Exclusive Agency for Korea

สินค้า

16S/18S/ITS ลำดับแอมพลิคอน-PacBio

ภาพเด่น 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

ยีน 16S และ 18S rRNA พร้อมด้วยขอบเขต Internal Transcribed Spacer (ITS) ทำหน้าที่เป็นเครื่องหมายพิมพ์ลายนิ้วมือระดับโมเลกุลที่สำคัญ เนื่องจากการรวมกันของบริเวณที่ได้รับการอนุรักษ์ไว้สูงและมีความแปรผันสูง ทำให้พวกมันเป็นเครื่องมืออันล้ำค่าในการจำแนกลักษณะของสิ่งมีชีวิตโปรคาริโอตและยูคาริโอต การขยายและการจัดลำดับของภูมิภาคเหล่านี้นำเสนอแนวทางที่ปราศจากการแยกสำหรับการตรวจสอบองค์ประกอบและความหลากหลายของจุลินทรีย์ในระบบนิเวศต่างๆ แม้ว่าโดยทั่วไปแล้วการจัดลำดับของอิลลูมินาจะมุ่งเป้าไปที่บริเวณที่มีตัวแปรแปรผันสูงสั้น เช่น V3-V4 ของ 16S และ ITS1 แต่ก็ได้แสดงให้เห็นว่าคำอธิบายประกอบทางอนุกรมวิธานที่เหนือกว่านั้นสามารถทำได้โดยการจัดลำดับความยาวเต็มของ 16S, 18S และ ITS วิธีการที่ครอบคลุมนี้ส่งผลให้มีเปอร์เซ็นต์การจำแนกลำดับที่แม่นยำสูงขึ้น บรรลุระดับความละเอียดที่ขยายไปถึงการระบุชนิดพันธุ์ แพลตฟอร์มการจัดลำดับโมเลกุลเดี่ยวเรียลไทม์ (SMRT) ของ PacBio โดดเด่นด้วยการให้การอ่านค่าแบบยาว (ไฮไฟ) ที่มีความแม่นยำสูง ซึ่งครอบคลุมแอมพลิคอนแบบเต็มความยาวคลื่น ซึ่งทัดเทียมกับความแม่นยำของการจัดลำดับอิลลูมินา ความสามารถนี้ช่วยให้นักวิจัยได้รับข้อได้เปรียบที่ไม่มีใครเทียบได้ นั่นคือ มุมมองแบบพาโนรามาของภูมิทัศน์ทางพันธุกรรม การขยายความครอบคลุมช่วยยกระดับความละเอียดในคำอธิบายประกอบสายพันธุ์ได้อย่างมีนัยสำคัญ โดยเฉพาะอย่างยิ่งภายในชุมชนแบคทีเรียหรือเชื้อรา ช่วยให้เข้าใจความซับซ้อนของประชากรจุลินทรีย์ได้อย่างลึกซึ้งยิ่งขึ้น

ติดต่อเรา

รายละเอียดบริการ

ชีวสารสนเทศศาสตร์

ผลการสาธิต

สิ่งพิมพ์เด่น

คุณสมบัติการบริการ

● แพลตฟอร์มการจัดลำดับ: PacBio Revio

● โหมดลำดับ: CCS (อ่านไฮไฟ)

● การขยายขอบเขตเป้าหมายตามด้วยการเชื่อมโยงแอมพลิคอนควบคู่กันก่อนการเตรียมไลบรารี่ระฆัง HiFi SMRT

ข้อดีของการบริการ

ความละเอียดอนุกรมวิธานที่สูงขึ้น: Tการหาลำดับแอมพลิฟายเออร์สั้นของฮัน,ช่วยให้อัตราการจำแนกประเภท OTU สูงขึ้นในระดับสายพันธุ์

การเรียกฐานที่แม่นยำสูง: การจัดลำดับโหมด PacBio CCS (อ่านไฮไฟ)

ปราศจากการแยก: การระบุองค์ประกอบของจุลินทรีย์ในตัวอย่างด้านสิ่งแวดล้อมอย่างรวดเร็ว

ใช้กันอย่างแพร่หลาย: การศึกษาชุมชนจุลินทรีย์ที่หลากหลาย

การวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศที่ครอบคลุม: แพ็คเกจ QIIME2 ล่าสุด (ข้อมูลเชิงลึกเชิงปริมาณเกี่ยวกับนิเวศวิทยาของจุลินทรีย์) พร้อมการวิเคราะห์ที่หลากหลายในแง่ของฐานข้อมูล คำอธิบายประกอบ OTU/ASV

ความเชี่ยวชาญที่กว้างขวาง: ด้วยโครงการจัดลำดับแอมพลิคอนหลายพันโครงการที่จัดขึ้นทุกปี BMKGENE มาพร้อมประสบการณ์กว่าทศวรรษ ทีมวิเคราะห์ที่มีทักษะสูง เนื้อหาที่ครอบคลุม และการสนับสนุนหลังการขายที่ยอดเยี่ยม

