดลง
การวิเคราะห์การแสดงออกที่แตกต่างระหว่างกลุ่ม: การจำแนกยีนมาร์กเกอร์
คำอธิบายประกอบการทำงานและการเสริมคุณค่าของยีนมาร์กเกอร์
● การวิเคราะห์ระหว่างกลุ่ม:
การรวมจุดใหม่จากทั้งสองตัวอย่าง (เช่น ที่เป็นโรคและกลุ่มควบคุม) และรวมกลุ่มใหม่
การจำแนกยีนมาร์กเกอร์สำหรับแต่ละคลัสเตอร์
คำอธิบายประกอบการทำงานและการเสริมคุณค่าของยีนมาร์กเกอร์
การแสดงออกที่แตกต่างกันของกลุ่มเดียวกันระหว่างกลุ่ม
นอกจากนี้ BMKGENE ยังได้พัฒนา “BSTViewer” เป็นเครื่องมือที่เป็นมิตรต่อผู้ใช้งาน ซึ่งช่วยให้ผู้ใช้เห็นภาพการแสดงออกของยีนและการรวมกลุ่มของจุดด้วยความละเอียดที่แตกต่างกัน
BMKGene พัฒนาซอฟต์แวร์เพื่อการแสดงภาพที่เป็นมิตรต่อผู้ใช้
BSTViewer สปอตคลัสเตอร์ที่ความละเอียดหลายระดับ
BSTCellViewer: การแยกเซลล์แบบอัตโนมัติและแบบแมนนวล
การวิเคราะห์ตัวอย่างภายใน
การจัดกลุ่มเฉพาะจุด:
การระบุยีนของเครื่องหมายและการกระจายเชิงพื้นที่:
การวิเคราะห์ระหว่างกลุ่ม
การรวมข้อมูลจากทั้งสองกลุ่มและคลัสเตอร์ใหม่:
ยีนเครื่องหมายของกลุ่มใหม่:
สำรวจความก้าวหน้าที่ได้รับการสนับสนุนจากบริการถอดเสียงเชิงพื้นที่ของ BMKGene ด้วยเทคโนโลยี BMKManu S1000 ในเอกสารเผยแพร่ที่โดดเด่นนี้:
เพลง X. และคณะ (2023) 'การถอดเสียงเชิงพื้นที่เผยให้เห็นเซลล์คลอเรนไคมาที่เกิดจากแสงซึ่งเกี่ยวข้องกับการส่งเสริมการสร้างหน่อใหม่ในแคลลัสของมะเขือเทศ'การดำเนินการของ National Academy of Sciences แห่งสหรัฐอเมริกา, 120(38), น. e2310163120. ดอย: 10.1073/pnas.2310163120
คุณ Y. และคณะ (2023) 'การเปรียบเทียบอย่างเป็นระบบของวิธีการถอดรหัสเชิงพื้นที่แบบเรียงลำดับ',bioRxiv,หน้า. 2023.12.03.569744. ดอย: 10.1101/2023.12.03.569744.
