10x genomics visium transcriptome spatial transcriptome
โครงการเทคนิค
คุณสมบัติ
●ความละเอียด: 100 µm
●เส้นผ่านศูนย์กลางสปอต: 55 µm
●จำนวนจุด: 4992
●พื้นที่จับภาพ: 6.5 x 6.5 มม.
●แต่ละจุดบาร์โค้ดเต็มไปด้วยไพรเมอร์ที่ประกอบด้วย 4 ส่วน:
- หางโพลี (dt) สำหรับการรองพื้น mRNA และการสังเคราะห์ cDNA
- ตัวระบุโมเลกุลที่ไม่ซ้ำกัน (UMI) เพื่อแก้ไขอคติการขยาย
- บาร์โค้ดเชิงพื้นที่
- ลำดับการเชื่อมโยงของการอ่านบางส่วน 1 ลำดับการจัดลำดับ
●การย้อมสี H&E ของส่วนต่างๆ
ข้อดี
บริการแบบครบวงจร: บูรณาการประสบการณ์ทั้งหมดและขั้นตอนที่เน้นทักษะรวมถึงการแยกการแช่แข็งการย้อมสีการเพิ่มประสิทธิภาพเนื้อเยื่อบาร์โค้ดเชิงพื้นที่การเตรียมห้องสมุดการจัดลำดับและชีวสารสนเทศศาสตร์
●ทีมเทคนิคที่มีทักษะสูง: ด้วยประสบการณ์ในเนื้อเยื่อมากกว่า 250 ชนิดและ 100 สปีชีส์รวมถึงมนุษย์, เมาส์, สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม, ปลาและพืช
การอัปเดตแบบเรียลไทม์เกี่ยวกับโครงการทั้งหมด: ด้วยการควบคุมความคืบหน้าการทดลองอย่างเต็มที่
ชีวสารสนเทศศาสตร์ที่ครอบคลุม:แพ็คเกจประกอบด้วยการวิเคราะห์ 29 ครั้งและตัวเลขคุณภาพสูงกว่า 100 ตัว
การวิเคราะห์ข้อมูลที่กำหนดเองและการสร้างภาพข้อมูล: พร้อมใช้งานสำหรับคำขอวิจัยที่แตกต่างกัน
การวิเคราะห์ร่วมเสริมด้วยการจัดลำดับ mRNA เซลล์เดียว
ข้อกำหนด
| ข้อกำหนดตัวอย่าง | ห้องสมุด | กลยุทธ์การเรียงลำดับ | ข้อมูลแนะนำ | การควบคุมคุณภาพ |
| ตัวอย่าง Cryo ที่ฝังไว้ใน ต.ค. (เส้นผ่านศูนย์กลางที่ดีที่สุด: ประมาณ 6x6x6 mm³) 2 บล็อกต่อตัวอย่าง | ห้องสมุด 10x visium cDNA | Illumina PE150 | 50k PE อ่านต่อจุด (60GB) | ริน> 7 |
สำหรับรายละเอียดเพิ่มเติมเกี่ยวกับคำแนะนำการเตรียมตัวอย่างและเวิร์กโฟลว์บริการโปรดอย่าลังเลที่จะพูดคุยกับกผู้เชี่ยวชาญ BMKGENE
เวิร์กโฟลว์บริการ
ในขั้นตอนการเตรียมตัวอย่างจะทำการทดลองการสกัด RNA จำนวนมากเพื่อให้แน่ใจว่าสามารถรับ RNA คุณภาพสูงได้ ในขั้นตอนการเพิ่มประสิทธิภาพของเนื้อเยื่อส่วนจะถูกย้อมและมองเห็นและเงื่อนไขการซึมผ่านสำหรับการปล่อย mRNA จากเนื้อเยื่อได้รับการปรับให้เหมาะสม โปรโตคอลที่ได้รับการปรับปรุงจะถูกนำไปใช้ในระหว่างการก่อสร้างห้องสมุดตามด้วยการเรียงลำดับและการวิเคราะห์ข้อมูล
