การจัดลำดับแอมพลิคอน (16S/18S/ITS)

การจัดลำดับ Amplicon (16S/18S/ITS) ด้วย Illumina เป็นวิธีการวิเคราะห์ความหลากหลายของจุลินทรีย์โดยการระบุโปรไฟล์ของจุลินทรีย์ตามลำดับ จากนั้นจึงพยายามถอดรหัสความสมบูรณ์และความหลากหลายของชุมชนภายในแต่ละตัวอย่างและระหว่างตัวอย่าง ไปป์ไลน์ BMKCloud Amplicon (NGS) ช่วยให้สามารถวิเคราะห์ 16S, 18S, ITS และยีนการทำงานหลายอย่างได้ โดยเริ่มต้นด้วยการตัดการอ่าน การประกอบการอ่านแบบปลายคู่ และการประเมินคุณภาพ ตามด้วยการรวมกลุ่มของการอ่านที่คล้ายกันเพื่อสร้างหน่วยการจัดอนุกรมวิธานการดำเนินงาน (OTU) ที่ใช้ในส่วนการวิเคราะห์ที่แตกต่างกัน 6 ส่วน คำอธิบายประกอบอนุกรมวิธานให้ข้อมูลเกี่ยวกับความอุดมสมบูรณ์สัมพัทธ์และองค์ประกอบของแต่ละตัวอย่าง ในขณะที่การวิเคราะห์ความหลากหลายอัลฟ่าและเบต้ามุ่งเน้นไปที่ความหลากหลายของจุลินทรีย์ภายในและระหว่างตัวอย่าง ตามลำดับ การวิเคราะห์ความแตกต่างระหว่างกลุ่มจะค้นหา OTU ที่แตกต่างกันโดยใช้การทดสอบทั้งแบบอิงพารามิเตอร์และแบบไม่อิงพารามิเตอร์ ในขณะที่การวิเคราะห์สหสัมพันธ์จะเชื่อมโยงความแตกต่างเหล่านี้กับปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อม สุดท้ายนี้ การคาดการณ์ความอุดมสมบูรณ์ของยีนเชิงฟังก์ชันจะขึ้นอยู่กับความอุดมสมบูรณ์ของยีนมาร์กเกอร์ โดยให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับการทำงานและนิเวศวิทยาในแต่ละตัวอย่าง