ข้อมูลจำเพาะของบริการ

ห้องสมุด	กลยุทธ์การจัดลำดับ	ข้อมูลที่แนะนำ
แอมพลิคอน	PacBio รีวิโอ	แท็ก 10/30/50 K (CCS)

ข้อกำหนดตัวอย่าง

ความเข้มข้น (นาโนกรัม/ไมโครลิตร)	ปริมาณทั้งหมด (ไมโครกรัม)	ปริมาตร (ไมโครลิตร)
≥5	≥0.3	≥20

การจัดส่งตัวอย่างที่แนะนำ

แช่แข็งตัวอย่างในไนโตรเจนเหลวเป็นเวลา 3-4 ชั่วโมง และเก็บในไนโตรเจนเหลวหรือ -80 องศา เพื่อสำรองระยะยาว จำเป็นต้องจัดส่งตัวอย่างด้วยน้ำแข็งแห้ง

ขั้นตอนการทำงานบริการ

การจัดส่งตัวอย่าง

การก่อสร้างห้องสมุด

การเรียงลำดับ

การวิเคราะห์ข้อมูล

บริการหลังการขาย

ก่อนหน้า: 16S/18S/ITS ลำดับแอมพลิคอน-NGS

ต่อไป: การทดสอบโครมาตินที่เข้าถึงได้จากทรานส์โปเสสด้วยการหาลำดับปริมาณงานสูง (ATAC-seq)

รวมถึงการวิเคราะห์ต่อไปนี้:

●การควบคุมคุณภาพข้อมูลดิบ

●การจัดกลุ่ม OTU/การลดสัญญาณรบกวน (ASV)

●คำอธิบายประกอบ OTU

●การวิเคราะห์ความหลากหลายของอัลฟ่า: ดัชนีหลายรายการ รวมถึง Shannon, Simpson และ ACE

●การวิเคราะห์ความหลากหลายของเบต้า

●การวิเคราะห์ระหว่างกลุ่ม

●การวิเคราะห์ความสัมพันธ์: ระหว่างปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อมกับองค์ประกอบและความหลากหลาย OUT

●การทำนายยีนเชิงฟังก์ชัน 16S

ฮิสโตแกรมของการกระจายอนุกรมวิธาน

การกระจายพันธุ์ของชุมชนต้นไม้สายวิวัฒนาการ

การวิเคราะห์ความหลากหลายของอัลฟ่า: ACE

ดัชนี

การวิเคราะห์ความหลากหลายของเบต้า: PCoA

การวิเคราะห์ระหว่างกลุ่ม: ANOVA

สำรวจความก้าวหน้าที่ได้รับการสนับสนุนจากบริการจัดลำดับแอมพลิคอนของ BMKGene ร่วมกับ PacBio ผ่านคอลเลคชันสิ่งพิมพ์ที่คัดสรรมาอย่างดี

Gao, X. และ Wang, H. (2023) 'การวิเคราะห์เปรียบเทียบโปรไฟล์และการทำงานของแบคทีเรียในกระเพาะรูเมนระหว่างการปรับตัวให้เข้ากับลักษณะทางฟีโนโลยีที่แตกต่างกัน (Regreen กับ Grassy) ในแกะเมอริโนอัลไพน์ที่มีระยะการเจริญเติบโตสองระยะบนทุ่งหญ้าอัลไพน์', การหมัก, 9( 1) น. 16. ดอย: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.

หลี่ ส. และคณะ (2023) 'การจับสสารมืดของจุลินทรีย์ในดินทะเลทรายโดยใช้เมทาโนมิกส์ที่ใช้วัฒนธรรมและการวิเคราะห์ที่มีความละเอียดสูง', npj Biofilms และ Microbiomes 2023 9:1, 9(1), หน้า 1–14 ดอย: 10.1038/s41522-023-00439-8.

มู แอล และคณะ (2022) 'ผลกระทบของเกลือกรดไขมันต่อลักษณะการหมัก ความหลากหลายของแบคทีเรีย และความคงตัวของแอโรบิกของหญ้าหมักผสมที่เตรียมด้วยหญ้าชนิต ฟางข้าว และรำข้าวสาลี', วารสารวิทยาศาสตร์แห่งอาหารและการเกษตร, 102(4), หน้า 1475– 1487. ดอย: 10.1002/JSFA.11482.

หยางเจและคณะ (2023) 'ปฏิสัมพันธ์ระหว่างไบโอมาร์คเกอร์ความเครียดออกซิเดชั่นและไมโครไบโอต้าในลำไส้ในผลต้านอนุมูลอิสระของสารสกัดจาก Sonchus brachyotus DC ใน Oxazolone-Induced Intestinal Oxidative Stress in Adult Zebrafish', Antioxidants 2023, Vol. 12, หน้า 192, 12(1), น. 192. ดอย: 10.3390/ANTIOX12010192.