เวิร์กโฟลว์บริการที่สมบูรณ์นั้นเกี่ยวข้องกับการอัปเดตแบบเรียลไทม์และการยืนยันลูกค้าเพื่อรักษาลูปตอบรับที่ตอบสนองได้เพื่อให้มั่นใจว่าการดำเนินโครงการที่ราบรื่น
รวมถึงการวิเคราะห์ต่อไปนี้:
การควบคุมคุณภาพข้อมูล:
o การส่งออกข้อมูลและการกระจายคะแนนคุณภาพ
o การตรวจจับยีนต่อจุด
o การครอบคลุมเนื้อเยื่อ
การวิเคราะห์ตัวอย่างภายใน:
o ความร่ำรวยของยีน
o การจัดกลุ่มแบบสปอตรวมถึงการวิเคราะห์มิติที่ลดลง
o การวิเคราะห์การแสดงออกที่แตกต่างกันระหว่างกลุ่ม: การระบุยีนเครื่องหมาย
o คำอธิบายประกอบการทำงานและการเพิ่มคุณค่าของยีนเครื่องหมาย
การวิเคราะห์ระหว่างกลุ่ม
o การรวมกันของสปอตจากทั้งสองตัวอย่าง (เช่นโรคและการควบคุม) และคลัสเตอร์ใหม่
o การระบุยีนเครื่องหมายสำหรับแต่ละคลัสเตอร์
o คำอธิบายประกอบการทำงานและการเพิ่มคุณค่าของยีนเครื่องหมาย
o การแสดงออกที่แตกต่างของคลัสเตอร์เดียวกันระหว่างกลุ่ม
การวิเคราะห์ตัวอย่างภายใน
การจัดกลุ่ม
การระบุยีนเครื่องหมายและการกระจายเชิงพื้นที่
การวิเคราะห์ระหว่างกลุ่ม
การรวมข้อมูลจากทั้งสองกลุ่มและคลัสเตอร์ใหม่
ยีนเครื่องหมายของกลุ่มใหม่
สำรวจความก้าวหน้าที่อำนวยความสะดวกโดยบริการ transcriptomics เชิงพื้นที่ของ BMKGENE โดย 10X visium ในสิ่งพิมพ์ที่โดดเด่นเหล่านี้:
Chen, D. et al. (2023) 'MTHL1, drosophila homologue ที่มีศักยภาพของการยึดเกาะของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม GPCRs มีส่วนร่วมในการเกิดปฏิกิริยาต่อต้านเซลล์เพื่อฉีดเซลล์ oncogenic ในแมลงวัน'การดำเนินการของ National Academy of Sciences ของสหรัฐอเมริกา, 120 (30), p. E2303462120 doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al. (2023) 'Steel ช่วยให้การกำหนดความละเอียดสูงของข้อมูล transcriptomic spatiotemporal'การบรรยายสรุปเกี่ยวกับชีวสารสนเทศศาสตร์, 24 (2), pp. 1–10 ดอย: 10.1093/bib/bbad068
Liu, C. et al. (2022) 'แผนที่ spatiotemporal ของ organogenesis ในการพัฒนาของดอกไม้กล้วยไม้'การวิจัยกรดนิวคลีอิก, 50 (17), pp. 9724–9737 ดอย: 10.1093/nar/gkac773
Wang, J. et al. (2023) 'การบูรณาการ transcriptomics เชิงพื้นที่และการจัดลำดับ RNA แบบนิวเคลียสเดี่ยวเผยให้เห็นกลยุทธ์การรักษาที่มีศักยภาพสำหรับมดลูก leiomyoma'วารสารวิทยาศาสตร์ชีวภาพระหว่างประเทศ, 19 (8), pp. 2515–2530 ดอย: 10.7150/ijbs.83510
